為了更好利用升級後的新功能，更有利於自己掌控全局，張平在救國軍和軍管會之上，成立了獨立的統帥部，由他直接領導，統帥部設三部一處，由相應類型的專家級生化人擔任部處長，分別是情報部部長韓十五（女），內衛部部長楊十六，特種兵部部長朱十七，秘書處處長秦十八（女）。
人事任命後，針對現在的局勢和升級後的變化，張平分別對統帥部、救國軍和軍管會安排了工作。
統帥部這裏，先由英姿颯爽的韓十五帶領二十名優秀級生化女間諜，在蝴蝶穀中建立起情報機構，先期的主要工作是在張平的授權下，通過小四提供的係統地圖概況和實時戰術地圖的功能與相關專業設備，對整個占領區域進行全方位無死角24小時的監控，並整理彙總信息建立健全檔案管理製度，有任何問題都必須隨時通過小四向他彙報。
楊十六則必須帶領內衛部隊的三百名優秀級警衛型生化戰士，配備最先進的武器裝備，貼身保護張平的安全外，還要負責張平在統帥府和蝴蝶穀裏，固定的居所、辦公室進行不間斷護衛。而且他們是唯一一支發現危險後，在來不及請示張平時，可以自行武力解決問題的部隊，不管任何人員與事物，保證張平的安全是他們唯一的原則。
特種兵部隊則由朱十七帶領三百名優秀級特種兵型生化戰士組成，駐地設在蝴蝶穀中，配備最先進的武器裝備，包括各種大型武器裝備，例如軍艦、潛艇、坦克、導彈、裝甲車、飛機等等。他們的任務就是24小時待命，隨時準備完成張平交待的任務。
秘書處處長秦十八，是一位溫婉文靜長相甜美的女孩，她將帶領二十位容貌美麗千姿百態的優秀級文職型生化女戰士，為張平提供全方位的文秘服務，但需不需要現代社會那種“女秘書”的特殊服務，菜鳥張平表示壓力山大，暫時不予考慮。她們的辦公地點主要在統帥府和蝴蝶穀。
救國軍在有了身高1.95米體重90公斤好似鐵塔一樣的張一戰幫助下，張平開展工作極為順利，他隻須將目的與重點告訴張一戰即可，後者那職業軍人作風便會雷厲風行地執行下去。張平指示他必須在十日內完成全軍的整編換裝工作，此項工作的原則是科學合理精良正規化，一切從實戰出發。十日後，完成整編的部隊，要全部開始按計劃執行戰鬥任務。
針對張平的指示，張一戰命令參謀部部長李四，立即根據他提供的大綱，帶領一眾參謀製定詳細的攻朝、防俄及統一全國的各項計劃，並根據軍事行動進行的情況，開始醞釀登陸日本的作戰方案。
在全軍實行軍銜製度，士兵分為列兵和上等兵；士官分為上士、中士、下士和一、二、三、四級士官；尉官分為準尉、少尉、中尉和上尉；校官分為少校、中校和上校；將官分為準將、少將、中將、上將、四星上將和五星上將，另外還在陸、海、空三軍各設一名元帥，參謀總長也為元帥銜，救國軍隻設統帥一人，實行張平唯一終身製。
在全軍中實行士兵（軍官）牌、士兵（軍官）證和軍人身份證三持製度。
陸、海、空三軍和後勤裝備部各部部長，配合張一戰的全軍整編換裝工作。預計陸軍編成一個野戰集團軍，不設後勤保障部隊，由後勤裝備部全權負責集團軍的後勤保障工作。將所有未完成三個月新兵集訓的士兵，全部集中起來，並新建一個大型新兵訓練基地，進行回爐重造，今後非統帥特令，所有新加入救國軍的士兵必須完成新兵集訓。集團軍編製實行加強式三三製，即從排級起每級加設直屬火力單位，下設三個野戰師，取消旅，師下麵是團營連排班，每個師共一萬五千人。鄭七帶領的駐台部隊歸陸軍部指揮，駐台部隊為守備師級編製，全師兩個團共7000人，增設一個3000人的獨立團編製，以預備戰鬥時整編為野戰獨立旅。由鄭七任師長，全權指揮守備師和獨立團，負責台灣及附屬各島的防衛工作，並同時開展整編換裝。以後凡是收複或占領的大陸架外的島嶼，全部根據大小不同設置各級守備部隊，島礁和無人小島則由海軍陸戰隊負責設置各級守備部隊。