任何宗教對科學的發展都有阻礙作用，善惡報應在這方麵的影響也極顯著。因為在報應觀中，最根本的就是以人事影響天然的那種巫術的成分，認為人的行為絕對地決定了事物的過程或結果。假如皇帝仁善，必然會有豐年，天一定會降福；反之，就會出現災異，以示懲戒。一般人隻要虔心行善，也會獲得天神佑護，自身福壽可望，子孫昌盛可期。反之則遭罰。這種信念，使人們醉心於神奇和超自然的事物，越來越深地陷在錯誤之中，對於一切自然現象——風、雨、旱、蝗、山崩、地震、星殞、日食、嚴寒、瘟疫、豐收、饑歉等等——隻要已有的知識和經驗不足以解釋，就會以神為最終原因來解釋，而惰於探索和不承認事件的物質規律性和導致壞現象的真正原因。所以，一旦遇到自然災害，人們不是去探尋現象的自然原因，不考慮如何以人力勝天，而是不假思索地認為是神的作用，是天帝施罰。舉國上下，匍匐祈禱，希冀神靈消災降福。
千百年來，人們對於如何通過賑濟貧困、收瘞遺骸等好事來感動神靈，通過嚴潔祭壇、祭品、禁止屠宰來討好神靈，通過在龍潭中投死豬或扔婦女敝屣和臭裹腳布等穢物來振觸神靈，通過自我懲罰乃至自焚等手段來威脅神靈等祈禱祭祀方式，可謂無所不用心其極，惟獨不思慮進行以人力抗禦自然災害的努力。使我們民族的進取精神在一種怠惰風習中和迷信愚昧中衰弱下去，從而加強了人們在自然界麵前的軟弱無力，阻礙了一切有用科學的發展，使我國社會實際上是停頓在一個漫長的非常不易擺脫的幼稚時代。
清人魏敏果說過這樣一句格言：“五倫之外無道，六經之外無文，四書之外無學。”（《清朝野史大觀》卷五）這是魏氏的格言，同時也是放之整個封建社會而皆準的通理。隻有“五倫”、“六經”、“四書”才是“道”、是“文”、是“學”，才有必要去探究，去闡發，而“六合之外”的一切自然的或生理的疑異現象，則“存而勿論”，或以鬼神報應觀破解。《續夷堅誌》卷二記載：金代泰和年間（1201-1208），定襄縣有一匹馬驚逸，直奔縣廳將縣主簿齧倒，咬至死，傷折之處，慘不忍睹。當時人說：這匹馬，不是為鬼物所憑，就是他世報怨。這個馬驚傷人事件，就這麼簡單地解決了。《見聞雜記》卷二記載：明代萬曆六年（1578）六月，浙江金門衛後所千戶金璫家臥室內，“平地湧血如鼎沸，高三尺許，天明凝凍成塊。事聞，下禮部議修省。”在今天看來，這所謂“血”，在六月可凝結成塊，大概是某種濃度極高的金屬礦水，也許是鐵礦水。自當迅速探明，以備開采。而當時都以為是上天“示儆”。李樂說：“夫血，陰物也，無故湧血，高至三尺，於人道為小人得誌，於刑獄為冤抑不申，於地方為殺戮慘傷之象。”因此，要“修政省刑”，以示知懼改悔。
《閱微草堂筆記》載有這樣幾件事：清代有個叫雷陽的人，養了幾隻羊，其中一隻忽然人立而舞。當時人說：“羊怎麼會跳舞呢，肯定有鬼憑附！”（卷一一）有人得了一種奇怪的病，目不能視，耳不能昕，口不能言，四肢不能動，周身痿痹，不知痛癢，仰置床上，塊然如木石，僅一息不絕。家人知其未死，按時以飲食置口中，也能咀嚼吞咽。名醫也無所措手足，說：“此病身死而心生，為自古醫經所不載，大概是業報吧！”（卷九）有個富翁的獨生子得了重病，請當時名醫診治，醫生說，“脈現鬼症，非藥石所能療也。”竟拂袖而去（卷六）。中醫學是我國古代較為發達的一門學科，其尚且如此，其他學科的情形自可想見。