真新鎮的早晨，一群波波快速飛過，一個少年肩膀上坐著一隻黃色的小精靈，他的臉上洋溢著開心的笑容，在他的身邊跟著一個金色長發的少女。“終於回來了呢，皮卡丘！莉莉艾，我們到了哦。”這個少年正是剛從阿羅拉地區回來的小智，他肩膀上的皮卡丘已經有些昏昏欲睡，聽到小智的聲音才驚醒過來。“皮卡……”皮卡丘昨晚上並沒有睡好，因為太過興奮的原因吧，畢竟已經很久沒見過那些夥伴了。
“走吧，我們回家。”小智下意識的牽著莉莉艾加快了腳步，他並沒有發現莉莉艾臉上的紅暈。回到家裏後首先看到了正在澆花的吸盤魔偶，門是打開的，誘惑的香味從裏麵飄出。“媽媽，我回來了！”後麵正在炒菜的花子聽到小智的聲音，望著小智的房間苦笑一聲，沒想到自家兒子的魅力那麼大。
這還沒進門呢，就有幾個人等著“伏擊”他了。“哎，越來越搞不懂現在的年輕人了，算了，隨他們吧。”花子說完把做好的料理端上桌子，然後偷偷的朝著某個地方使了個眼神。“回來了，快來吃飯吧。”花子一邊說一邊把小智和莉莉艾迎進門，小智沒想到，他剛進門就有幾個身影撲了過來。
“歡迎回來，小智！”小智一愣，看著眼前的三個女孩想起了曾經的一點一滴。“小霞，小遙和小光，真沒想到你們竟然會跑到我家來，還給我這麼大個‘驚喜’。”小智雖然板著臉，卻還是被人捕捉到了嘴角的微笑。
“什麼嘛，你不歡迎我們嗎？”小霞捏著拳頭威嚇到，小遙和小光也來湊熱鬧。“不是啦，我接下來打算重新挑戰精靈聯盟，你們要不要一起來。”小智說出了自己的打算，這時候三個女生才發現了後麵的莉莉艾。
“當然了，對了，她是誰啊？”小光毫不猶豫的答應了，這一次她不會再離開他了，因為隻有跟在他的身邊才不會感到孤獨。“忘了介紹，這位是莉莉艾，是我在阿羅拉地區學習時的同學，剛好要來關東旅行，我也就順路把她帶回來了。”在離開阿羅拉地區之前，莉莉艾也決定了她的夢想——成為小精靈觀察家，她想觀察更多的小精靈，以此來接觸它們。
直到小智即將離開，才會決定跟著一起回來，因為她真的是舍不得小智，同時也無法屏蔽心中對他的感情。“好，今天好好休息吧，明天出發！”小智幾人迅速的解決了桌子上的料理，皮卡丘也清醒了許多，於是，小智帶著莉莉艾他們在附近轉了一天，期間也去看望了一下小智的小精靈們。
第二天，今天的小智起的額外的早，草草的吃過早餐就迫不及待的朝著大木研究所跑去……研究所門口，莉莉艾她們已經等候多時。“這個小智，怎麼還不來啊。”小霞今天額外的著急了，要是換著破碎，不等個幾小時才怪。
“各位，我來了。”小智來到研究所，並且在大木博士那裏拿到了全新的圖鑒，然後帶走了噴火龍（昨天晚上回來的）、蜥蜴王、烈咬陸鯊、鬃岩狼人、木木梟和皮卡丘，這是他目前的最強陣容了。“好，接下來朝著尼比市進發吧……”小智還是那麼急躁，小霞她們隻好跟上。
就這樣，小智的新旅行開始了，接下來會有什麼樣的困難等著他呢？突然出現的神秘組織到底是什麼身份，他們的目的又是什麼？敬請期待後麵的故事……