關於選科的確定，分別由本科和預科教授會負責。各學係根據自己專業的特點以及師資和設備的條件，確定必修和選修的課程，而學生則在教師指導下按規定誌願選擇學科。各係教授會負責編印課程指導書和分學年課程表，於每學年開學時幫助學生作選課的指導。對於一年級新生，學校還專門設立新生指導委員會，每年於新生入學時由校長指定教授組成，作為新生入學選課事宜的顧問。
實行選科製，可以增長學生的學習興趣，發揮學生的專長，有利於培養專門人才。當然，選科製如果缺乏必要的指導，也會有弊病。如有的學生從興趣出發，旁聽的課程過多，有的專攻冷門，忽視對基本理論、基本知識的掌握，從而限製了進一步的發展。蔡元培認為選科製隻適合於大學，普通教育不宜采用，他說：“這種製度隻能行之於高等以上的學校，並且學生隻有相對的選擇，無絕對的選擇，除必修科以外的科學，才有選擇權。”又說：
“學生所選的科學必須經教員審定，因教員知道選何者有益，選何者無益，如走生路，若無人指引，易入岐路。總而言之，高等教育方行選科製，但須教員認定。”蔡元培不但認為普通教育不宜采用選科製，而且也反對中學實行文實分科製，認為這樣不僅對造就理、工科人才不利，且培養出來的文、法、商諸科學生，也由於“科學知識太缺乏，仍為變相的舉子，而不適於科學萬能之新時代。”這個意見在今天仍然值得重視。
為了啟迪學生的主動性，除了采用選科製外，蔡元培還進行了一些改革。如主張大學講義應刪繁就簡，隻須列出綱要以啟發學生主動鑽研，他說：“諸君既研究高深學問，自與中學高等不同，不唯恃教員講授，尤賴一己潛修。以後講義隻列綱要，細微末節以及精旨奧義，或講師口授，或自行參考，以期學有心得，能裨實用。”又如，改變過去公布考試成績的做法，教員評出分數後將結果送交注冊部，不再向學生公布；不合格者由學校個別通知。這樣做的目的是使學生能一心向學，以免有的學生一味去追求分數的高低。
五四前後，無政府主義思潮在北大一部分學生中比較活躍，這時有些學生又紛紛提出取消考試製度的要求。如由北大學生會主辦、於1920年1月開始出版發行的《北京大學學生周刊》，曾出過一期“教育革命專號”（該刊第十五號），主要討論大學考試製度問題。所載文章都是主張徹底廢除考試，取消一切考核和紀律。有的學生甚至主張小學、中學、各種專門學校應和大學一樣，“一律廢除考試”。有的學生還發宣言呼籲“同聲反抗，把考試的‘筆’拋去”。有的則稱“考試是一種最壞的製度，等於摧花的風，齧果的蟲。”蔡元培承認考試“有好多壞處”，但又認為合理的考試還是必要的；考試廢除與否，“則以要不要證書為準，不要證書者廢止試驗，要證書者仍須試驗。”有些學生曾接受這個辦法，自由聽課不要文憑。1923年1月在北大日刊上曾公布本校不受試驗不要文憑的有朱謙之、繆金源等十七位同學。當時同學間曾稱他們為“自絕生”。
自1919年蔡元培在北大首行選科製後，1922年起全國其他高等學校也先後采用這一學製。選科製的普遍推行，被看作是“我國大學教育上一個極大的進歩。”