為了加強京師的防衛力量，於謙又對京軍三大營進行改編。明成祖時，把京軍編為五軍營（由中軍、左掖、右掖、左哨、右哨五軍編成，均為步騎兵）、三千營（初由塞外降兵三千人組成，全是騎兵，主要任務是巡哨）、神機營（使用火器，皇帝出征時須隨軍出征），合稱三大營。土木之變後，三大營喪失殆盡，而且這種組織法因兵種不同，訓練各異，一遇調遣，士兵不習新號令，兵將互相不認識，戰鬥力發揮不出來。於謙在原來三大營中選拔驍勇剽悍者十五萬人，分為十營，每營以一都督統領，下又分五千人為一小營，都指揮為小營的長官。這十營集中團操，稱為團營。遇有戰事，由原來各營的軍官率領參加戰鬥。號令劃一，兵將相習，克服了原來三大營的弱點，提高了戰鬥力。
明朝邊疆和京師防守力量的增強，使也先更無隙可乘，而明朝君臣又識破瓦剌以英宗相要挾的陰謀，拒絕與他議和言好，逼使也先無計可施。為了恢複與明朝的通貢和互市，也先決定將英宗歸還明朝。但“天無二日，國無二君”，迎回英宗必然引起皇位之爭，景泰帝為英宗之弟，理應讓出大位，可這當然是景泰帝極不情願的事。因此，景泰帝以也先多次以和議相欺詐為由，加以拒絕。如何處置這一尷尬的局麵，文武百官不敢妄言。此時，於謙當機立斷，從容不迫地指出：“天位已定，寧複有他？顧理當速奉迎，萬一彼果懷詐，我有詞矣。”景泰帝聞聽此言，喜上心頭，不覺和顏悅色地說道：“從汝從汝。”至此才議定奉迎之事。於謙的抉擇無疑是明智而可行的，如果沒有明確景泰帝的合法與合理地位，片麵強調奉迎英宗，必將導致新的皇位之爭，以弟讓兄，順情合理，這當然是景泰帝所無法接受的。而另一方麵如果隻順從景泰帝之意，拒絕奉迎英宗，於情理不合，必遭天下吏民恥笑。故而，於謙首先承認景泰帝的合法地位不可動搖，令景泰帝消除疑慮，同時指出奉迎為情理中事，不得不行，這也使得景泰帝無法拒絕。
於謙的建議是當時唯一可行的方案，但其傾向性也是相當明顯的。自從“土木之變”英宗被俘後，於謙便一直主張“社稷為重，君為輕”，這是敦促景泰帝即位的重要理由，根據這一觀點，社稷高於一切，君王可以更改。正是在這一主張的支持下，於謙等人擁立景泰帝，保衛北京，徹底粉碎了也先、喜寧等人以英宗為要挾的圖謀。在國家危難之時，重整朝綱，力挽狂瀾，使大明王朝逃過了自開國以來最大的一場劫難，於謙居功甚偉，其臨危不亂的抉擇也是無可挑剔的。這也是導致也先放歸英宗的最主要的因素。景泰元年八月，英宗回到北京，以太上皇的身份，幽居南宮。