他們用臨床上治療艱難梭菌感染的經典療法——萬古黴素，或者萬古黴素輔以腸道灌洗的方法和糞菌移植療法進行了一次對比。糞菌移植組的16名患者的治愈率累計是93.8%，而其他兩組隻有31%和23%。
2013年1月，他們在著名的《新英格蘭醫學雜誌》上發表了文章，介紹了對糞菌移植療法開展隨機對照臨床試驗的相關工作。這篇文章將糞菌移植療法帶到了主流醫學平台上，很多醫療單位紛紛跟進，紐德珀也成為媒體追逐的明星。同期，糞菌移植被寫入美國醫學指南，用於複發性艱難梭菌感染的治療。從此，它不再是一種偏方。
糞菌移植在中國
自1958年本·艾森曼的文章發表之後，醫療界也有類似案例的零星報道，但是幾十年間由於抗生素的發展，這種古老、原始的治療手段並不為人所重視。
“事實上，中國很早就有這樣的做法。”張發明說。據他考證，早在1700年前，東晉時期葛洪所編著的中國第一本急診醫學書《肘後方》中記載，“飲糞汁一升，即活”，用人糞治療食物中毒、腹瀉、發熱並瀕臨死亡的患者。“古人用大便入藥，那時隻能口服，大便有一個好聽的名字叫作‘黃龍湯’。”
“盡管那時候人們還不知道微生物、細菌這些概念，但已經運用含有大量活性物質的新鮮或發酵的糞水來治病。中國傳統醫學中此類應用並非罕見，但是因為人們對中醫療法缺乏科學認識，甚至不屑一顧，從而被輕視或忽略。”楊雲生說。
據楊雲生介紹，上世紀70年代，他所在的科室就成功地對一位患有偽膜腸炎的高齡病人進行過糞菌移植。當時病人腹瀉嚴重，那時候國內沒有益生菌，剛開始引入腸鏡，專家研究後打算用健康人的糞便進行治療。當時的消化內科、檢驗科和微生物科組成了一個小組，培養了若幹健康兒童的糞便樣本，觀查其中微生物繁殖情況，選取了當時認為腸道菌群較為豐富、健康的兒童的糞便進行移植，最終病人得以康複。
這種古老的治療方法在2012年才重新被中國人認識。那一年，張發明公派到美國約翰霍普金斯醫院學習消化內科和高級消化內鏡技術，當時約翰霍普金斯醫院決定開展糞菌移植技術，用於常規治療無效的疑難性腸道疾病，這引起了張發明的注意。“這是一種從思維、心理到美學都具有顛覆性的技術。”在查閱各種文獻後，他決定早日將該治療方案用於自己在中國的病人，在中國推廣該技術。
到目前為止，來自全國32個省、自治區、直轄市和美國、澳大利亞等國家160多位患者在南京醫科大學第二附屬醫院接受了糞菌移植治療。
風險和爭議
糞菌移植療法並非毫無風險。
“和其他療法一樣，糞菌移植存在出現並發症、副作用的潛在風險，腹痛、發熱、感染並不少見，不過一般1天—3天自行緩解，患者基本耐受。”楊雲生說。
為了降低各種風險，糞便捐贈有著非常嚴格的標準，“比獻血標準還要高”。據張發明介紹，除滿足獻血對傳染病的限製外，還必須滿足15項條件，比如至少近3個月—6個月內沒有發生腹瀉（急性腸炎），沒有使用過抗生素，沒有不良性生活嗜好，沒有胃腸道疾病、糖尿病、肥胖症等。
在醫院之外，民間自助式的大便自助療法也在逐漸興起。有網站教授如何自己進行腸道灌洗，如何用攪拌機自己準備移植用的大便，如何用灌腸的方法或者是鼻飼管給自己移植其他人的大便等。
糞菌移植領域的亂象引起了美國食品藥品監督管理局（FDA）的關注，2013年5月，他們發布了一項公開聲明，認為人類糞便既然改變了患者腸道菌群的組成，就應視人類糞便為一種藥物，要求醫生采用這個方法前必須提出新藥研究使用申請。
對於FDA的做法，很多專家提出異議，他們認為FDA的做法阻礙了糞菌移植的運用和發展。
上海交通大學生命科學技術學院副院長趙立平認為，從他的研究經驗看，FDA的擔心是有道理的，把移植用的糞便按照藥物管理很有必要。
“目前研究僅僅是開始，還有很多未知數，業內人士對概念的理解有待統一，原理也不太清楚，比如移植的微生態是怎樣起作用的，究竟是哪些微生物起作用，捐獻者提供的微生態環境的穩定性如何，移植多少量合適等等……這些都是未知數，需要繼續研究。一個新技術和新方法的發展要有一個過程，需要時間慢慢探索。”楊雲生說。他反複強調，一定要嚴格規範供體的選擇，把安全性放在第一位，這些問題需要加以規範。