尼米茲不願作此選擇，也不同意福雷斯特爾提出的理由，會見在一種既客氣又冷淡的氣氛中結束。
10月9日，尼米茲一行飛往紐約，在那裏接受另一支歡迎大軍的儀式。尼米茲登上一輛敞篷汽車，在他後麵是獲得“榮譽勳章”的老兵組成的車隊。歡呼聲響徹整個市區，五顏六色的紙花在空中飄舞。“簡直令人不知所措，”尼米茲說，“我以為我是在做夢。”
在紐約市政大廳廣場，尼米茲向35萬群眾呼籲“要用足夠的海上力量來保證我們不再失去和平”。
他說：“我們應肯定，現在，以及為了獲得和平的未來，我們應保持強大，絕不能由於力量薄弱而招致威脅。我們應對那些曾經為我們戰鬥過的人員以及今天正在成長的年輕人負責。”
集會之後，紐約市長在沃爾道夫-阿斯托裏亞旅館舉行了冷餐招待會，包括海軍軍官學校的同學在內的2000多位客人向尼米茲祝賀並敬酒。
次日，尼米茲返回華盛頓。在一個偶然的機會裏，再次見到海軍部長福雷斯特爾。尼米茲發現海軍部長在自己任職問題上的態度有所改變。顯然，尼米茲的許多朋友和同事對此事施加了影響。但是，福雷斯特爾還企圖打消尼米茲的念頭。他問尼米茲，是否受得了這項工作中的那些例行的約束。這種工於心計的問法大概意在作出一種暗示：你還不明白這項工作的性質和意義。尼米茲為這種笨拙的做法所激怒，他堅定而明確地答道：“我充分了解這項工作的特點，而且確信自己能當此任，並能以模範行動作出表率。”
福雷斯特爾態度軟下來，他說，如果尼米茲願繼任金的職位，他可向總統推薦，但提出了下列條件：第一，尼米茲參謀班子的人員組成應獲得他們兩人的同意；第二，他的任期限定為兩年；第三，他應在總的原則上同意新的海軍部的組織體製。
福雷斯特爾這樣做的目的在於，保證尼米茲不會使他大權旁落，更不會超越他而直接與總統打交道。尼米茲全盤接受了他的條件。尼米茲說，他的任期不會超過兩年，且完全讚同新體製中關於作戰部長不再兼任美國艦隊總司令的決定。
盡管如此，尼米茲仍然隱隱覺得自己受到了傷害，福雷斯特爾居然會如此提出推薦此職的要求條件。
尼米茲在華盛頓期間的一個重要收獲是，單獨晉見了杜魯門總統。會見為私人性質，無案可查，但事實證明這次會談產生了良好效果。杜魯門在退休後寫的回憶錄中談到了對尼米茲的評價：“從一開始我就認為尼米茲將軍作為一位戰略家、領導者和一個普通人，都是一位不同凡響和出類拔萃的人物。我把他同喬治·馬歇爾將軍並列為軍事天才和政治家。”
11月20日，杜魯門舉行記者招待會，宣布和平時期高級軍事將領的任命。尼米茲上將接替金上將，任海軍作戰部長。
1945年12月15日，在海軍部舉行了簡單的交接儀式，首先，由金上將發表講話，然後尼米茲宣誓就職。
尼米茲終於如願以償了，但海軍作戰部長決不是一種榮譽頭銜。尼米茲後來承認，他擔任這一職務的頭幾個月是一生中最感辛勞的一段時間。他每天早起晚歸，連星期天也不休息。戰爭剛剛結束，大量士兵複員歸國，海軍又遭到毫無計劃地裁減，使部隊必須不斷地進行改編。尼米茲隻得下令采取臨時措施和變通方法以維持工作。後備役軍官和士兵大量退出現役，致使港口擁擠，艦船有時都難以駛進。
尼米茲有時還得應付來自部長福雷斯特爾的刁難。尼米茲盡量注意改善與他的關係，請他參與各種重要會議和決策，但兩人仍然隻能維持表麵上的關係。這使尼米茲感到身心疲憊。
尼米茲作為太平洋戰爭中海軍的傑出代表，在美國社會公眾中間享有崇高的威信和影響力，因此，除了作戰部的本職工作外，他還必須出席各種重要組織召集的社會宣傳活動。深諳公共關係奧妙的尼米茲認為，這些活動是博取公眾輿論的重要途徑之一，因而是他作為海軍作戰部長無法推諉的工作。他四處演講，有時還親自撰寫講稿，以切身體驗講述他所經曆的戰爭，講述海軍在各大戰役中所遭遇的艱難困苦，使民眾了解和平的來之不易。
1966年2月24日，尼米茲81歲生日的這一天，他在加利福尼亞臨海而立的家中去世，享年81歲。當天下午，由100多輛汽車組成的車隊護衛著五星上將的靈柩，前往金門國家公墓——這是他最後安息的地方。送葬隊抵達墓地時，70架海軍噴氣機飛鳴而過，19響禮炮聲震撼著寒冷凝滯的空氣。