大理寺少卿薛，齎詔入燕營，燕王讀詔畢，怒對薛道：“汝臨行時，上有何言？”答道：“皇上有旨，殿下早晨釋甲，朝廷暮即班師。”燕王獰然笑道：“這語不能誑三尺小兒，乃欲來誑我麼？”戰栗不能對，使非其人，多辱君命。燕將大嘩，群請殺。燕王道：“兩國相爭，不斬來使，況他曾奉詔到此，爾等休得妄言！”既知有君，如何造反？這也是欺人之語。乃令遍觀各營，戈矛旗鼓，相接百餘裏，嚇得汗流浹背，局不安。燕王留數日，告別欲歸，燕王語道：“為我歸語天子，我父即天子之大父，天子父係我同產兄，我為親藩，富貴已極，尚複何望？無非望做皇帝，何必過謙？且天子待我素厚，隻因權奸讒構，釀成釁隙，我為救死起見，不得已發兵南來，今幸蒙詔罷兵，不勝感戴。但奸臣尚在，大軍未還，我軍心存惶惑，未肯遽散，望皇上立誅權奸，遣散各軍，我願率諸子歸罪闕下，恭候皇上處治。”一派甘言，恐亦不能欺三尺小兒。唯唯聽命。燕王複令中使送他出境。
沿途不敢逗留，數日到京。方孝孺先與晤，詳問燕事。把燕王所言，具述一遍，孝孺嘿然。及入見帝，亦備述前意，且言燕軍甚盛，不易破滅。帝語孝孺道：“果如言，是曲在朝廷，齊、黃二人，誤朕太甚了。”孝孺道：“陛下使宣諭燕王，反為燕王作說客，如何可信？”於是帝又遊移未決。總是優柔寡斷。既而吳傑、平安等，收集潰卒，往斷北平餉道，燕王未免懷憂，乃遣指揮武勝，複馳奏到京，大略言朝廷已許罷兵，盛庸等獨擁兵未撤，且絕臣餉道，顯違詔旨，請從嚴懲辦雲雲。建文帝得了此奏，頗有罷兵意，便將原奏示方孝孺，且語孝孺道：“燕王為孝康皇帝同產弟，係朕親叔父，若逼他過甚，如何對得住宗廟神靈？”孝孺抗奏道：“陛下果欲罷兵麼？兵罷不可複聚，若他長驅犯闕，如何對付？臣願陛下毋為所欺，速誅武勝，與他決絕，那時士氣一振，自必得勝。”前雲佯與往來，今複請與決絕，且欲誅使以激其怒，自相矛盾，安望成功。建文帝又信了孝孺，縛勝下錦衣獄。忽寬忽嚴，太無定見。
燕王聞報大怒，即遣都指揮李遠等，率輕騎六千餘人，改換南軍衣甲，混入濟寧、穀亭一帶，與南軍混雜，乘機縱火，把南軍所積糧餉，一炬成灰。燕將邱福、薛祿，複合兵破濟州城，潛遣兵抄掠沛縣，又放起一把無名火，將南軍糧船數萬艘，一齊毀盡，所有軍資器械，統成煨燼，河水盡熱，魚鱉皆浮死。仿佛曹軍之焚烏巢。自是南軍乏糧，愈覺短氣，至盛庸聞耗，遣將袁宇率軍邀截，又被李遠設伏擊敗，斬首數千級。這消息傳到京城，大為震動。方孝孺乃獻上一計，欲離間燕王父子，請遺書高熾，允他王燕，令他父子相疑，自成亂釁。建文帝稱為奇謀，慢著！即命孝孺草書，遣錦衣衛千戶張安，齎書投燕。燕世子高熾，偏是乖巧，得書後並不啟封，竟差了騎兵數名，衛著張安，送交軍前。燕中官黃儼，本諂奉高燧，與高熾不甚相合，他聞知張安來意，即遣人馳報燕王，燕王頗也疑心，轉問高煦。高煦本是個狠戾人物，管什麼兄弟情誼，自然添些兒壞話。湊巧差騎已到，送入張安，並呈原書。燕王展閱畢，不禁驚喜道：“險些兒殺我世子。”遂命將張安拘禁，更複書慰勉高熾，那時方孝孺一番計畫，又徒成畫餅了。計固未佳。
