北宋統一江南後，東南漕運沿襲了唐代的轉般法，但僅限於在淮南運河段上實行。宋太宗淳化時，為了擴大江淮六路的漕運，遂派楊允恭赴淮南統一管理漕務。楊氏明確劃分了各路的漕運路線，“凡水運自江淮、南劍、兩浙、荊湖南北路運，每歲租糴至真、揚、楚、泗州，置轉般倉受納，分調舟船計綱溯流入汴至京師”。其中，真州和揚州位於淮南運河南端，與長江相接；楚、泗州處於淮南運河北部，與淮河、汴河相通，自然是理想的中轉之地。與此同時，宋政府又吸取了劉晏的經驗，將轉般法與東南地區的“官賣鹽法”結合起來，以互相支持。所謂的東南官賣鹽法，即在東南六路地區實行的官營食鹽銷售製度。這一製度與轉般漕法配合的結果，便是六路轉運司承擔本地至淮南的漕運任務，在淮南諸轉般倉卸貨後，則利用返航空船運載淮南鹽回本路，散鹽於所屬各州，“諸州雖有費，亦有鹽以償之”。在此需要指出的是，由於北宋地方收入多上交中央，所以，賣鹽息錢對支持六路的經費有重要的意義，“歲以所入課利申省，而轉運司操其贏，以佐一路之費”。反過來又維持了漕運所須的必要經費“故漕不乏，民力亦寬”。另外，以返航空舟載鹽，省去了專門的運鹽費用，對漕船的合理使用發揮了積極的作用。因此，宋人說“鹽法與轉般相因以為利”。
北宋針對六路因糧食收成及水路距離不同而影響漕運量的問題，則通過采取糴買積儲的辦法來填補缺額，並對各地漕糧的征收進行必要的調劑和平衡。如範仲淹所說：“江南不稔則取之浙右，浙右不稔則取之淮南。”然而，在北宋前期，這一效法劉晏做法的內容還比較簡單，也尚未固定，漕運中還經常存在著諸如因各路漕糧運送時間不一致而延誤汴河漕船的統一運輸，對豐歉不同地區缺乏製度化的調劑與平衡，以及由於各地上供物資規定僵硬，而造成供需脫節、運費和成本高昂等等問題。這一狀況的存在，顯然對維持長期、大規模的漕運是不利的。於是，宋仁宗以後，許元等人在前代的基礎上對轉般法進行了充實和改造。
宋仁宗慶曆時，東南漕運出現運量不穩定的現象，影響了國用軍需。在範仲淹的推薦下，許元乃受命赴淮南從事整頓。許元除了加強東南發運司對六路漕運的統一管理外，主要力量則放在強化和充實轉般法上，使其中的調節、平衡功能趨於製度化。其具體做法是：發運司從宋中央取得一大筆錢作為糴買糧食的本錢，每年定期在江淮各路糴買米糧，然後儲存於淮南轉般倉，使“諸倉常有數年之積”。當某地因歉收或其他緣由無法完成漕運量時，發運司即以儲存之米代為上供，這被稱作“代發”；然後將代發米數折算成錢，稱“額斛”，加上水腳運費，由被代發的地區交納，如宋人所說：“州縣告歉，則折納上等優劣[價錢]，謂之‘額斛’，計本年最歲額以倉儲代輸京師，謂之‘代發’”，“諸路有歲歉米貴，則令輸錢以當年額，而為之就米賤路分糴之，以足年額。諸路年額易辦而發運司所收錢米常以有餘，或以其餘借助諸闕乏”，“歲必六百萬，而常餘百萬，以備非常”。轉般法中代發製度的確立，充分起到了調劑補缺的平衡作用，既使漕運量的穩定有了可靠的保證，同時又收到了“權水旱，製低昂”之效。當然，還應當注意到這一措施具有的某種牟利作用，正如蘇轍指出的：“發運司以所糴米代之，而取直於轉運司，幾倍本路實價，轉運司米雖至而出限一日，輒不得充數”。
