祈……不要離開我……
如果我早一點接受王的使命……
如果我早一點麵對自己的本心……
如果……
輕輕抱著懷著的玉人，感受著其身體被ApocalypseVirus(天啟病毒）侵蝕而逐漸僵硬的身體，一幕幕回憶頓時浮現在眼前。
祈……
在2039年，日本處於GHQ的統治時，自己在校內遇見了自己崇拜的偶像楪祈，但她卻被突然出現的GHQ帶走了。為了達成她托付的使命，自己獨自前往六本木地區。然後遇到了恙神涯，也就是葬儀社」的年輕首領，然後，戰鬥便莫名其妙的開始了！為了就下楪祈，自己將其撲倒的時候，裝有王之藥劑——也就是虛空基因侵染藥劑被打碎，使之自己獲得了“王之刻印”，通過刻印，自己可以自在地從人的身體裏抽取出名為“void（虛無）”的物質，並以借此為武器得到戰鬥的力量。
然後……
自己用小祈胸口抽出的劍打敗終極咆哮，解決了一場危機。自己兩人一起回到涯的麵前，從他口中得知有關「王之能力」以及「虛空」的事。同時，涯也對得到力量的自己提出加入戰鬥的要求。但是，自己當時感到十分迷惘，卻看到了GHQ對六本木地區居民的「淨化行動」，於是下定決心參戰。葬儀社的搶救居民作戰開始，勝敗關鍵就在自己的身上。
我拒絕了葬儀社的邀請，決定回歸平靜的生活，但是小祈卻轉學到我的班上。除此之外，自己與葬儀社在六本木活動的樣子，被校內的學生目擊了。麵對不知道該怎麼辦的我，涯對他說“你要是珍惜平穩的日常生活，就自己去保護吧”。憑著虛空形狀這個線索在校園內奔走，我終於找到了目擊者，但他卻是我從未想到的人……
因為穀尋的背叛，讓我因為涉嫌與恐怖份子接觸而被拘留。逮捕我的GHQ噓界少校，巧妙地利用言語不斷動搖我的內心。「我到底該相信誰？」正當我苦惱不已之際，葬儀社決定進行劫獄的作戰計畫。在真相不明卻又麵臨選擇之時，自己的眼前出現了一絲光明。就在此刻，他下定了決心。
我前往了葬儀社的基地，但卻連休息的時間都沒有，立刻為了實行白血球作戰計畫展開基礎訓練，我也從中再次體會到葬儀社成員高強的戰鬥力。麵對問他為何來到這裏的小祈，我原本想對她表白自己的心意，卻因為她的回答而大受打擊。模擬戰即將開始，我能被葬儀社認同，成為他們的一份子嗎？
GHQ的奇襲讓葬儀社失去了不少夥伴。但是受傷的涯卻堅持繼續進行作戰計畫。此次作戰的關鍵，就是我的王之能力還有城戶研二的虛空，但我卻拒絕參與這個會造成多人犧牲的計畫。懷疑涯是否有資格當領袖的我，在聽到涯的心聲之後改變了主意。失控的白血球即將墜毀在東京，涯卻主動迎上前去──此時，對我說話的神秘聲音，引出了虛空之力。
以湮滅我與事件有關的證據和噓界交換條件，我回到了久違的校園。當我飽受其他同學好奇的眼光時，學生會長供奉院亞裏沙讓我重回了平靜的學校生活。另一方麵，葬儀社為確保物資與資金來源展開了新行動。而涯帶著我潛入的，竟是供奉院財團主辦的晚會。此時GHQ突然進行攻擊，在無處可逃的郵輪上，我麵臨了走投無路的危機。
涯命令我在下一項任務中抽出魂館颯太的虛空，但我卻不太擅長與颯太相處。雖然打著影研社我訓的名義跑到「大島」，但我始終找不到抽出虛空的時機。此時，涯打算利用祈來打破颯太的心防，我雖然強裝冷靜，但當他知道颯太想跟祈告白時，他做出了出乎意料的行動。在這個與過去牽扯糾纏的島上，我逐漸發現虛空真正的力量。
暫時不用執行葬儀社任務的我，在電車上與穀尋巧遇，並得知他正帶著被追殺的弟弟?潤過著逃亡的生活。就在此時，追殺穀尋與潤的「抗體」再度將兩人逼到絕境。我用「王之能力」拯救了兩人，但聽完潤訴說他對哥哥的感情後，我才領悟到穀尋體內虛空的真正意義。而我也被自己的大意與自信拖向深淵……
我對無法拯救潤感到懊悔不已，並開始對使用人心形成的虛空感到恐懼，導致無法完成葬儀社的任務，也讓同伴們身陷危機之中。涯強迫沮喪的我參加下一次作戰，我卻拒絕使用自己的力量。而此時，離開我身邊的祈，逐漸發現自己對我的感情。傳遍市區的歌曲，彷佛要撕裂兩顆彼此錯過的心──失落的聖誕又將再次揭開序幕