又如，1858年，翼王石達開率軍轉進湖南，同時撚軍縱橫黃河、淮河流域，威逼直隸，清政府對用兵重點不知所措，有以石達開軍為攻剿重點，主張尾追不舍等議。曾國藩分析當時形勢，認為石達開軍今非昔比，一旦脫離天京，“竄擾楚、粵、流賊之象也”，成不了大氣候，無需跟蹤追擊；“皖、豫諸撚，股數眾多，分合不定，亦流賊之類也”，不足為患。而“逆賊洪秀全踞金陵，陳玉成踞安慶，竊號之賊也”，當全力剿滅，因此提出，“目前要策，必先攻安慶，以破其老巢”，一旦攻下天京，則大局一振，其它各路“賊匪”不難戡定。曾國藩的直搗天京的謀略是有遠見的，不久，清政府接受了曾國藩的主張，命其署理兩江總督，向蘇浙進軍，直搗金陵。
十九世紀前後，近代科學技術的進步衝擊著軍事領域，不斷引起世界各國軍隊不同程度的改革。在中國，也並不例外，最早推動中國近代軍製改革的，便是以曾國藩為首的湘軍將領。
1853年初曾國藩吸收明代戚繼光辦勇營的經驗，大辦團練，組建湘軍，一改八旗、綠營陋習，創造了一種新的軍事組織形式。曾國藩對清軍軍製的改革主要表現在四個方麵：
在兵源上，以募兵製代替世兵製。傳統的八旗、綠營部隊采取世兵製，弁兵父子相承，世代當兵為業。這固然保證了兵源，但也不可避免地產生兵惰將驕的惡習。曾國藩為了不使湘軍染上綠營的種種惡習，規定湘軍士兵主要招募健壯、樸實的山鄉農民，不僅不收營兵，也不要“油頭滑麵、有市井氣的、有衙門氣的人”。而且官勇數額不定，全部招募，且隨著形勢的變化和需要的不同，隨時增減或裁撤。
在編製原則上，講究定製。原來綠營的編製，分為標、協、營、汛四種基層單位。各基層單位沒有統一的級別和人數，指揮係統不明確。曾國藩創立湘軍就有十分明確的編製，曾國藩作為大帥，指揮統領，統領下轄分統，分統以下就是湘軍的基層單位營，每營級別劃一，人數固定，一營如此，千營都一致，水陸兩軍也都略同。這樣的軍隊編製，平時便於訓練，戰時便於部署。
在任務職能上，綠營部隊是多方麵的，包括鎮守、差役、河工、漕運、守陵等，雜務過多，必然影響軍隊素質下降，為了避免這些弊病，曾國藩著意把湘軍建成一支功能單一的部隊，即明確湘軍的唯一任務就是作戰，免除任何地方雜役。另外，湘軍一建立就是作為一支機動部隊使用，哪裏有農民革命就撲向哪裏。在這個意義上講，湘軍類似大規模的野戰兵團，不像綠營主力隻是作為地方治安部隊存在的，這使湘軍的性質更接近部隊。
在兵種組成上，改變了綠營單一的陸軍成分，以及武器配備上的單一狀況，以陸師為主，水師獨立成軍，步、水、馬三營皆有，為戰爭中的協同作戰創造了極好的條件。同時，對於編製上的各兵種，能較合理的配備各種武器，發揮武器效能，如在陸師各營中就編製有劈山炮、抬槍、刀矛、小槍等隊，增加了綜合作戰能力，這種混合兵種正是近代軍隊的特征。
曾國藩在進行軍製改革的同時，還較成功地解決了湘軍餉源問題，從而使湘軍在數量和質量上都得以發展，逐步使湘軍由輔助性的武裝力量成為獨當一麵，自成體係的新式軍隊。