經過九尾時間之後，木葉元氣大傷，特別是四代和玖辛奈的雙雙犧牲，更是讓木葉忍村的形勢更加嚴峻。
百廢待興，現在的木葉不但是村子被破壞的眼中，就是上忍乃至中忍都犧牲了很多，木葉的戰力再次下滑，這次才是真正的達到了曆史以來最低的一次。
木葉失去了第四代火影，而放眼年青一代，沒有人能夠繼承火影之位，不是實力不夠就是領導能力有限，麵對這種情況，三代毛遂自薦，複出繼續承擔火影之位。
不知道處於某些原因，第三代下令把九尾事件隱藏了起來，人們隻知道當初是九尾襲擊了木葉，第四代為了保護木葉而犧。
然而詭異的是，鳴人這個英雄之後並沒有被宣揚出去，沒有人知道鳴人是第四代的兒子，人們所知道的事，鳴人體內有妖狐。，因此一些不知情的人開始把他成為妖狐，怪物，甚至有些人把他看成是仇人，因為正是妖狐殺死了自己的親人。
對於這些，三代所做的就是放任不管，而且派暗部監視著鳴人。
九尾的襲擊沒有幾個人知道真相，就是三代也不知道真相，然而木葉的損失，卻讓周圍的忍村再次蠢蠢欲動起來。
戰爭已經有一觸即發的趨勢！
木葉村還麵臨著一個非常嚴峻的問題，那就是內亂，自從九尾襲擊村子之後，很多人都對宇智波一族產生了懷疑，因為隻有宇智波一族的人才能夠控製九尾。
正因為這樣，宇智波一族更加被村子敵視，木葉的高層也是把宇智波一族更加的邊緣化，這也更加加劇了宇智波一族的不滿。
麵對周圍其他忍村的敵視，三代不得不把年青一代的忍者派出去，而作為旗木朔茂的弟子，凱，止水和鼬更是首當其衝，因為止水和鼬都是宇智波一族的人，而鼬更是宇智波一族族長的大兒子，是名副其實的天才，麵對村子的壓力，鼬必須為村子做出貢獻，而凱和止水的實力更是不弱。
對於這種情況，旗木朔茂也沒有說什麼，他可以護住他們的安全，所以他也不顧忌什麼，放心的讓他們出去執行危險的任務。
“三代有些過分了！”根的總部，化身為團藏的水門眉頭皺的很緊，對於三代對於鳴人的處理非常氣憤，不管怎麼說，鳴人都算是英雄的後代，自己的兒子，村子裏的人那樣對他，這是要把他逼上歧路麼。
“我去找三代要個說法！”旁邊的玖辛奈臉色鐵青，他們夫妻為了村子本來都打算抱著必死的決心，然而自己的兒子卻被那樣對待，換做是誰都不能容忍。
就在這時，旗木朔茂也出現了，“玖辛奈，你不要衝動，這些事情對於名人以後的成長是有利的，而且你們都在村子裏，因此也完全可以去三代那邊，爭取把監視人柱力的任務奪過來，然後你們就可以光明正大的照顧他了”
水門和玖辛奈同時眼中一亮，水門對於自己的身份還沒轉換過來，現在他的身份可是團藏，權利僅次於三代。
“旗木前輩說的是，就這麼辦！”
雨隱村，曉的總部。
“失敗了？”長門睜著輪回眼，看著陡然出現的宇智波帶土，他眼神閃過精光。
“第四代沒那麼容易對付，不過讓我沒想到的是他居然和九尾同歸於盡了，這件事情非常詭異。”曾經作為第四代的弟子，帶土更加了解自己的老師的能力，對付九尾根本不需要同歸於盡，那個男人想殺死他，並非那麼容易，就算是完全體的九尾都不可能。
這件事情過後，宇智波帶土也就在此潛伏了起來，而曉也在暗中悄悄的發展起來。
按照原著，彌彥一手創立曉，也是帶土一手策劃的，然而事情卻因為旗木朔茂的橫插一腳而破壞了，彌彥他改變不了，但是長門由斑和他一手扶持，潛移默化之下，思想已經開始了轉變，實際上長門體內也被斑下了術式的，隻是斑並沒有告訴帶土，而且此時的他已經真正的死去了。
不過不要小瞧了斑，他不會做沒有把握的事情，他能夠放心的把輪回眼給長門，那麼後手就一定不會少，這些事長門和帶土都不曾具備的。