劉裕在京中的眼線也不止王謐一個，對於劉毅的小動作肯定一清二楚。但是劉穆之的一番話打開劉裕心中的另一片天地，讓他的心裏也燃起一絲叫做野心的火苗，於是劉裕就虛心地向劉穆之請教應對之策。
“揚州乃是國都所在，也是天下之根基所在，這樣重要的地方是不能交給外人的，當初交給王謐，也是形勢上的迫不得已。現在有了機會，您還假手於別人之手，就要受到別人的製約，一旦在朝中沒有了替您說話的人，將來的危險實在不好估計，而且權利中心能進而不進，將來就再也沒有這麼好的機會和理由進去了，隻不過現在朝中已經拿出了所謂的決定出來，倒也不好明著反對。總不能我說要當這個錄尚書事吧。您就這樣說，‘中央地區是治理國家的根本所在，輔佐君王的宰相一級官員，地位也非常重要。選定這樣的官員一事既然如此重大，便決不可以在外地隨便發幾聲空議論敷衍，最近我抽時間前往京都，再與你們一起充分地交下換意見。’等您到了都城，以您的身份地位，他們一定不敢越過您再把這個官職交給別人。”
劉裕聽了這番那是高興不已，馬上就入建康城述職，順便也討論一下這個宰相的職務到底由誰來當。大老板親到那劉毅還敢怎麼地？在408年二月，朝廷任命劉裕任侍中、車騎將軍、開府儀同三司、揚州刺史、錄尚書事，留在朝中輔政。（《資治通鑒。一一四卷》劉裕原來的徐、兗二州刺史的職務還在兼任。
他既是輔政大臣，又兼著三州的刺史，那權利也太重了，於是他上表請求去了兗州刺史之位，同時推薦諸葛長民擔任青州刺史，代替自己鎮守京口。
劉裕與劉毅這一回的暗中爭鬥以劉毅失敗而告終，就在劉毅心裏暗恨的同時，他的機會馬上就來了。
到了408年九月時，蜀中那場打了兩年多的仗，譙縱終於抵抗不住了，變身賣國賊，向後秦稱臣求救。姚興派遣平西將軍姚賞、南梁州刺史王敏統領大軍二萬人前來助戰。劉敬宣的軍隊也到達了遂寧郡之黃虎（今四川遂寧市射洪縣一帶），距成都隻有五百裏，這個形勢對兩方來說都是到了最關鍵時候，譙縱的輔國將軍譙道福集中主力大軍依據險死守。
雙方一直相持了六十多天，而劉敬宣的軍隊人數畢竟太少，也不能不顧損失的死命強攻，所以他始終無法打破這相持的僵局，到了最後軍中的糧草都快供應不上了。禍不單行，益州在古時多瘴氣，七八月的天氣最是煩熱，死了人又沒有及時處理好，劉敬宣的軍中發生了一場大瘟疫，下麵的死亡士兵又超過了總人數的一半，劉敬宣無法，帶著殘餘部隊撤退。（《資治通鑒。一一四卷》）
由於這次作戰失敗，劉敬宣不僅受到免官的處分，還被削減了封地的三分之一，而作為剿匪總司令的劉道規也被降為建威將軍，甚至就是劉裕這個擔保人也受到了降職的處份，劉裕當時是要自請遜位的，隻是朝廷不許，隻是將他的封號由二品車騎將軍降為三品中軍將軍，劉毅的心裏這下應該很高興吧。
到了此時，反正已經快撕破了臉，劉毅就在朝中多次上書要以重罪懲治劉敬宣，多虧了劉裕在朝中多方維護，甚至還派人貼身保護他，以防止他遭遇到不測之事。就連何無忌知道此事後也勸劉毅，讓他不要因為私怨影響公務，如果真要治罪，應該拿到朝廷上討論，劉毅看到這麼多人都不支持他，也隻得作罷，隻是見了劉裕的時候，還要時不時的譏諷兩句，說他用人不當。（《資治通鑒。一一四卷》）