分工之理，在以己之所長，補人之所短，而人之所長，亦還以補我之所短。故人類分子，決不當盡歸於同化，而貴在各能發達其特性。吾國學生遊學他國者，不患其科學程度之不若人，患其模仿太過而消亡其特性。所謂特性，即地理曆史家庭社會所影響於人之性質者是也。學者言進化最高級為各具我性，次則各具個性。能保我性，則所得於外國之思想、言論、學術，吸收而消化之，盡為‘我’之一部，而不為其所同化。否則留德者為國內增加幾輩德人，留法者、留英者，為國內增加兒輩英人、法人。支世界上能增加此幾輩有學問有德行之德人、英人、法人，寧不甚善？無如失其我性為可惜也。往者學生出外，深受刺激，其有毅力者，或緣之而益自發憤，其誌行稍薄弱者，即棄損其‘我’同化於外人。所望後之留學者，必須以‘我’食而化之，而毋為彼所同化。學業修畢，更遍遊數邦，以盡吸收其優點，且發達我特性也。這段話今天讀起來，也仍然是十分感人而富有意義的。這在半殖民地的中國，確為針砭時弊，金石之言。
但這種簡單模仿和盲目崇拜外國的傾向，當時在北大同樣嚴重存在。嚴複擔任北大校長期間，在全校積極推廣外語會話，在本科和預科課堂上除一些國學課程外，都用英語講授。課外活動，如開會、講演、討論也多用外語。預科教務會議全講英語，一些不懂英文的教授有苦難言。這種狀況，雖然對推廣外語學習收到一定的效果，但也助長了盲目崇洋和輕視祖國文化的傾向。特別是當時北大教授中崇拜西方資產階級文化的留學生較多，他們當中有些人幾乎不用漢語講話，甚至有的教中國曆史時也要講幾句英語以顯示其有學問。對此，許多人表示不滿，連一些外國教員也不以為然，“歎為非興國之征”。蔡元培長校後，極力矯正這種不良風氣。他規定開教務會議一律改用中文，開始時，一個外國教授起而反對，說：“我們不懂中國話。”蔡元培從容地回答：“假如我在貴國大學教書，是不是因為我是中國人，開會時你們就都說中國話？”使對方語塞，無言以對。從這時起，開會時一律用中文，不再講英語。在課堂上，他明確要求除外國語文課外，其他課程必須使用祖國語言。對《大學理科月刊》刊登的論文，則規定除一些專有名詞外，也一律要用中文書寫。這些措施受到了進步輿論的讚許。
蔡元培在課程建設上注意吸收歐美各國的學術文化成就，同時又強調結合本國的實際，保存和發揚自己的“特性”。如中國文學係除增加世界文學外，又於中國文學中增加了詞曲、小說和小說史方麵的課程，並發起征集民間歌謠，供大學生和研究生研究。理科方麵，“於數理化等學科外，兼征集全國生物標本”，亦是一例。
蔡元培到北大後為籌辦生物學係，曾與法國巴斯德生物學院協商設立分院（後沒有實現），但他沒有單純依賴外國，而是努力發展我國自己的生物學。1918年他聘請鍾觀光為北大理預科教授，擔負采集我國植物標本的工作。鍾觀光（1868—1940），字憲鬯，浙江鎮海人。著名植物學家。蔡元培創立中國教育會和民初主持教育部時，曾與他共事。這時他不顧自己年事已高，先後深入福建、廣東、雲南、廣西、浙江、安徽、江西、湖北、四川、河南、山西等省調查我國植物分布情況，曆時五載，搜集和積累了許多珍貴植物標本與資料，對我國早期植物分類學的發展，作出了重大貢獻。1924年，他創建了北大植物標本室。1925年北大生物係正式成立後，鍾觀光仍留校繼續整理標本，直至1927年他轉到浙江大學任教止。這時生物係已整理出植物標本八千多種，為教學提供了較好的條件。這件事反映了蔡元培提倡吸收和消化歐美國家的先進文化，根本是著眼於發展祖國的科學事業。
再其次，蔡元培認為吸收外國文化，不僅要吸收外國文化的成果，更重要的是要掌握先進的何學方法，並運用這種科學方法來整理中國的舊有文化，以創造新義，求得更進一歩的發展。他說：“販運傳譯，固然是文化的助力，但真正文化是要自己創造的。”又說：“研究者也，非徒輸入歐化，而必於歐化之中為更進之發明；非徒保存國粹，而必以科學方法，揭國粹之真相。”他認為“歐化優點即在事事以科學為基礎”。這種科學不僅指某一學科或研究的成果，而更重要的是指科學的方法。他主張中國不但在“發明的科學”（指自然科學）方麵應采用“西洋方法來試驗”，而且“就是中國固有的學問”，即人文方麵，“也要用科學的方法來整理他”。1921年6月，他到美國考察教育時，在華盛頓喬治城大學的講演中，曾闡述了人類文化曆史演進的規律，他說：“綜觀曆史，凡不同的文化互相接觸，必能產生一種新文化。”這種借鑒與創新的統一，表現了蔡元培進步的中西文化觀。這種主張反對了故步自封的保守思想，打破了清末以來束縛我國科學文化發展的所謂“中學為體，西學為用”的謬見；這對於改革學校的課程也有重要意義，史學係的革新即是一例。
原來，文科學長陳獨秀曾大力提倡新文學整頓中國文學門，因而引起舊派教員的不滿；1917年秋成立中國史學門時，他們多改歸這新學門，想把這裏作為他們舊派的陣地。但蔡元培、陳獨秀同樣重視史學的改革，五四運動後在中國史學門增設西洋史各課，改稱史學係，由原來一國的史學變為世界的史學。這時史的課程除中國史分上古、中古、近古、近世和現代史，分別在四個年級講授外，世界史有西洋史（分上古、中古和近世史），但東洋史還隻有印度古代史和日本近世史。蔡元培還將史學係和政治、經濟、法律等係一起編入第五學組，表示史學和社會科學的密切關係。為了改革中國舊史學，這時將原來選修課的社會學、經濟學、政治學等社會科學課程，改為必修科，作為史學的基本知識課，並且聘請西洋史教授翻譯歐美新史學及唯物史觀等書，陳翰笙等人也在這時應聘來係介紹歐美新史學。1920年李大釗任史學係教授後，曾先後講授過《唯物史觀》、《史學思想史》等重要課程。因而改變了過去史學門隻重史料的偏向，開始重視以科學的方法從事曆史的研究。這時的史學界正如李大釗所說，“晚近以來，高等教育機關裏的史學教授，幾無人不被唯物史觀的影響，而熱心創造一種社會的新生。”當然，這主要是指這時新思潮對學術界的影響而言，對多數教授來說，其史學觀點還是唯心主義的。