卻又萬年之後，天地之間再次發生了巨大的變化。大劫過後，有眾多大神通者感應洪荒再得清靜。紛紛應此機化形而出。
先是天地之間多了一尊神，卻是：高臥九重雲，蒲團了道真。天地玄黃外，吾當掌教尊。盤古生太極，兩儀四象循。一道傳三友，二教闡截分。玄門都領袖，一氣化鴻鈞的鴻鈞道人。
自鴻鈞老祖之後，又有盤古身隕之後飛出的三道清氣於洪荒之中化形而出。隻見清氣散去後現出三位道人，一位長耳壽眉一臉和藹手拿太極圖的老道，自稱老子；一位方麵濃眉不怒自威手拿盤古幡的道人，自稱元始；最後一位劍眉入鬢滿臉英氣卻什麼也沒有拿的道人當然就是通天了。
之後，又有女媧伏羲等一眾大神一一現身，天地間再次恢複了往日的生機。
而這洪荒世界，得陰陽之氣相交融，進而演化萬物。天地間物種漸繁，誕生了諸多洪荒靈獸。這些洪荒異獸，得天地之靈氣，其始祖多是天生地成，天長地久，自然也開了靈智，懂得修煉。
卻有九幽之地，盤古十二滴精血與先天血煞之氣相交合，生出十二位神人。這十二位神人一脈而成，出世那一刻起，便可掌握天地之元素運用，而且盡喜外修筋骨，故自稱祖巫，以盤古為父，以大地為居。
其一狀如黃囊，赤如丹火，六足四翼，渾敦無麵目；是為帝江空間速度之祖巫。
其二青若翠竹，鳥身人麵，足乘兩龍；是為句芒東方木之祖巫。
其三人麵虎身，身披金鱗，胛生雙翼，左耳穿蛇，足乘兩龍；是為蓐收西方金之祖巫。
其四蟒頭人身，身披黑鱗，腳踏黑龍，手纏青蟒；是為共工北方水之祖巫。
其五獸頭人身，身披紅鱗，耳穿火蛇，腳踏火龍；是為祝融南方火之祖巫。
其六八首人麵，虎身十尾；是為天吳風之祖巫。
其七嘴裏銜蛇，手中握蛇。虎頭人身，四蹄足，長手肘；是為強良電之祖巫。
其八人麵鳥身，耳掛青蛇，手拿紅蛇；是為翕茲電之祖巫。
其九人麵蛇身，全身赤紅；是為燭龍時間祖巫。
其十人麵獸身，雙耳似犬，耳掛青蛇；是為奢比屍天氣祖巫。
其十一乃一猙獰巨獸，全身生有骨刺。是為玄冥雨之祖巫。
其十二人身蛇尾，背後七手，胸前雙手，雙手握騰蛇；是為後土中央土之祖巫。
這十二祖巫尚一出世，便以自身精血為引，以先天濁氣為體，化出數十位巫人，個個神通廣大，自號大巫。
有九天之上，盤古左眼所化的太陽星孕出二位大神。有三足，二翼，顧盼之間，萬千星辰為之失色，正是金烏神鳥。其中之一化形之後，天外飛來一首錦書，一道玉冊，正是先天之氣所蘊至寶河圖洛書，生而有靈，能自行擇主。感應到明主而出，便飛來自動護主。
另一化形之後，洪荒之中一聲鍾響。懷中抱有一口大鍾。此鍾便是盤古開天之斧化為的開天至寶混沌鍾。
這二神一前一後化形而生，一名帝俊，一名太一。互為兄弟，為太陽之主，星辰之宗，生而便有大神通。
此二神聚萬千異類，稱皇稱帝，風頭一時無兩。在洪荒漸漸傳開名聲，自稱妖族。
巫妖現於洪荒，呼而成群，喚而為朋。其上又上大神通之輩，許多自洪荒化形的大神，都怕惹事上身，不願與二族為難。倒讓這二族生生占下了洪荒億萬裏大地，為一時之主角，得享洪荒氣運。