明廷新任命了徐從治為山東巡撫、謝璉為登萊巡撫，謝璉在萊州城指揮作戰，徐從治坐鎮青州負責增援、後勤，但為了安撫民心，徐從治依然也進駐萊州，進入了最前沿。很快叛軍就將萊州圍了個水泄不通，這樣在這個包圍圈中，有徐從治、謝璉兩位巡撫、萊州知府朱萬年、總兵楊禦蕃，他們都毫不猶豫的選擇抵抗到底。
蕭嚴這個時候已經帶著宣府的軍隊開到了濟南，看到叛軍的聲勢才發現自己兵帶少了。沒關係，各地援軍也在陸續抵達。問題是，朝廷這個時候並不是在討論怎麼剿滅叛軍，而是在忙著追究孫元化的死罪，在忙著招撫。
蕭嚴聽聞後氣得直跳腳，要不怎麼說這幫子文官誤國呢？這造反的事情還有什麼可招撫的，集權製度下，造反就是一個字，殺，招撫了也要殺，可什麼玩笑，這造反還有理啦？這個時候不殺難道等著天下人人響應，紛紛揭竿而起才後悔不成。不知不覺中，蕭嚴的思想已經被張振嶽影響了許多，要知道過去他可是一直堅持所謂的“官逼民反”的。
和蕭嚴持有相同觀點的還有山東巡撫徐治，徐從治派人趁夜潛出城，將一封奏章送到了北京，闡明了戰況，並請求皇帝不要再招撫，要全力以赴的圍剿叛軍，他在奏章中動情地說：：“萊城被圍五十日，危如累卵。日夜望援兵，卒不至，知必為撫議誤矣。國臣致書臣，內抄詔旨並兵部諭帖，乃知部臣已據國臣報，達聖聽。夫國臣桑梓情重，忍欺聖明而陷封疆。 … …臣死當為厲鬼以殺賊，斷不敢以撫謾至尊，淆國是，誤封疆，而戕生命也。”但這麼重要的一封奏章，崇禎帝竟然沒有看到。
由於山東巡撫被圍萊州，無人統一協調指揮援軍，援軍停頓不前，朝廷再次任命兵部右侍郎劉宇烈為總督，全權指揮各路援軍，與他一起來的還有京城神機營和五門紅夷大炮，用以和叛軍對抗。但這個劉宇烈也是個主撫的文官，不積極組織進剿，卻被叛軍的再次詐降迷惑，還釋放了被俘的叛軍兵將，叛軍借談判之機，繞到明援軍後路焚燒了輜重，劉宇烈大驚率部拔營撤退時，被叛軍在沙河掩殺的大敗，神機營的火炮也落入了叛軍手中。
遼將孫應龍因為與耿仲明舊交甚好，寫書信一封勸降耿仲明，耿仲明將計就計，隨便找了一個人頭送了過去，說他已經斬了孔有德，讓孫應龍迅速來受降，孫應龍高興的率領海軍艦隊從天津直奔登州，剛一上岸就被耿仲明斬殺（這義氣？），大量的軍艦也成了叛軍的戰利品，憑借繳獲的軍艦，叛軍打退了皮島總兵黃龍從海路的進剿。在陸地的進攻中，叛軍又攻克招遠，雖然攻萊陽不克，而萊州還在圍困中，但叛軍的氣焰還是在日益囂張，山東局勢就此糜爛。