穆長秋這麼做，是有他的原因的。早在分兵的時候，考慮到整個綏遠蒙古民族情緒，陳翰章就再三叮囑穆長秋。對於歸綏城內的喇嘛廟和一些有曆史價值的建築物，一定要注意保護。如果日軍逃竄進去，非到萬不得已的時候，盡可能的不要動用炮火，以免引起民族情緒對立。
同時陳翰章命令他在攻取歸綏之後，歸綏城內的偽蒙古自治政府那些頭頭腦腦，要盡可能的生俘。尤其是在此次在此次會戰發起之後，中央點名要的德王和李守信、吳鶴齡三個人，務必要生擒活捉。其餘的蒙奸和漢奸，也生要見人、死要見屍。
歸綏是偽蒙疆聯合自治政府所謂的首都。而這個名義上歸屬汪偽政權，實際上是獨立性質的偽政權，幾乎所有的機構，都在歸綏城內。這批漢奸加蒙奸雖說人人皆可殺，但是中央要求這批漢奸要盡可能的活捉。
在攻入歸綏城後，穆長秋便立即著手根據大青山遊擊支隊拿出來的名單進行搜捕。隻是雖說抓到偽民政部長、財政部長、畜產部長，加上現在被偽政權改名為厚和豪特特別市的市長等十幾個著名的蒙奸。
但是偽蒙古自治政府的四大巨頭，所謂蒙疆聯合自治政府主席德王，副主席兼蒙古軍總司令李守信，參議長吳鶴齡，外加行政院長卓特巴紮普卻是都跟著日軍跑進了綏遠將軍府之內。
這座綏遠將軍府雖說不是喇嘛廟，但是考慮到建築結構，以及司令員口中的曆史價值。再加上那幾位中央點名要的蒙奸和漢奸，使得穆長秋在部署最後方麵圍殲戰的時候，多少有些棘手。
但對於穆長秋來說，命令就是命令，絕對不能違反。所以再仔細考慮了一下之後，他最終還是放棄了直接用在歸化城的做法，用炮火覆蓋將建築物和裏麵的日偽軍一同送上西天的做法。還是選擇了火炮口徑小的BT坦克作為近距離直瞄火力，掩護步兵進攻。
步兵則采取多路滲透，同時發起攻擊，分散日軍兵力的戰術。為了減少傷亡，穆長秋在突破外圍之後，將一挺雙聯裝十四毫米機槍拆卸開來，運進這個龐大的院落內，直接擔任掩護一線步兵進攻的任務。
此刻除了歸綏將軍府日軍，還在進行著最後的負隅頑抗之外。在整個綏遠城其他方向的槍聲，已經全部平靜了下來。困守北城門的部分日偽軍，在十五團兩個加強連的前後夾擊之下全部被殲滅。
城南的日軍，也在回援突破口的時候，與十三團三營遭遇。經過兩個小時的激戰，該部二百餘名日軍全部被擊斃。七百多偽蒙古軍，放下武器繳械投降。也就是說經過一夜兩天的激戰，整個歸綏城內外的日偽軍，除了困守綏遠將軍府的百餘名殘餘日軍之外，大局基本上已經奠定。
此時已經接到陳翰章電報，沒有太多時間在歸綏繼續耽擱下去的穆長秋，給進攻將軍府的部隊命令是三小時之內務必結束戰鬥。其餘的後期清剿，則交給了一同進城的大青山遊擊支隊的主力進行。
自己則指揮部隊進行短暫的休整，並利用這段難得的休整時間檢修一下裝備。以及對傷員的安置，對物資的調整。等待最後的戰事全部結束之後，按照預定計劃向綏南方向穿插與主力彙合。
實際上投入最後收官戰的部隊，也沒有用他等上三個小時。盡管在日軍的垂死掙紮之中，最後參戰的部隊付出了相當的代價。但最後的戰鬥在兩個小時之內就幹淨利索的結束，以這座將軍府為最後抵抗據點的日偽軍全部被殲。
在最後的關頭，日軍蒙疆駐屯軍騎兵集團司令官西原一策中將與妻子，以及身邊的一群參謀，還有部分重傷員躲到一個地下工事之中，拉響了整整一箱子手榴彈全部自盡。除了被擊斃的日軍之外，剩下的日軍官兵也全部自殺。
至於中央點名的那三位大蒙奸，可沒有那個勇氣自殺。見到自己的靠山倒了，直接帶著護兵投降了。這幾位老兄一到手，就被塞進了一架特地從林西調來的運輸機內送往延安。中央急需從他們的口中，查明一些重要的情報。
尤其是涉及到蒙古族內部的某些事情，是中央最急需知道的。否則，要這三個中國人中的敗類做什麼？早在西線集群奪取歸綏飛機場之後，一架飛機就已經飛抵在機場待命，準備隨時將這幾位以及中央點名的其他蒙奸送往延安。
這邊歸綏作戰，已經進入了最後的收官階段。那邊於歸綏戰役打響的同時，越過歸綏一路向西疾進，以配合晉綏軍區主力部隊奪取包頭行動的由該集群組建的快速支隊，則在大青山遊擊支隊一個騎兵營的引導之下正在兼程西進。
這支部隊的真實意圖，並不是真的要參與到奪取包頭的戰役中去。此次作戰晉綏軍區加上中央從陝甘寧邊區調集的部隊，總共編成了九個旅、三個騎兵旅、三個獨立步兵團，以及四個炮兵團參戰。