蔡元培提出辭職後，絕大多數學生竭誠挽留。19日上午全體學生在三院大禮堂集會，共商挽留的辦法。登台發言的同學均主張挽留校長，但由於少數學生的反對，這次集會沒能取得一致意見。下午又ゾ在原地重行集會，並事先聲明係挽留校長會議，不讚同的不歡迎參加。到會的人很踴躍，一致決議挽留。
經各方麵斡旋，蔡元培打消了辭意，24日回校視事，並在《北京大學日刊》刊登啟事，請提出辭職的“諸先生亦即取消辭意，俾全校恢複原狀”。25日起學校照常辦公，風潮遂告平息。學校決定講義收費辦法暫緩實行，仍暫照上學年的辦法辦理。但教務會議卻以帶頭滋事為名，將預科法文班學生馮省三開除。這個決定顯然是不恰當的。
應該說，對於這次講義費風潮，蔡元培是看得過於嚴重。他在10月25日全校學生大會上的講演，敘述了他對事件的看法，他說：“我對於十八日的暴動，實在看得很重大。第一，此等蔑視他人人格，即放棄自己人格的舉動，雖極無知識的人，猶為所羞，今竟出於大學的學生。第二，爾日所要求的事，甚為微末，很有從容商量的餘地，為什麼要用這種蠻橫的手段，顯係借端生事，意圖破壞。第三，二千幾百人中，偶然有幾個神經異常的人，不算奇怪，但最少數人有這種異常的計畫，為什麼竟有一部分的人肯盲從？為什麼其他大多數的人都像隔岸觀火？事前既不加糾正，臨時又毫無製裁。數千人的社會，其中分子彼此不相關切如此，將來土崩瓦解的狀況，可以預推了。我因此很抱悲觀，所以決計辭職。”他又說，經過幾天了解，感到第三點，即對大多數人的看法，“不免有神經過敏的地方”，是一個誤會。但他仍然把這一事件稱為“少數學生暴動”，這是未必妥當的。這反映了察元培是不讚成類似罷課、鬧事和破壞紀律的舉動的。
對於這次講義費風潮，當時赴杭州出席中共中央特別會議的中共中央委員、北大應屆畢業生高尚德，曾在上海致函給校內要求廢除講義費的代表。他指出在外侮日深和民生日逼慘苦的關頭，曾經轟轟烈烈領導過五四運動的北大同學，應該把鬥爭力量集中在“繼續猛進抨擊使我們痛苦的主要原因。”他認為學校經費支絀，是因為被軍閥搶去，現在學校和學生在經濟的關係上是站在利害很一致的一邊。他表示不同意同學的這次舉劫，“同學將應當追究使他們不得‘安學’的主因——‘打倒軍閥’的呼聲，卻變換成對主持學校諸人的吵鬧。”他引導青年學生把鬥爭的鋒芒指向共同的故人——帝國主義和封建軍閥的身上。這是對發生這次事件根本原因的很好說明，也是對蔡元培和當時學校當局所持的正確看法。