有這些朝中重臣參與審理，加之那紇幹承基出來做證人，李承乾謀反一案審理得異常的迅速。到四月末的時候，已經確定，李承乾極其同黨，圖謀造反，其準備工作已經完成，就等待著一個恰當的機會。
這幾位重臣在審理完此案之後，同樣交上去一份長長的奏章，上麵詳細的記述了李承乾謀反一案的始末。
朝會之上，李世民草草看了一眼這份奏章，便擱在一邊，向眾大臣問道：“卿等且說說，當如何處置此逆子？”
眾大臣互相看了一眼，皆是默默不作聲。就連那些負責審理李承乾謀反一案的重臣同樣如此。李世民見狀，輕笑一聲：“你們有話就直說，不要藏著掖著！”
眾大臣心裏頓時腹誹了一下，若是自己說處死李承乾，恐怕陛下你心頭會暗生怨恨！
沉默半天，那同事舍人來濟出列道：“陛下，臣以為處置太子也倒是簡單。隻要陛下不失為慈父，太子得盡天年，則善矣！”
這來濟乃是前隋大將來護兒之子。
聽得來濟這般說，李世民沉吟片刻，點點頭，下詔令廢太子李承乾為庶人，流徙於黔中。
至於其餘李承乾同黨，李世民本來欲免去漢王李元昌的死罪。但是不知者李元昌到底是得罪了誰，朝堂之上，盡是一片反對之聲。李世民隻好賜死李元昌於家中。李元昌雖死，但是，其母、妻、子皆得到了李世民的寬宥。
而那侯君集，李世民也是非常想寬恕他，還向朝臣問道：“君集有功，欲乞其生，可乎？”然而這侯君集和李元昌一樣，恐怕是得罪的朝臣太多，竟然沒有一個朝臣出來說可以，皆說謀反之罪，罪大惡極，理當處死之類的話語。於是，李世民隻好下令將侯君集斬之於市前。臨刑之前，李世民對侯君集道：“今乃與公長決矣！”侯君集也長跪在地，重重的一叩首。
在行刑之前，侯君集對那監斬官說道：“君集蹉跌至此！然事陛下於籓邸，擊取二國，乞全一子以奉祭祀！”卻是在乞求李世民不要株連其家小。
監斬官將此事稟報李世民，李世民長歎一聲，同意了，隻是將侯君集家中妻小盡數流徙嶺南。在查抄侯君集家中的時候，負責查抄的官員查抄處兩個美人來。據說這兩個美人從小便是食人乳長大，從未吃過飯菜。這侯君集的奢靡可見一斑。
這侯君集老早以前便心頭存有不良的想法。當初李世民令李靖教授侯君集兵法，他在學了一段時間之後，便對李世民道：“李靖將要造反！”李世民連忙問其原因。侯君集道：“李靖教授兵法，教臣以其粗而匿其精，所以臣以為他將要造反！”李世民將李靖找來，詢問起此事，李靖答道：“此乃是侯君集將要造反！今諸夏已定，臣之所教，足以製四夷，而君集仍舊求盡臣之術，這不是為了造反，還是為了什麼？”
不光光是李靖，江夏王李道宗也曾經對李世民說道：“君集誌大而智小，自負微功，恥在房玄齡、李靖之下，雖為吏部尚書，未滿其誌。以臣觀之，必將為亂！”李世民卻道：“君集材器，亦何施不可！朕豈惜重位，但次第未至耳，豈可億度，妄生猜貳邪？”等到如今侯君集真的造反了，李世民對李道宗道：“果然如同愛卿所言！”
除了這二人之外，其餘同謀者，盡數被處死。
至此，這場太子謀反案便是尚未發動之時便被破了。
在不到半年的時間裏，連續發生了齊王李佑謀反案和太子李承乾謀反案兩樁謀反案。而且這兩樁謀反案的領頭人還是自己的兒子，可以想象此事對李世民的打擊有多大。