在張允文的印象之中，所謂的軍事學院應該分成幾個體係，培養單獨的人才。｛' 就像當初的那群太學生進入軍事學院之後成立的參謀係一樣，專門培養參謀人才。所以，張允文在這份建議書中將軍事學院進行了劃分。
首先將整個學院進行分級，共分為三個學年。其中第一年為基礎學習，學習的就是基本的軍事訓練和基本課程。待第一年學習完畢，學員便可以選擇進入學院的係進行更專業，更深入的學習了。
學院的係一共分為五個大係和一大院。參謀係，主要針對那些能識文斷字，文化水平較高的學員，主要是培養參謀。步兵係，主要教授步兵常用戰法，步對步，步對騎，步對城等各種情況下的步兵戰法。騎兵係，主要教授騎兵的各式戰法。炮兵係，這是張允文新設的一個係，根據大唐熱兵器的發展情況，摸索合理使用熱兵器的戰略戰術。還有一個係叫做指揮係，若是說那三大軍種係是為了培養中低級軍官，那這個指揮係的目標便是培養高級將領。而剩下的研究院則是研究新式武器的最合理使用方法，步、騎、炮三大兵種的配合方法，新式戰術等等一係列創新問題。
至於各個部門的負責人，那要等這份報告通過之後，自己和屈突通等學院官員聯合商議決定。
花了兩個晚上和一個白天，終於將這份建議書給寫完了。
當他將這份建議書遞交給李世民時，李世民細細的看了兩遍，然後喜道：“賢婿此文，舉綱張目，構架清晰，條理明確，下麵的人隻需要按照這份建議做下來即可，實在是事倍功半啦！”
張允文先是謙虛了一下，然後小心翼翼的問道：“陛下，那你說說這份建議書能否通過？”
李世民笑道：“當然能！朕思索一下，若是按照允文的建議施行，那軍事學院建設將會走上走上正規化、專業化的道路，大唐未來的名將說不定將會盡數在此誕生！朕當然全力支持了！”
張允文鬆了一口氣，又聽李世民說道：“你拿著這份計劃書，去給屈突老大人、李藥師、李績、你師父等人看一看！”張允文點點頭，接過這計劃書，向李世民行了一禮，轉身離開。
在幾名軍事學院高層那裏轉了一圈回來，張允文的計劃得到了他們的一致肯定。有了這些大佬們的保障，他開始著手對軍事學院進行改製了。
學院從貞觀元年開始建立，如今是貞觀三年。其間，貞觀二年的時候，學院又舉行了一次招生，招得太學生數百名，還有各地願意來當募兵的士卒三千四百人，經過選拔篩選，留下了兩千八百多人。所以，如今整個學院的人數超過六千人。
先進入學院的那三千人作為二年級，開始了分係選擇。分係采用的是個人誌願和學院統籌安排相結合的方式，先是讓各個學員自主選擇係，然後根據教員們對學員的意見，進行局部調節。比如有些學員不適合當騎兵，卻從了大流，選擇了騎兵係。最後的結果統計下來，讓張允文不由有些鬱悶了，幾乎有一千人報了指揮係，一千人報了騎兵係，剩下的一千多人共報了生於的三係一院。
張允文見到這種情形，決定舉行在指揮係和騎兵係舉行一場考試，將那些盲目從大流的學員給剔除去。
而貞觀二年招收的兩千多人作為一年級，繼續進行基礎教育與訓練。
於是張允文又花了兩天的時間完成了兩份試卷，一份是指揮係的，主要考察學員的全局能力和應變能力；另一份是騎兵係的，主要是對學員們的騎兵作戰理論進行考察。凡報了指揮係、騎兵係的學員在貞觀三年二月二十六這日集中考試。