首先，運軍的工作不僅異常艱辛、持續時間長，而且存在很大的風險。自漕運產生後，由於以人力為主的水運手段存在著極大的落後性，因此，漕運勞作始終是一項異常艱辛的工作。明代時，運河設施和運輸方法雖有所改善，但漕運的基本條件卻依然如故。概括而言，當時的漕運仍存在著勞動量大、工作條件惡劣、持續時間長及危險等特點。如所周知，由於我國地形存在北高南低的基本特點，因此溝通北京與江南聯係的大運河也具有同樣的特點。而這一特點無疑對由南向北的漕運造成了很大的困難，即：其一，北運河（長江以北運河）水位不穩定，經常存在淺澀的問題，對行船帶來頗大影響，如：天津至通州的200裏運河上就經常出現水淺的現象，漕船行進，“動經旬日，或百夫拚力牽挽不行”；其二，運河上船閘林立，雖有益於保持水量，但卻同時增加了漕船過閘的麻煩，如明中葉時某官所說：江南丹陽段運河淺澀難行，漕船過京口閘時，常需三四百人挽拽一船，“方得出閘”；其三，更重要的是北上載重漕船幾乎全程逆行，在不具備機械動力的情況下，航行隻能依賴人力撐篙、拉纖進行，等等。在此情況下，從南到北長達一千四百多公裏（當時人稱五千裏）的水路，十名運卒要完成一艘裝載近五百石漕糧的船隻航行，其勞動量之大是可想而知的。就運軍的工作條件而論，也是相當惡劣的。在北運南返的全過程中，運軍都是在漕船上下度過的，明人即指出：運軍身一入運，“無一日不在運中”，“曝挽於赤日之下，則背肉生鱗，力撕於急溜之中，則哀呼聲慘”。風餐露宿，缺醫少藥，一旦累垮病倒，後果不堪設想，就連明仁宗也說：“官軍運糧，遠道勞勤，寒暑暴露，晝夜不息”。
從漕運勞作的時間上看，明代運軍大體上在每年的一月就要駕船到各水次接收漕糧，隨後“開幫”北運，大約到當年十月以後才能返回軍營，前後持續的時間長達十個月以上。明成祖時，運軍歸營後，衛所軍官“又加他役困之”，使得運軍終年不得休息。仁宗以後才下令不許分外役使運軍。但事實上，正如萬曆時漕臣王宗沐所反映的：運軍曆盡艱辛，“經年勞瘁還家，席未暖而官司已點新運矣”。從漕運麵臨的風險看，運河橫穿黃淮及長江等河，也必然給淺底漕船的航行和運軍的安全帶來一定的危險。特別是金元以來，黃河奪淮入海，使得原來的淮河故道並容黃、淮兩條大河，故一方麵河患無窮，另一方麵也對南北相銜的運河造成很大威脅。如漕船在通過徐州地區的運道時，就有呂梁洪、百步洪等天險，覆舟亡人的現象並不少見，所謂“有風波之險，且一舟過溜，三四百人行泥淖中，多至陷沒”。隆慶五年，黃河潰淹運河，一次漂毀八百多艘漕船，溺死運軍近千人。
其次，運軍既承受著沉重的賠償責任，又遭受到嚴厲的懲罰和各種勒索。明代有關漕運法令規定：運軍和運官對運輸中出現的損失，要承擔賠償的責任，同時還要受到相應的處罰。如對在漕糧中攙雜它物者，一律謫戌邊衛，對因風浪而漂失漕糧者，雖經勘查核實，“亦必加罪”，上自運官，下至運卒都要賠償受罰。其中運軍既要以自己的口糧賠補，同時仍要繼續承運，無力賠償者，則被發往極遠邊衛充軍。而運軍從接收漕糧開始，到最終抵京、通交納漕糧結束，其間所受到貪官汙吏、土豪劣紳的各種盤剝勒索是極為嚴重的，這也成為明代漕弊中的突出問題之一。有關這方麵的記載可謂連篇累牘，成化時，漕運總兵陳銳反映：各府縣官吏夥同糧長、裏長“濫收惡米”，運軍收兌時“複潑水和沙”，以致裝運後“蒸濕氵邑爛”，官府雖屢次查禁，但惡習依舊。漕船航行後，一路上押運軍官、閘壩胥吏、倉場僚佐無不借機勒索，如萬曆時某巡漕禦史所說：“餉銀之[不]時給，幫官把總之科派，沿河委催之擾害，各關稅棍之詐嚇”，士卒無一能夠幸免。特別是到京、通倉場交糧之際，“內外奸胥惡役，層層剝削”。同時代漕臣也指出：“運官有剝削，衙門有支費，洪閘有需索，到倉有經營”。甚至江浙一帶土豪縉紳也包納漕米，將粗惡之米強兌於運軍，“抑困漕軍”，諸如此類等等。在此重負壓榨之下，“運軍少□，即今疲憊已甚”，便成為普遍現象。
最後，運軍的報酬和待遇極為低下微薄。明代運軍屬職業性運卒，但在明前期，因實行軍民分運製，運軍承運的距離和時間相對較短，所以他們並沒有完全脫離屯地生產，並有餘丁隨營“生理”，以幫貼運軍。因此，運軍在交納屯地“子粒”（稅）後，每月可得一石餉糧，作為全家口糧。在出運期間，每月則可領取八鬥“月糧”，留給家屬糊口，另有三石“行糧”及少量“賞鈔”等，作為運軍本人承運期間的生活費，其屯地由家屬耕種。這些收入在當時尚能維持運軍及家屬的生活，但到明中葉實行運軍長運製度後，運軍長期忙於漕運任務，無暇顧及家中屯地，加上土地兼並日趨激烈，運軍屯地和衛所屯田一樣大都喪失，其收入便主要限於行糧、月糧了。與此同時，隨著軍政的腐敗，運軍外運時，軍官對家屬領取的月糧肆意克扣、拖欠，致使運軍家人陷入饑寒困苦境地，因此而死亡的現象並不少見。而運軍本人在出運期間的收入也得不到足夠的保證，據王宗沐分析：運軍自正月起運，至十一月結束，每人所得三石行糧折合下來，每天僅有“九合有餘”，漿洗衣物、薪鹽、醫藥、歲時飲“皆出其中”。王氏進而指出：“夫一日三餐，一升五合而飽，人之情也。今但使其求足於九合之中”，是不通情理的。事實上，這一有限的行糧也常遭到運官的克扣，一旦出現損失，還要以此填補，運軍真正拿到的也就更少了。另外，“輕齎”銀本為漕運中的必要經費，最初是發給運官沿途支用的，完成運務後，如有剩餘，“皆歸旗卒”，對補貼運官運軍收入的不足有一定的作用。但武宗之後，這筆銀錢被撤消，“遂為漕運官卒之害”。由於明代運軍收入微薄，特別是明中葉後待遇更為低下，但所受到的勒索和負擔的賠補責任卻並未減輕，因此，運軍的生活狀況日趨惡化，出息借債成為運軍中的普遍現象，如明憲宗時人說：漕運“軍士負債歲多”。《明史》也記載：“權要貸運軍銀以罔厚利”。其結果是不僅貧困運卒經常逃亡，所謂：“其軍丁有恃頑不行上運、不候交兌及雖交兌即棄船逃走者”。甚至一些運官也因此而家破人亡，明代中葉某官反映：“或自縊身死，如袁州衛百戶王宗是也；或削發脫身，如東昌衛指揮王鏞是也”。