為了讓湯瑪士和伯格因把彈道學和機械、化學知識傳授給中國人，宋友亮決定第一，自己接受洗禮，加入天主教；第二，允許他們在海陽衛建造教堂並傳教。第三允許湯瑪士和伯格因要在海陽衛開辦教會學校，但是教學內容除了神學外，還必須包括彈道學、機械學和化學等自然科學知識。第四，請耶穌會派出更多知識淵博的神父來充實這所學校。
這讓湯瑪士和伯格因很高興，以前的來華傳教士最多也就是開設教堂，公開傳教而已，現在這個年輕的地方指揮官願意皈依上帝，還允許開辦教會學校，為進一步擴大傳教培養人才。
“上帝保佑！”湯瑪士在胸口劃著十字。
不過這一決定遭到了呂文洲的反對，他認為堂堂大明子民，怎可以夷人為師？宋友亮便安排湯瑪士和伯格因單獨交談了一晚上。湯瑪士怎麼談的宋友亮是不知道，不過第二天一早，呂文洲做出了讓步。
由宋友亮擔任這個教會學校的校長，呂文洲和湯瑪士為副校長，呂文洲負責教授傳統的四書五經，湯瑪士負責教授西洋自然科學、伯格因神父教授神學。
不久，在中西工匠的合作之下，海陽衛第一間教堂隻用三天時間就造的頗具規模。湯瑪士神父興衝衝地來到工地，卻愕然發現精美的雕花窗戶上空空蕩蕩，一片玻璃都沒有。
“虔誠的亞曆克賽，為什麼教堂的玫瑰花窗上沒有彩色玻璃？那是天堂的窗戶~”湯瑪士問道。也稱玫瑰花窗，為哥特式建築的特色之一，指中世紀教堂正門上方的大圓形窗，內呈放射狀，鑲嵌著美麗的彩繪玻璃，因為玫瑰花形而得名。著名的玫瑰窗有法國巴黎聖母院的玫瑰窗等。玫瑰窗為教堂中彩色玻璃窗的一種，由於它的位置而成為裝飾的重點，在陽光照耀時，把教堂內部渲染的五彩繽紛、眩神奪目。玫瑰窗忽明忽暗，斑駁陸離光影中，讓人有一種恍若隔世的感覺。在哥特式教堂的西麵典型構圖中，一對塔夾著中廳的山牆，垂直的分為三部分。山牆簷頭上的欄杆、大門洞上一長列安置著猶太和以色列諸王的雕像的龕，把三部分橫向聯係起來。中央，欄杆和龕之間，是圓形的玫瑰窗，象征聖母的純潔（也有說法認為，玫瑰象征著彌賽亞，就是耶穌基督；聖經中玫瑰也代表古代的血液與女性崇拜）。3座門洞，都有周圈的基層線腳，線腳上刻著成串的聖像。
亞曆克賽是宋友亮加入天主教後的教名，宋友亮聳了聳肩膀，答道：”親愛的神父，那是因為我的工匠不會製作那種五彩繽紛的玻璃呀~！”
伯格因神父在胸口劃著十字，笑道：”上帝保佑，那就由我來為工匠們傳授第一課：如何製作玫瑰花窗上的玻璃吧！”
從此之後，海陽衛又多了一份新財源。第一批彩色玻璃一出爐，宋友亮立刻讓錦衣衛以密報的形式送了一批去北京，獻給崇禎皇帝。結果崇禎皇帝反倒是把宋友亮訓斥了一番，謂之”不要沉溺奇淫技巧之物，玩物喪誌”，馬匹拍到馬蹄上，吃力不討好。
崇禎十一年八月，海陽衛的第一所教堂——聖約翰教堂落成，湯瑪士神父和伯格因神父為宋友亮舉行洗禮。
聖洗禮儀的舉行由聖堂門口開始。湯瑪士問宋友亮道：”亞曆克賽，你向教會求什麼？”
宋友亮答說：”求信德。”
湯瑪士再問說：”信德為你有什麼好處？”
宋友亮再答說：”得永生。”
湯瑪士神色莊嚴的說道：”永生就是認識真天主和他所派遣的耶穌基督，願作他的門徒，聽他的聖言，遵守他的誡命，參加教友的團體生活和祈禱。這一切你都做到了嗎？”
宋友亮答道：”都做到了。”。