由於當時的政治局勢動蕩不寧，道路僻遠，在南京的弘光對雲南發生的事變弄不清楚，僅僅憑借吳兆元等人署名鈴印的奏疏和某些傳聞，就發出了“掃除沐天波”的諭旨。
沙定洲叛亂之後，吳兆元和巡按羅國獻以及三司官已經沒有實權。沙定洲則正在逐步鞏固自己的地位，致力於掃滅繼續在楚雄以西抗拒的楊畏知和沐天波征集的其他土司勢力了。如果他的圖謀得逞，勢必成為割據自雄的雲南王，暫時利用的漢族官紳將被逐步排擠掉，雲南同中央朝廷的離心傾向將越來越明顯，甚至將雲南徹底分裂出去。
沐天波哪裏肯就此罷休？找來石屏土司龍在田商議對策，龍在田便想出了借刀殺人的辦法——邀請大西軍入雲南。
龍在田想出這個辦法也不是無中生有的，雖然大西軍的骨幹多是陝西人，他們雖然長期流動作戰於長江南北，還有一段經營四川的經驗，可是雲南在當時被看成是僻遠煙瘴之地，沒有對該地的基本了解不可能貿然進兵。早在崇禎十一年和十二年（1638—1639）張獻忠受撫於湖北穀城期間，他和部下主要將領同從雲南調來的官軍就建立過相當密切的關係。當時，奉明朝廷調遣到湖廣的總兵就是雲南石屏土司龍在田。張獻忠出於策略考慮，曾經拜龍在田為義父，並且從他那裏得到了馬匹、兵器和糧食。張獻忠軍同雲南土司兵將的過從甚密，甚至在湖北荊州人士中引起不安，“謠言滇兵通賊”這些材料表明，包括孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇在內的大西軍高級將領同雲南土司龍在田等人是老相識，在湖廣時雖然未必會想到後來取雲南為基地，但平時言談笑語中勢必對雲南各方麵的情況有較多的了解。當他們率部來到比較貧瘠的貴州時獲悉雲南被沙定洲叛軍占領，立即決定進軍雲南，就不是偶然的事了。
孫可望等率部入滇時，為了減少進軍的阻力，事先派出間諜前往雲南，利用漢族官紳、部分土司對沙定洲的不滿情緒和黔國公在雲南長期享有的威望，散布假情報說行將入滇的大西軍是沐天波妻子焦氏家族的武裝，來雲南為沐氏複仇。這一策略果然收到明顯效果，“雲貴人民深信，一路俱如此傳播，故賊兵所至，悉開門降。長驅而來，全無梗阻。
大西軍占領平彝（今富源縣），進入雲南省境。攻克交水；次日移兵曲靖，殲滅沙定洲所設守軍五百名，俘獲明雲南巡按禦史羅國獻。為了迷惑沙定洲，孫可望等占領曲靖後，不是向西進攻省會昆明，而是南下直趨阿迷州（今開遠），在蛇花口擊敗沙定洲援軍一千名。沙定洲見兵力不敵，又誤認大西軍確係焦氏家族所召援兵方能熟知地理先攻其老家，就在四月十八日主動放棄昆明，逃回蒙自故裏佴革龍。行前命部將杜其飛把軟禁於貢院的明大學士王錫袞殺害。留在昆明城內的明朝巡撫吳兆元等人終於弄明白了入滇的並不是什麼焦家救兵，而是大西軍，然而他們手頭無兵，隻有聽任紳民投降。四月下旬，大西軍經宜良順利地進入昆明。“二十四日，孫、李諸軍入城，秋毫無犯”
大西軍進入昆明以後，經營雲南麵臨許多複雜情況，需要加強核心領導。五月，孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇“以事權不一，推孫可望為帥”孫可望以“盟主”的身分不失時機地部署兵力平定雲南各處叛（即依附沙定洲的勢力）、頑（指效忠於明黔國公沐天波和楊畏知的勢力）集團。
李定國帶領一支精兵於五月十九日抵達沙定洲重點防禦的臨安府。
劉文秀統兵由昆明北上，經富民收取武定州、和曲、祿勸等地，然後向西推進，占領鶴慶、麗江、劍川，平定了滇西北地區。
孫可望在八月間親自領兵經祿豐進攻楊畏知、沐天波據守的楚雄、大理等滇西地區。