但是參與的軍隊如此之多，戰線又那麼長，日本統治者擔心因為各指揮官爭奪戰利品而失去對錢財的控製，因為日本陸軍和海軍一直都有順手牽羊吞沒戰利品的習慣，而且中日黑社會的相互勾結使局勢更加的複雜，為了控製局勢，日本統治者開始了‘金百合’行動，而且有皇室成員也是天皇的弟弟秩父宮專門負責。
在南京，‘金百合’計劃的第一批執行者是憲兵隊，被調來的憲兵隊四處搜查，扣押所有中國政府的財產，炸開銀行的庫房、搶劫富家及中產階級商人和專家的收藏，黃金，寶石，珠寶，藝術品和貨幣，隻要是值錢的，一概收走。
自古\"天下財富出於東南，而金陵為其會\"，南京有著6000多年文明史、近2600年建城史和近500年的建都史，是中國四大古都之一，有\"六朝古都\"、\"十朝都會\"之稱，是中華文明的重要發祥地，曆史上長期是中國南方的政治文化中心，有厚重的文化底蘊和豐富的曆史遺存。
雖然南京不是第一次被洗劫，但是這一次卻是最仔細最係統的洗劫，在這一階段，秘密憲兵共計搜到了6000噸黃金，另外還有無數中國人喜歡的小金塊、白金條，鑽石，紅寶石，藍寶石，藝術品和各種古董，甚至連農村的墳墓都挖掘出來，將死者鑲嵌的金牙也拔掉拿走。
在這個過程中，日本人把他們精細的一麵表現的淋漓盡致，主要體現在分工合作上。
‘金百合’另外的一個別動隊，主要是由特務精英組成，他們的主要目標是銀行老板、行業協會的首領、連鎖當鋪的老板以及幫派的老大，這些人的身份，住址，家人分布情況，早就提前做了仔細的調查。
日本人極為重視細節的另外一個重要例證是，當時還有一支經過精心挑選的，對珍貴書籍和文稿具有專門知識的特別行動隊，其中一些是日蓮宗的和尚，他們的任務是在中國的圖書館、博物館、私人藏書或是寺院的藏經裏挑選這類書，然後把這些珍本運到東京，而這一切都在戰爭開始前就已經做好了準備，這些掠奪者早就在中國四處遊曆，和私人收藏者做朋友，編製了最珍貴書籍和文稿的目錄，到時候隻需要按圖索驥即可。
南京大屠殺後，有大概一千多名這樣的日本專家來到南京，在南京的廢墟裏挑選珍貴的書籍，最珍貴的專門挑出來供天皇使用，日本的皇家圖書館有優先挑選權，每一件東西都會被仔細的編號、打包，然後放入到防水的箱子裏裝船運往日本。
這部分書籍和文稿一部分用來建立東京的東亞研究所，東方文化研究所，東亞經濟研究所，大東亞圖書館等其他研究機構。
這些文化財富被存放在日本皇宮、皇室宮內廳、靖國神社、早稻田大學、東京帝國大學和慶應大學等地方，雖然戰後中國學者要求歸還，但是這些書籍超多三百萬冊，日本人隻歸還了十六萬冊，不到百分之六。