（二）設教務會議及教務處，由各學係主任組成，並互相推選教務長一人，任期一年（後來改為固定職務，不再輪流），統一領導全校的教學工作。由於這一年暑假後采用了分係製，教學工作統一教務處負責，遂完全廢去了學長製。馬寅初、顧孟餘、胡適等都擔任過這一時期的教務長。
（三）設總務處，設總務長一人，主管全校的人事和事務工作。總務長由校長委任，這時由蔣夢麟充任。總務處機構包括：文牘、會計部（主任蔣夢麟兼）、注冊、編誌、詢問、介紹部（主任鄭壽仁）、圖書部（主任李大釗）、儀器部（主任陳世璋）、出版部（主任李辛白）、校舍、齋務、雜務、衛生部（主任沈士遠）。
為了進一步健全製度明確職責，1921年12月，蔡元培又提出北大各種會議進行辦法提案，並經校評議會第三次會議通過施行。其主要內容為：
（一）各行政會議、教務會議、總務會議及其他關於校務之重要會議（如教授會等）之議決案，均須報告校長。
甲、各行政會議之議決案，由校長決定及分配施行。
乙、教務會議議決案，經校長同意後，分配教務長或其他機關施行。
丙、總務會議等……之議決案，由校長同意後，分配總務長或其他機關施行。
（二）校中各辦事機關，須將經過情形，每月報告校長一次。
由校長每年作總報告一次。
（三）各係教授會，每月至少須開會一次，商議各係應行進行事宜。
各教員會，至少每學期開會一次，商議關於各係全體教員應行事宜。
這樣，在北大就基本上確立了教授治校的領導體製。全校工作設立四種機構分別管理：（一）評議會，司立法；（二）行政會議及各行政委員會，司行政；（三）教務處、各學係教授會、預科委員會和研究所等，司教務；（四）總務處，司事務。
為了加強全校的集中統一管理，及時傳布學校的規章法令，並交流全校教學研究情況，活躍學術空氣，從1917年11月16日起，經蔡元培倡議出版了《北京大學日刊》，編輯主任為徐寶璜，陳獨秀、沈尹默、胡適、孫國璋為編輯員。日刊設置有“布告”、“通告”、“批示”、“公牘”、“命令”等欄。日出一張，星期一休刊。第二年二月日刊改組後，除紀事外，兼載文藝、學術方麵的稿件，還曾附有諸如歌謠等附頁。《日刊》曾聲明不登載討論當前政治和宗教問題的文稿，因此像五四運動這樣重大的曆史事件都未能反映。但是，隨著中國人民反帝反封建鬥爭的發展，《日刊》在傳播新思想、報道北大進步師生、進步社團的活動方麵，還是作出了一定的貢獻。
蔡元培在北大不僅創立了上述各種會議製度，健全了教授治校的領導體製，提高了工作效率，加強了全校統一管理，而且在實際工作中，作風民主，凡事都讓大家有機會盡量發表意見。對各方麵的人員一經任定，就信任他們，把全部工作交給他們負責，不去多幹渉。所以能人盡其才，使他們能夠施展自己的抱負。這種教授治校的原則，在當時處在封建軍閥統治的曆史條件下，是具有進步意義的，對學校的建設也起了積極的作用。後來有人對蔡元培的這種領導方法稱讚道：“先生長北大數年，以政治環境關係，在校之時少，而離校之時多。離校之時，校務不但不陷停頓，且能依計劃以進行者，則以先生已樹立評議會及各種委員會等之製度。此製度之精神，在以教授治理校務，用民治製度，決定政策，以分工方法，處理各種興革事宜。然而非校長之清公雅量，則此製度不克成立；非師生絕對信賴校長，此製度不易推行也。”蔡元培本人對這種分工協力的民主治校也很滿意。1920年10月，他赴歐考察教育與學生話別時說：“我這次出去，若是於本校不免發生困難，我一定不去。但是現在校中組織很周密；職員辦事很能和衷，職員與學生間，也都是開誠布公。我沒有什麼不放心的事了。”這就是他所期望的，不因校長的去留，而影響校務的進行。