正當他殺死亞曆克斯·默瑟時，電腦一瞬間黑屏了。正當他準備咒罵這個破電腦時，耳機裏傳來了一個機械的合成音：檢測到宿主玩爆了本遊戲，獎勵宿主虐殺原型10代係統，請選擇是否綁定？倒計時10...9...8...7...6...”在看到這的一瞬間，劉毫不猶豫的點下了確定。
係統綁定！檢測到宿主體質羸弱，進入【虐殺原型1】世界！
冰冷....刺痛....
這是哪？真麼這麼想紐約？記得那聲音說穿越到了【虐殺原型1】，難道這就是嗎？不可能吧！
發現宿主懷疑係統存在，進入新手導航！
一大段的記憶牆塞進了劉的大腦，強烈的刺痛讓劉痛不欲生。
我怎麼可以到下！！我連續打3天3夜遊戲都行，怎麼能被這點痛苦嚇到!
啊！！！一道令人心痛的吼叫聲突兀的響起。
遊戲的主角AlexMercer（亞曆克斯·默瑟）因被自己帶出來的病毒感染，從停屍間醒來之後發現完全不知道之前做了些什麼，然而突變的同時也獲得了超乎常人的強大能力。當主角殺死路人或敵人時便可以吸收他們的記憶、能力，甚至能變成他們的樣子。隨著吸收被殺死敵人以及路人的數量不斷增加，主人公Mercer的能力也會隨之逐漸增強。最終將能夠學會諸如將自己的身體變化成武器攻擊或是硬化身體表麵皮膚以抵禦敵人進攻等神奇的能力。
故事要從1962年說起，美國國防部和其下屬高級計劃署（DRAPA）秘密成立了一支特殊部隊，名為“黑色守望”（Blackwatch）；其成立初衷是使用生化戰抵禦美國的一切威脅以及海外敵對勢力，該部隊一切行動都屬於絕密。1963年，黑色守望的研究人員發現了一種病毒，在靈長類動物身上進行的實驗表明，通過DNA的融合，該病毒可以在基因層麵上大大提高物種的智力、力量等等身體要素，他們將該病毒命名為DX-1118。隨後，以該病毒為中心的“黑光”（Blacklight）計劃展開。
1964年，黑光計劃正式開始，黑色守望部隊在美國愛達荷州建立了一座小鎮，名為“希望”。（HOPE），並將一批陣亡士兵的家屬遷居此地。他們謊稱該處是用於模擬核戰之後人類聚居區的實驗場地，而被蒙在鼓裏的軍屬們卻對真正的計劃一無所知。黑色守望對居民注射了病毒，此時的病毒似乎對感染人群沒有起到絲毫作用。1965年，希望鎮上的第一名嬰兒出生，其父母身上被注射的病毒在嬰兒體內產生的變異對嬰兒本身似乎也沒有影響。然而一切的平靜都在1968年8月被打破了，希望鎮突然爆發疾病，黑色守望隨即將全鎮封鎖，將近70%的居民被感染，剩下的人則被隔離在鎮內等死。將近一年人間地獄般的日子過去，到了1969年7月，除一人以外，希望鎮上四百多名居民全部死亡。唯一的生還者名為ElizabethGreene（伊麗莎白·格林，即遊戲中的緊身衣馬尾女），而她在被發現時已經懷有身孕。