在宋神宗熙寧年間王安石實行變法時，東南發運使薛向針對以往因各地上供指標過死而造成大量浪費的積弊，在轉般漕運法中進一步實行了“均輸法”。其主要內容有：其一，擴大發運使的職權，使其“預知在京倉庫所當辦者”，全權負責江淮六路漕運糧食物資的各項事務；其二，發運司可根據國都的需要，對各路上供貨物的內容和數量隨時加以調整，避免出現所供非所需的後果，所謂：“三司有餘粟，則（發運司）以粟轉為錢、為銀絹，以充上供之數，他物亦然，故有無相資，無偏重之弊”；其三，運用“徙貴就賤，用近易遠”的調運原則，靈活變通各地上供定額，以節省運輸費用等等。通過均輸法的改造，轉般漕運法更具優勢，在很大程度上可以滿足宋中央對江淮糧食物資的綜合利用，減少了浪費，緩和了供需之間的緊張矛盾。
北宋的轉般漕運法，經曆了宋初對唐製簡單繼承和沿襲後，內容不斷豐富完備，並日趨製度化。北宋轉般法的實施，對維持東南漕運的順利運行發揮了重要的作用；對官賣鹽法的存在和六路豐歉地區的調劑等方麵，也有一定的積極意義，“故上下俱寬，而中都不乏”。南宋著名學者呂祖謙高度評價道：“此是本朝良法。”
但到宋徽宗時，東南漕運法卻開始發生了巨大的變化。崇寧初，蔡京當政，腐朽集團為了增加中央的收入，改變了東南鹽法，以鈔鹽法取代官賣鹽法。於是，鹽利全歸榷貨務，“不許諸路以官船回載為轉運司之利”。也就是把這一部分鹽利收入從六路地方手中掠為中央所有。其結果是，各路因此而喪失了數十萬貫錢的經費，從而嚴重地影響了六路機構的收支平衡。新鹽法實行後，諸路轉運司由於入不敷出而難以負擔必要的漕運費用“漕計已自不足”。同時，六路漕船卸貨於淮南轉般倉後，無鹽可運，空舟返回，也很不經濟。這便使轉般漕運法陷於艱難的處境。不久，東南發運使胡師文為求升遷，又將發運司糴本數百萬貫錢以“羨餘”之名上交中央，換得戶部侍郎之位。其後任多加仿效，於是“本錢竭矣”。喪失了本錢，轉般法中調劑補闕的功能便隨之癱瘓，“不能增糴而儲積空矣，儲積既空，無可代發，而轉般無用矣”。
在上述局麵下，轉般漕運法便難於存在下去。當時的戶部尚書曾孝廣在上奏中就指出東南漕運繼續維持轉般法已無必要，因此他建議改行直接輸送京師的“直達法”。崇寧三年，宋王朝正式下令實行直達漕運法，汴河漕船大部分交由六路使用，“六路轉運司每歲以上供物斛各於所部用本路人船般運，直達京師，更不轉般”。但是，與轉般法相比，直達法明顯存在著許多問題，諸如：原來轉般法中發揮調劑平衡功能的代發製取消後，既影響了漕運量的穩定，“致多拖欠”，又加重了歉收地區的負擔；各路漕船頻繁通過淮南運河，水閘啟閉無常，結果“河道日益淺澀”；六路轉運司在經費匱乏的情況下，為了應付繁重的漕運任務，不得不增加額外的賦稅，給當地百姓的生產和生活帶來了嚴重的影響，宋徽宗也承認：“自行鹽鈔，漕計窘困，以江西言之，和預買欠民價不少”，以至於有的地方甚至出現了攔截他路漕船的現象；六路漕船空返時，無鹽可運，“沿江州縣亦無批請，故毀舟盜賣充日食，而敗舟亡卒處處有之，轉為盜賊不可勝計，其為害非細也”等等。
