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老爸和耶和華鬧翻以後，回到了不周山頂，耶和華也回到仍舊飄在空中的伊甸園，各自開始獨立進行自己的研究。出於好奇，我經常會去伊甸園偷看亞當和夏娃。
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在很長一段時間裏，耶和華並沒有急於發展人口，而是一直在對亞當和夏娃修修補補，試圖將我輸入的代碼徹底清除，可是清除之後，他又沒本事讓他們倆擁有獨立的思維，這樣反複折騰了幾次之後，非但沒能清除代碼，反而讓代碼中的雜質增加了很多，這讓他很惱火。可是不管怎麼樣，他是不敢再盲目的對代碼進行刪改了，隻能接受現實，開始老老實實的進行繁殖實驗，讓亞當和夏娃生下了亞伯和該隱。
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而同一時間裏，老爸在做的研究跟耶和華差不多，也在對思維程序進行修改和完善，可是一樣沒有進展。直到很久以後我才知道，讓他們兩個這麼焦慮的去修改思維程序，就是因為我在補天行動前說的那句話：如果老爸被處死的話，我活著也沒什麼意思。
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作為生物，哪怕是作為兵器生物，生存都是第一本能，沒有什麼生物是會自行放棄自己的生命，甚至連產生這樣的念頭都是不可能的。但是在補天之前，我很認真的表示如果老爸死去，我也會自殺，這讓老爸和耶和華都覺得無法理解，如果說，之前人類會“哭泣”代表著思維程序裏的那種叫“情感”的雜質會產生一點控製之外的負麵作用的話，那麼“自殺”這種意圖的出現，就說明這種雜質很可能會帶來更加嚴重的後果。而且經過後來的實驗證明，之所以人類無法抵禦精神攻擊，也就是由於“情感”這種雜質的存在，所以老爸跟耶和華都希望能夠盡快的解決這個問題。
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在老爸他們拚命的研究的這段時間裏，一直都是沉默寡言的禹站了出來，開始嚐試恢複人類的秩序。
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禹是一個沉默寡言的人，他的性格跟老爸有些相似。他們都喜歡去創造一些東西，卻沒有足夠的耐心去經營和管理。在接下來的百多年裏，禹將殘存的人類組織起來，重新建立了新的部落，取名大夏，進行人口的繁衍和生產的恢複，而且他也開始思考一些新的管理模式，安排部落裏的人根據各自的能力進行分工，再仿照永生者的獎懲模式製定了一些基本的規則製度。社會的雛形開始形成。
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當人類的數量開始慢慢擴大，禹一個人來管理就開始越來越力不從心，於是，他開始選拔一些能力比較出眾的人，按照他所製定的規則對部落裏的人進行協助管理。這樣就大大減輕了禹的負擔，但與之對應的，權利與階級產生了。
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可以說，能夠在大陸分裂和大洪水中生存下來的人，無論在體能上還是智力上，都是人類中的佼佼宅所以大夏建立以後，對比之前的華夏，人口素質滇升十分明顯，相對的，管理的難度也在不斷加大。雖然人類靛能被封印，都變得跟今天的人類差不多，但作為兵器來開發的生物，深深烙印在人類基因裏的好戰本性是無法被封印的，再加上階級催生了人類對權力的向往，就注定了人類不可能老老實實的無條件服從管理，他們隻服從自己認定的強鍘
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在人口恢複到數萬人以後開始，從偶爾幾人不服從工作分配，到成百上千人的武裝暴動，各種形式的叛亂和內戰幾乎就沒有停止過。而老爸認為這樣的戰鬥有利於培養人類的協同作戰能力和集體意識，所以完全不加幹涉，結果這樣的小規模內戰愈演愈烈，慢慢發展到了數千人的生死相搏。禹所指定的規則已經完全被人類拋到腦後，階級的管理也失去了效力，大夏的組織結構完全瓦解。終於，禹不勝其煩，而且整頓人類，恢複人口這件事他也完成了，對於長期的管理他實在是無心進行下去，所以在得到老爸的允許之後，他放下了管理人類的擔子，自行去繼續研究更科學的社會管理辦法了。