吏務部尚書（正二品）瞿式耜 侍郎（正三品）方以智
皇家政務學院院長，大明皇帝陛下親自兼任；教育總監（正二品）：呂大器
議政院：
大議長：桂王朱由榔 左議長（分管上議院）沐天波 右議長（分管下議院）李國助
皇家直屬機構如下：
內務府
大總管（正二品）：劉文炳、劉若愚
禁衛司：
領侍衛內大臣（從一品）：鞏永固、範尼
欽天監。。。
地方各省長官任職名單如下：
南直隸省（第一次設省府，揚州）布政使（從二品）：總兵官（正二品）：周遇吉
浙江省布政使（正三品）：周允吉 總兵官（從二品）：吳六一
福建省布政使（正三品）：顧宗武 總兵官（從二品）：盧象同
江西省布政使（正三品）：李頎 總兵官（從二品）：盧象晉
廣東省布政使（正三品）：朱議泵 總兵官（從二品）：陳永福
湖北省布政使（正三品）：胡士瑞 總兵官（從二品）：孫可望
湖南省布政使（正三品）：宋小安 總兵官（從二品）：劉文秀
雲南省布政使（正三品）：宋小齊 總兵官（從二品）：張振海
貴州省布政使（正三品）：黃鳴俊 總兵官（從二品）：蕭律
廣西省布政使（正三品）：夏允彝 總兵官（從二品）：李來亨
四川省布政使（正三品）：楊鍾 總兵官（從二品）：蕭誠
陝西省布政使（正三品）：張同敞 總兵官（從二品）：沙定洲
甘肅省布政使（正三品）：堵胤錫 總兵官（從二品）：艾能奇
中南省布政使（正三品）：傅上瑞 總兵官（從二品）：孫和京
南洋省布政使（正三品）：吳晉錫 總兵官（從二品）：孫和鼎
新華省布政使（正三品）：蔣圪昌 總兵官（從二品）：貝爾蒂斯
其實這個地方官職品級的設置是留了後門的，張振嶽把總兵官設為從二品，在一定程度上就能壓製僅為正三品的布政使，從而避免了以文製武的局麵，此後差不多花了五十年，文官集團通過把巡撫變成地方常設官的辦法，才成功結束了以武製文的不利局麵。
各省總兵官麾下兵馬人數限定為三萬，但是實際作戰的人數為二萬，這二萬可都是裝備給足的，除了三千把火槍外，還有三十門6磅火炮和五百精騎。
原有的太子六率隨著新皇登基自然也是要取消的了，五月初二，軍務院就下令，原有六軍，包括武衛軍在內都要改編。隻保留三軍，即飛龍、猛虎、天狼三軍，其餘一律打散編入各省駐軍。而飛龍、猛虎、天狼三軍變成了清一色的六萬人火器軍，除了這三軍外，野戰部隊還以天雄軍的名義組建了一支四萬人規模的鐵騎，烏恩其任總兵官、李過、高一功編入該軍。
李岩、張振邦、李定國三人分任飛龍、猛虎、天狼三軍總兵官。
值得一提的是，張振嶽的好安答烏恩其這次被冊封為靖北侯，而且是唯一一個世襲罔替的侯爵。