盛庸因餉道不通，焦悶異常，即檄大同守將房昭，引兵入紫荊關，據易州西水寨，窺伺北平。平安亦從真定出兵，擬向北平進擊。燕王時在大名，遣將朱能等截擊平安，自領大軍往攻房昭。房昭被困多日，向真定乞援，真定發兵往救，被燕王設伏齊眉山下，一鼓擊退，斬獲無數。房昭勢窮援絕，隻得棄寨西遁，潰圍時喪亡多人。平安到了半途，也被朱能殺敗，走還真定。燕王得了許多輜重，凱旋北平。
建文帝屢聞敗耗，無計可施，忽憶著太祖臨崩，嚐有遺囑委托梅殷，要他力扶幼主，遂召他入朝，商決軍事。梅殷係汝南侯梅思祖從子，通經史，善騎射，曾尚太祖女寧國公主，素得太祖寵眷，太祖彌留時，殷亦侍側，太祖囑他道：“諸王強盛，太孫稚弱，煩你盡心輔佐，如有犯上作亂，應為朕出師討罪。”殷頓首受命。至是奉詔入朝，建文帝提起遺言，意欲命他出鎮，殷直任不辭，遂受職總兵，出鎮淮安，募集淮安兵民，號四十萬，駐守淮上，防扼燕軍。一麵由寧國公主，致書燕王，責以君臣大義，燕王不答。是時朝廷中官，出使外省，多半侵暴百姓，怨言四起，台臣交章劾奏，建文帝格外懊惱，嚴旨斥責，並令所在地方官，逮係罪犯，盡法懲治。中官怨忿交迫，索性喪盡天良，密遣人馳赴北平，具言京師如何空虛，如何可取。蠹國殃民，端在此輩。燕王不禁慨然道：“頻年用兵，何時得了？要當臨江一決，不再返顧呢。”道衍亦勸燕王直趨南京，燕王遂大舉誓師，擇日出發。一路馳突，所向無前，連陷東平、濟陽諸州縣，斷絕徐州餉道，並破蕭沛及宿州。京師聞警，命徐輝祖往援山東。輝祖星夜前行，至小河，聞都督何福，與燕軍交戰，大獲勝仗，平安轉戰至北阪，亦殺敗燕軍，兩處勝仗，隨筆寫過。心下大慰。即驅眾至齊眉山，與何福合兵，複與燕軍廝殺。兩下裏舍命角逐，自午至酉，勝負相當。燕將李斌，衝鋒突陣，忽被流矢射中馬首，馬倒被擒。斌係著名健將，受擒後尚格殺數人，方才斃命，燕軍為之奪氣，隨即潰散。燕將王真、陳文，亦皆戰死。燕王退走數十裏，才得安營。眾將因屢次敗衄，請還師休養，俟釁再動。燕王道：“兵事有進無退，稍稍失敗，何可遽回？公等但顧目前，寧識大計？”言已，複下令軍中道：“欲渡河北歸，請趨左！否則趨右。”此令殊誤。眾將多趨左。燕王大聲道：“爾等既不願南行，任從自便！”言下很有怒容。朱能即出為調停道：“諸君獨不聞漢高遺事麼？漢高十戰九敗，終有天下，今我軍尚勝多敗少，如何便有退心？”太祖屢效漢高，朱能亦以漢高擬燕王，父子皆思創業，安得不骨肉相戕耶？諸將始嘿然無言。燕王恐兵士嘩變，好幾日衣不解甲，夜不安寢。