日本艦隊殘餘官兵，全部上岸投降，接受明軍安置，其殘餘的艦隊約二十艘，被明軍官兵完全掌握。於是，全部行駛進旅順軍港內停泊。
毛仲在岸邊，見到了奄奄一息的日本天皇和德川大將軍，“你是天皇？”
“嗯！”日本天皇點頭，衰弱到了極點的他隻能輕輕蠕動示意。
從服裝和依仗上看，這些人確實是日本的最高標準，毛仲從幾個旅順漁民口中，以其傳聞來證實。於是，安置了日本人，將天皇和德川將軍弄進旅順城中，又答應了日本醫生給藥物的要求，其餘日本人，臨時在港內搭建了一些棚屋住了。
日本人捧著明朝百姓給的大`餅，一個個驚喜異常，又是蹦又是跳，有的還朝百姓鞠躬跪拜，有的抓住餅子，生吞活剝，囫圇吞棗，樣子極其不堪。在爭奪稀飯的時候，渴望了已久的日本人，居然打了起來。
總共上岸的日本人有兩千一百多人，而據三浦優秀說，從日本國內逃出時，他們有六千多人，全部是貴族和軍隊，以及家屬。
毛仲的身邊，有了三浦和石原兩個常駐的日本代表，他們之間的對話也逐漸多了起來，毛仲主要是了解日本的國內情況，通過許多細節，毛仲覺得，這些人絕對是日本貴族，可是又奇怪，那些能夠顛覆一個國家的敵人，究竟是什麼人，能夠製作蒸汽輪船，能夠製作近代的爆炸式炮彈，那麼先進的武器，比自己隻強不差。
毛仲並無援助日本的意向，主要注意力在於，一來，防範上岸的日本人吃飽了撐的鬧事兒，二來，關注著海洋上那支強大而詭詐的艦隊，三來，急切地等待著遼東軍各將領的消息。還有一層，是傾聽京城的動向，他在京城闖下了那麼大的禍害，真不知道如何了結。
十餘天時間，旅順發生了驚天動地的變化，先是各路部隊紛紛趕回了旅順，最主要的是三支，陳老將和陳繼勳哥兒倆的五千部隊，陳為國和藍序的三千騎兵，沈世魁的六千步騎兵，紛紛擁到了城內外駐紮，接著，京城有人來，不過一介使者，調查遼東軍副總兵朱國棟是否派遣人員往京城公幹。毛仲將京城的事情給諸位將領講了，陳老將等人聽了，大為震驚，隨便打發了朝廷的使者，就商量下一步的打算。毛仲又引幾位將領會見了日本人，講述了日本國內的巨大變化。
“這不結了？”陳繼盛在愁苦之際，忽然大喜：“我等可以引兵東去，名義上去救助日本，為大明開拓疆域，其實，避禍東洋，名正言順。”
這是大家都能認可的辦法，招惹了朝庭和皇帝的舉動，是無法被原諒的，同時，大家對於溫體仁和皇帝內外勾結，掠奪良家女子的做法，極為反感，認為這是昏君之舉，禍國殃民。雖然有些人認為毛仲過激，可是，陳老將極為重視外甥閨女冰梅，既然毛仲是為救她而出手，做什麼也不算過火。“這樣無道的昏君，就是殺了也不覺得可惜！”
諸位將領也為他們的努力不值，這邊，戰場上拚命，那裏，你皇帝和大臣卻整天花天酒地，一門心思想著人家的閨女，甚至不惜卑鄙手段，更多的人義憤填膺，要求將部隊集結起來，向京城進軍。討伐昏君。
藍序就說：“以我目前遼東軍勢力，舉大明朝廷相抗衡，都不是對手，”
不過，也有不同意見，沈世魁道：“以下犯上，非議朝廷，畢竟是叛亂之道，我絕對不作如此罪惡之謀！”
最終，權衡利弊，陳老將還是征詢了毛仲的意見，然後決定：“我等離開旅順，東征日本！”
因為擔心朝廷的軍隊大舉進攻，特別是擔心遼東軍內部的分裂，以沈世魁為首的原皮島軍的異己，陳老將決定立即動身，將願意東去的將士，連同家屬，全部裝運上船，而留下沈世魁為旅順和遼東守將。“此後遼東事宜，全憑沈兄作主。”沈世魁見陳繼盛這樣安排，也非常感動，遂將所有物資，任憑陳老將截取。
遼東軍六千，外加家屬一萬餘人，分乘二百餘號大小船隻，組成左右兩路艦隊，將旅順港內的軍工企業，悉數移走，然後，彙合了日本艦隊，浩浩蕩蕩，向著東方而去。
路上，日本艦隊打出旗幟，派遣人員過來報喪，日本德川將軍因為傷重，已經死了。
艦隊東北而上，到了海洋島，派遣人手，去通知長山，石城諸地守軍，到海洋島彙合，征集東征的部隊物資。各島聽說智主力東返，紛紛趕到海洋島，一時間，海洋島上，艦隊雲集，官兵如潮，各島趕來的三千守軍加上近萬家屬，進一步壯大了部隊實力。
在海洋島上，按照日本德川將軍的遺願，將之火化，三日後，在大軍出征前，日本天皇病故。
日本人舉國而慟，最終，由大皇子就位新天皇，而德川將軍家，也選舉出了一子為幕府將軍。