一八八年，黃巾軍再次發生起義，黃巾餘部紛紛起事。二月，郭太等於西河白波穀起事，攻略太原郡、河東郡等地。四月，汝南郡葛陂黃巾軍再起，攻沒郡縣。十月，青州、徐州黃巾軍又起，攻略郡縣。十一月，漢廷派遣鮑鴻進討聲勢最大的葛陂黃巾，雙方大戰於葛陂，鮑鴻軍敗。黃巾各部此伏彼起，聲勢雖然沒有第一次黃巾之亂般盛，但卻令漢室十分頭痛。為了鎮壓平亂，於一八八年三月，靈帝接受太常劉焉的建議，將部份刺史改為州牧，由宗室或重臣擔任，讓其擁有地方軍、政之權，以便加強地方政權的實力，更易控製地方，有效進剿黃巾餘部。
一八九年洛陽發生了一係列事件。中平六年四月，初夏，靈帝病的快要死了，他打算立王美人生的皇子劉協做太子。十常侍中的蹇碩在病床邊對靈帝說∶“如果要立劉協做太子，必須先殺死大將軍何進，才能保皇太子日後平安。”靈帝聽了蹇碩的話，立刻派人宣何進進宮。這何進原來是一個殺豬的，因妹妹是何皇後，生了皇子劉辯，何進才掌了大權。何進知皇帝要殺他，沒有入宮，回到家裏，召集大臣商議如何殺掉十常侍。這時靈帝死了，何進便令司隸校尉袁紹領五千禦林軍進了皇宮，便在靈帝靈柩前麵，立太子劉辯繼承皇位。劉辯雖做了皇帝，但靈帝的母親董太後心裏卻不大樂意。十常侍之一的宦官張讓給她出了一個主意。董太後聽後大喜，第二天早朝時董太後親自主持朝政，傳旨封皇子劉協為陳留王，封自己的哥哥董重為驃騎將軍，並讓張讓幫她處理朝政。皇帝劉辯的母親何太後見董太後把持大權，心裏也不痛快，她想了一個計策，在宮中擺了一桌酒，請董太後來喝酒，勸董太後不要管國家大事。董太後氣得臉上紅一陣白一陣，兩人大吵一場。何太後也發怒了。當夜，便把哥哥何進召進宮中，商量怎樣除掉董太後及董重。次日，何進下令把董太後送到京城以外的河間去，何進讓護送的人暗地裏將董太後毒死。又將董太後的哥哥董重的家包圍起來，要追回他的官印。董重知道事情危急，便在後堂自殺了。袁紹勸何進趁早把十常侍這些宦官殺掉，何進將這個想法告訴何太後，何太後正寵信張讓等人，便不同意。袁紹又向何進獻上一計，要他調外地兵力入京剿除宦官。主簿陳琳認為這樣做會弄出亂子來，便竭力勸阻。說話間曹操從旁閃出，拍著手掌哈哈大笑。何進問曹操為什麼發笑。曹操說∶“要殺宦官，應該先除為首的宦官，這隻要一個監獄官就夠了，何必紛紛召來外兵呢？”何進一聽，非常生氣，喝斥曹操有私心。曹操退了出來，歎息著說∶“亂天下的，一定是何進！”雷雲在接到檄文之後詢問大家意見，除了蕭天、賈詡以外其他人都表示應該去，而蕭天卻表示反對，認為洛陽的水太深，他們現在應該在並州觀望。朝廷派往西涼領兵的刺史董卓，手下有二十萬大軍，野心很大。這天，他接到何進的檄文，心中十分高興，便令他的女婿李儒先派人向朝廷上了一道表章，說這次出兵是為了懲除宦官，製止逆亂。好讓朝廷的大臣不對他產生懷疑。隨後便起兵向京城洛陽進發.張讓等聽說外地的兵來到，便先下手，派五十名刀斧手埋伏在長樂宮嘉德門內，讓何太後召何進進宮。何太後不知是計，就派人宣何進進宮。何進自覺手中掌握天下大權，十常侍不敢把他怎麼樣，便不聽勸阻進了皇宮。剛一進門便被亂刀砍死。護送何進進宮的袁紹、曹操在宮門外等了很久，不見何進走出，就在門外大聲叫喊∶“請大將軍上車！”這時，何進的人頭被從牆裏扔了出來。袁紹、曹操大怒，揮舞著寶劍高叫著殺入宮內，碰見宦官，不論大小，全部殺死。一時皇宮內火光衝天。張讓等宦官，慌忙劫擁著少帝和陳留王，從後宮逃跑了。三更時分，逃到北邙山下，猛聽得後麵一片喊殺聲，火光中一隊人馬趕到，張讓自知難逃一死，便投河自殺了。