於是，許多官員都對直達法提出了非議，特別是東南漕臣不斷上奏要求恢複原有製度。大觀時期，宋中央遂派員對直達法利弊進行調查，並考慮重新實行轉般法。江西轉運副使張根等人乃請求“盡以鹽額還漕司，糴本錢還發運司”。然而，腐朽統治集團既不願放棄東南鹽利，又不能給六路和發運司足夠的經費，所以，恢複之舉隻能流於具文。宣和之後，直達法的弊端日益暴露，嚴重地影響了漕運的運行，“至有一路漕司不自置舟船，截留他路回綱，尤為不便”。宣和六年，宋中央不得已再度考慮恢複轉般法，於是，撥給東南發運司一筆糴本錢。但據當時人反映：這些錢“乃取之諸路”，所謂：“自鈔法行，鹽課悉歸榷貨務，諸路一無所得，漕計日已不給，今又斂取之，非出漕臣之家，亦取諸民而已”。此舉顯然不僅不能解決問題，反而加劇了原有的矛盾。其結果是，東南六路或拖欠上交的糴本錢，或不顧禁令繼續截留他路漕船，終於使轉般法未能複原。南宋時期，漕運區域僅局限於江南，並且路途短而運量小，故在漕運中仍主要實行直達法。
三 唐宋漕運管理組織的沿革
唐宋時期，是漕運管理組織走向穩定成熟的階段。唐代時，產生了最早的漕務官職和組織，但還都很不穩定。北宋在唐代的基礎上，逐漸建立了各漕運區域的專職漕運機構，從而極大地提高了漕運的管理和組織水平。
唐朝之前，由於漕運的區域主要集中在北方，其發展水平也相對較低，所以，漕運的管理比較簡單。在此期間，除了中央的大司農一類財政機關對漕運進行宏觀領導外，漕運的具體組織及管理實際上是由地方官負責的。如《史記?平準書》記載：西漢武帝時，卜式為成皋縣令，“將漕最”，即在組織漕糧輸送中成績最突出。此時，專門的漕務官職尚未出現，正如後人所評價：“臨時製宜，不足深論”。
如前所述，唐初漕運水平依然不高，其管理與前代也無多大區別，雖有時也派出使臣理漕，然而卻屬於遇事而設、事罷則撤的臨時性質。但漕運發展至武則天當政之後，無論是規模還是涉及的區域都超過了以往，特別是新興的江淮地區的漕運路線十分漫長，漕船須通過長江、淮河和黃河等幾大水係，沿途障礙重重，問題百出。於是，為了加強對日益擴大的漕運的管理，唐玄宗先天二年，任命陝州刺史李傑充陝州水陸運使，負責黃河上關鍵一段水路的漕務，“漕運之有使，自此始也”。這便是最早的漕運官職，不過卻是臨時差遣性的。開元二年，李傑以河南尹的官職再任水陸運使。開元二十二年，唐玄宗又以裴耀卿為“黃門侍郎、同中書門下平章事”，充江淮、河南轉運都使，管轄範圍擴及河南和江淮地區。此後，轉運使的設置逐漸增多。
到中唐藩鎮割據局麵形成後，唐王朝為了盡可能地獲取江淮財賦，遂不斷向東南派出大臣“理財”，一時諸使名目繁多，如度支使、兩稅使、租庸使、鹽鐵使、水陸運使及轉運使等等。並且常常一人身兼數職，如劉晏曾以度支使兼轉運、鹽鐵及鑄錢等使。後“韓?、杜?、杜讓能、崔昭偉皆以宰相充使”。其目的顯然是將搜刮東南財賦與漕運結合起來，以維持唐中央的生存需要。但正因為如此，又使理漕的轉運使、水陸運使本身的職能淡化。總之，唐代漕運官職的產生，反映出當時漕運管理水平的提高。盡管唐代的漕運官還存在著很大的弱點，諸如官職官名尚未穩定、常常與他職相兼及沒有獨立完整的組織機構等，但卻為後世製度化漕運管理組織的形成開創了先河。
北宋建國後，在漕運組織方麵吸取了唐代的一些經驗，逐步建立了完整的管理體係。北宋中央的三司（元豐之後則為戶部）負責漕運的宏觀領導，如製訂漕運總量和貨物內容等；各路轉運司負責催征本地漕糧物資，然後轉交漕運機關；各漕運區域的諸項漕運事務則由專職的漕運機構承擔。北宋的專職漕運機構有：東南六路發運司、黃河三門白波發運司、京東、京西南輦運司及催綱組織等，其中以東南發運司地位最為重要。如宋人所說：六路發運司上與三司“為表裏，以給中都”，下與轉運司相配合“以發運司總其綱條，以轉運使斡其歲入”，最終“總其漕運之事則隸發運司”。