不出宋友亮的預料，當倒幕軍得到江戶暴亂的消息時，便冒險繞過小田原直撲江戶。可由於在小田原耽誤了時間，等倒幕軍到達江戶時，幕府軍已經平定了暴亂，由井正雪和長宗我部盛澄等一班骨幹人員在錦衣衛的掩護下從海路撤退，逃亡中國。
於是幕府軍以逸待勞，一舉擊破了宇喜多秀家指揮的倒幕軍。於是倒幕軍向京都潰退。
京都，是當時日本的國都、佛教中心、神道教聖地、文化藝術搖籃，位於本州島中西部，座落在京都盆地北部，東距日本第一大湖琵琶湖僅5公裏，東、西、北三麵有丹波山地、比良山地和貴船山地環繞，市區隨京都盆地向南麵大阪灣敞開為巨型口袋形狀地處低平盆地，三麵環山。卡莫河、桂河等河流經市區與市南麗河會合。公元794年（延曆13年），當時的桓武天皇為斷絕佛教涉入政治的惡風，把皇都由奈良遷到長風，同時派人營造現在的京都城，隨後把國都遷到京都，當時稱之為「平安京」，京城型式製度完全仿照中國長安城的體製，桓武天皇並仿中國大唐的律令製度，整頓日本的政治，同時建立新的佛教宗派，使政教分離。在鎌倉幕府形成之前的一千多年中，京都可說是日本的政經文化中心，到了豐臣秀吉、織田信長時代，雖然皇權不張，但兩朝大將軍對京都的體製保護有加。
整個京都城城區房屋依盆地山坡而建，街道上下起伏，高野川和賀茂川在市區彙合成鴨川向南流入桂川，青山綠水，交相輝映，神殿古廟、皇宮禦園分布在起伏的街道兩側，錯落有序。城北中央為皇室所在的宮城，宮城之外是作衙署之用的皇城，而皇城之外是作為一般官吏、平民居住的都城。全城麵積約20平方公裏，呈長方形，街道縱橫，對稱相交，形如棋盤，因而日本人總喜愛稱京都為“洛陽”、“洛城”
皇宮西南是幕府將軍是在十幾年前建立的二條城，也就是將軍府。永祿十二年（1569），織田信長在足利義昭的居處開始興建二條城。天正元年（1573），信長流放義昭後燒毀了這座城，然後在其它地方另築二條禦所，並將之獻給城仁親王。天正十年（1582），本能寺事變爆發。信長長子信忠在二條禦所放火自刃。關原之戰後，得到天下的家康在京都會見豐臣秀賴時重新修築。這座二條城高牆深塹，戒備森嚴。雖然將軍一般不住在京都，但他在京都擁有的宮殿跟皇宮的規模差不多，這個府第擁有良好的防禦措施。建有東西約500米、南北約400米的高大圍牆，並挖有壕溝。二條城內名為“鸝鳴地板”的走廊，人行走其上便會發出黃鶯鳴叫般的響聲，是幕府統治者為保全自身安全而設的報警機關。本丸禦殿和二之丸禦殿為二條城的主要建築。“二之丸”的建築很有特色，殿內牆壁和隔門上畫有獵野派畫家的名畫，精美絕倫。每年梅花和菊花盛開的季節是遊覽的好時機。
“什麼？要朕去二條城？”後水尾天皇政仁一聽到二條城這個名字就來氣，三年前，德川家光邀請後水尾天皇造訪二條城。本來日本曆史上隻有作為臣子去謁見君主的慣例，但德川家光為了顯示自己的地位和權勢淩駕於天皇之上，提出要天皇到江戶拜訪將軍。雖然後來改成了天皇出巡二條城，但由於二條城是將軍在京都的行宮，後水尾出巡二條城也象征著天皇朝廷徹底向武家政權屈服。
“不~朕不去！”政仁拒絕道。
藤原吉政急了，“陛下，幕府軍已經逼近京都了，臣已經排除使者向大明求援，我們隻要固守待援，等到援軍一到，陛下恢複天皇權威的日子就指日可待！”
雖然當初藤原吉政拍著胸脯說如果幕府要追究下來，他願意承擔一切罪名，但是現在一定要保護好天皇，沒了天皇，也就失去了一切。所以，經過與宇喜多秀家等人的商議，眾人決定把天皇及皇室成員全部遷移到二條城保護起來。雖然政仁一百個不情願，但最後還是半推半就地被藤原吉政護送到了二條城。
五月一日，幕府大老酒井忠勝率領十萬幕府軍抵達已經被包圍的京都城，由於倒幕軍慘敗，各路諸侯紛紛向幕府方麵表示了效忠之意，再沒人敢來進行所謂的勤王了。就連米澤藩的上杉綱勝也把島津久光和毛利秀就寫給自己的書信送到了江戶，並親自領兵五千人參加幕府的討伐軍。
酒井忠勝一到，立即命令攻城，螞蟻般的幕府軍隊拚命攻向京都城。逃回京都的島津久光、毛利秀就、宇喜多秀家和鬆浦鎮信等人倉皇逃離京都，把藤原吉政和天皇撇在二條城不管了。
當天下午四點左右，幕府軍隊攻克了京都城，迅速向禦所（皇宮）和二條城挺進。禦所基本沒有什麼抵抗，因此幕府軍隊很快就攻了進去，但他們發現，天皇一家根本就沒在禦所裏。
很快，從捉獲的俘虜那裏得知天皇在二條城的消息，著實讓酒井忠勝吃了一驚，他開始覺得這件事情很棘手。二條城防禦的堅固他是知道的，即使能攻進去，裏麵的機關也足以讓他們吃不少的苦頭，更何況天皇在裏麵，是無論如何不能讓天皇受到丁點損傷的。無奈之下，酒井忠勝命令手下不得動用大筒（大炮）、鐵炮和弓箭，隻能用刀槍硬攻，免得誤傷天皇。雖然天皇隻是一個橡皮圖章，但是萬一受傷，自己還是擔待不起的。