李定國搖了搖頭，說道：“大哥，依我之見，還是留個好名聲，將來再入四川，與四川父老也好想見啊！”
孫可望便下令：“如果不是與敵兵廝殺，誰都不得殺人。”接著，孫可望等率領經過整頓的部隊進入遵義，一路上大西軍秋毫無犯。由於周國卿和劉進忠派遣的軍隊追蹤而來，大西軍繼續南撤，進入貴州，所過民皆安堵，順利地占領了省會貴陽。明貴州按察使張耀、布政司參議曾益、都指揮使陳瑞征等逃到定番州（今貴州省惠水縣），拚湊了一批武裝負隅頑抗。孫可望派定北將軍艾能奇領兵進攻，很快攻克定番，張耀等被處死，曾益自殺。明軍軍前鋒在占領遵義和川東部分地區後，因地方殘破，到處是一片荒蕪，糧食接濟不上，被迫“凱旋”回師。大西軍在貴州的勝利，使自己擺脫了明軍的追擊，得以整頓內部和休養士卒。
宋友亮在盡得全四川之後，也開始了整頓四川的計劃。首先，依舊是醫療隊、賑災隊和宣傳隊為先鋒，每到一地都救治百姓，贈醫施藥，開設粥廠，宣傳隊則以各種歌舞、滑稽戲等形式宣傳安國公和鴻德皇帝是如何愛民如子，甚至還有新從教會學校畢業的中國籍傳教士進入四川傳教。
對於割據一方的四川明軍，則采取軍事進攻和政治招撫的雙重手段。占據保寧、順慶南明川陝總督樊一蘅就接到了宋友亮以鴻德皇帝名義發出的聖旨。
一個是北京的鴻德皇帝，一個是南明的弘光皇帝，似乎都是大明正統，樊一蘅一時難以抉擇，於是他趕緊找來自己的部下遊擊馬應試商議，遊擊馬應試是個武夫，哪裏能出得主意？於是隻能找來之前與順慶豪傑倡義，建‘中興’赤幟於江滸，數日眾至十餘萬，軍聲大振。賊卷甲遁，恢複順慶十餘城的舉人鄒簡臣。
鄒簡臣看了宋友亮的書信和聖旨，莞爾道：“恕我直言，如今天下局勢，就像當年的靖難之役一樣。但是以我所見所聞，宋友亮本領不在成祖之下，而弘光皇帝更是遠遜建文，因此南帝絕對不是北帝的對手。”
樊一蘅笑道：“簡臣啊，這我還看不出來嗎？可如今兩麵都是明室正朔，那我該聽哪邊的好呢？是北還是南？要不這樣，我也效仿靖難之役時的人，回一份書信，就說我是大明的大臣，如今天下二帝，所以不知所措，等天下隻有一帝的時候，隻消一份公文，我便去跪領謝罪？”
鄒簡臣笑答：“大人你自己都說了，都是正統，那投哪邊都不算投敵，依我看，還是從了北麵的好。與其到那時去謝罪，不如早早做了從龍之臣。”
鄒簡臣有看了看遊擊馬應試，問道：“馬將軍以為如何？”
遊擊馬應試覺得鄒簡臣說的話有道理，便點頭說道：“末將也覺得鄒舉人的話有道理。”
樊一蘅鄭重其事地點了點頭，“好吧，我這就準備準備。咱們去重慶~”
隨著樊一蘅的歸降，占據綦江的明將王祥，盤據黎雅的參將楊展、川西的鬆潘副將朱化龍等也紛紛投降了宋友亮。同時，宋友亮派出大軍對搖黃十三家和李自成餘部西山十三家進行清剿，搖黃十三家中最大惡疾的十多個頭領都被俘虜，隨即押到重慶，宋友亮在重慶舉行了幾十萬百姓參加的公審大會，曆數這些土匪的惡行之後，將他們斬首示眾。
然而南明兵部尚書兼文淵閣大學士，總督川、湖、雲、貴軍務，專辦川寇的王應熊卻不願歸降，宋友亮便派人將他禮送出境。
四川歸入北明囊中，在南明引起了極大的震動，馬士英慫恿江北四鎮試探性地攻擊山東和河南的北明軍隊，但是都大敗而歸。馬士英又派左夢庚進攻江西，左夢庚陽奉陰違，氣得馬士英也毫無辦法。
天下人這時都能看出來，大明的天下即將為北京鴻德皇帝所有。
這時，一直蟄伏福建老家的洪承疇也來到了福建總兵府，拜見鄭芝龍。“飛虹將軍別來無恙？”洪承疇用閩南話問候鄭芝龍。
鄭芝龍笑答：“吃得下，睡得好，這不，都胖了一圈了。亨九兄到時清減的很啊！”
洪承疇笑道：“是時候咱們上船了吧？”
鄭芝龍笑道：“安國公催了多次了，你就是不肯去，再不去，可就趕不上躺了！”