這次隊伍之間的比試，給了蔣介石極大的自信，所以蔣介石在沒有和劉源眾人透漏的情況下作了下一個決定，那就是整理黨務。
汪精衛當時雖然已經不在了，但是國民黨中央執行委員會第二次會議還是如期召開，在會上，蔣介石提出了以改善中國共餐黨和中國國民黨的關係文明，提出了一些列的《整理黨務案》
同時蔣介石強調禁止在學校內搞小組織，小團體，賀衷寒這個熱衷於此項活動的人，已經被派到了蘇聯，共餐黨的青軍會則更加被重視。
同時在四月八日，蔣介石在向黃埔師生演講的時候，提出了清黨兩個字，要求軍校實行黨籍甄別，所有人隻能加入一個黨派。
當時被暴漏的有二百多人，不得不宣布退出國民黨，這其中最有名的當屬蔣先雲和陳賡。
蔣先雲雖然是蔣介石的族侄，但是宣布退出共餐黨的時候，他是最積極的，盡管蔣介石做了很多工作，但是依然沒有任何效用。
當然也有一些人退出了共餐黨，像李默庵、曾擴情等人，雖然和陳賡他們關係都不錯，但是每個人都有選擇自己未來的權利。
當然也有一些人潛伏下來，像宋希濂等。
不僅僅是學生，很多共餐黨在黃埔擔任過教官的人也都離開了。
當然整理黨務案不會僅僅如此而已，其中有幾項要求，比如國民黨員，必須僅僅信仰三民主義，這條就限製了跨黨人員的存在。
還有共餐黨員，在任執行委員，不得超過總數的三分之一等等。
整理黨務案討論了很久，盡管共餐極力反對，但是最後還是通過了。
當時很多共餐黨人都是抱著反對態度，像毛，周主任，陳延年，等等黨內人士都是反對的。
但是也有很多人支持，像張國燾，還有剛從蘇聯回來的鮑羅廷，就對此事支持。
就連一向以軟弱著稱的陳獨秀，在這個時候都找過鮑羅廷，可惜沒有任何效果，有一次蘇聯援助中國五千支步槍，陳獨秀希望能不將這些槍完全給國民黨，而是給共餐黨一部分，可惜被鮑羅廷拒絕了。
當時憤怒的陳獨秀就曾經對著鮑羅廷痛斥到，“你鮑羅廷是不是被蔣介石綁架了。”
鮑羅廷個子很高，像是一條棕熊，憤怒的對陳獨秀說，“國共合作，是共產國際的旨意，你們中國注定要給國民黨當苦力，就不要有什麼想法了。”
在這種情況下，更多人選擇了辭職，國民黨執行委員秘書長劉芬，組織部長譚平山，宣傳部長毛潤東（這個你知道是誰就可以了）農民部長林伯渠都。
共餐黨退出，國民黨當然占有了共餐黨原來的位子，蔣介石就擔任了組織部長，其他位置也由國民黨來擔任，同時在接下來的會議中 ，蔣介石的位置不斷提高，蔣介石被推舉被國民黨中央執行委員會主席，成為名副其實的國民黨第一，國民政府軍政大權全部落入蔣介石的手裏。當時蔣介石還找過劉源問劉源要不要再中央擔任給委員什麼的。