19世紀初的埃及經濟十分落後，加之內外戰爭連續不斷，農田荒蕪，河渠淤塞，耕地麵積隻相當於1798年的三分之一。阿裏意識到，埃及落後的局麵不改變，就無法抵抗外來入侵，無法從根本上改變埃及受欺淩的地位。所以，他決心富國強兵。
阿裏在埃及是依靠部分長老和商業貴族起家的，他最初代表這些人的利益執政，在決定重大問題特別是國庫收入的賦稅問題時，必須同長老等宗教人士協商，而長老們大多是封建地主，他們主要靠掌管宗教田產、承包土地稅，靠剝削農民生活。
奧馬爾·麥克萊姆就是長老們的政治代表，他的地位和影響在埃及已經和阿裏不相上下，而且他掌管內政大權，親自過問一切事務，全國四分之三的土地都歸屬在長老和曼姆魯克地主的名下，農民創造的財富大多被他們攫取，政府僅僅隻有極少部分。
富國強兵的宏偉計劃是要增加政府收入，阿裏的抱負立即和長老、曼姆魯克地主們的利益發生了衝突，阿裏決心向長老權貴們挑戰。
1809年6月，阿裏規定：所有宗教地產不再享有免稅權，必須向政府繳納“米裏”(國稅)，長老們必須在40天內將其掌管的宗教地產證件交政府查驗，違者將取消其地產掌管權。許多長老因沒有合法證件，私占的土地被政府收回。
阿裏從埃及長老和曼姆魯克地主手裏將奪到的大批土地收歸政府，再把土地按王室領地、邊緣地、村長地、酋長地和烏西葉地的形式進行了再分配。而王室領地就占了全國耕地的四分之一，阿裏表麵維護的是名義上的土地國有，實際上是他個人占有土地。
由於阿裏用鐵的手腕掃除了埃及長老和曼姆魯克政治勢力，他在埃及推行富國強兵的改革障礙清除了。接下來，阿裏首先發展農業經濟作物，特別是根據埃及氣候種植棉花，大批出口。同時，從國外引進良種、水果、蔬菜和樹木，發展水利設施。到1838年，埃及的農業條件大大改善，全國已有水車五萬多台。
隨後，阿裏開始在埃及創辦第一批近代機器工業，大力培養本國技師，派留學生出國。他對留學生許下諾言：“誰首先學成，政府給他們高薪，提拔他們當工長。”阿裏還把發展軍事工業放在首位，1820年建立了開羅城堡兵工廠，單槍支車間每月就能生產法國式步槍六七百支。1829年，又建造亞曆山大造船廠，大力建造軍艦。當時，埃及造的軍艦，有的甚至能與法國軍艦媲美。
在對外貿易、國家政治體製，軍事裝備上，阿裏均全麵推行改革。在他剛取得埃及政權時，他隻有一萬左右裝備簡陋、缺乏訓練的雜牌軍。到了1839年，埃及已經擁有23萬名陸軍，16萬名海軍，擁有戰艦32艘，成為地中海東部最強大的海軍國家。
阿裏除了想擺脫土耳其蘇丹的控製外，還企圖建立一個龐大的阿拉伯帝國。有一次，他接到土耳其蘇丹的一份詔諭，看後十分激動地說：“我作為一個不知名的冒險家來到埃及。我一步步地向前邁進，如今，我在這裏已經站穩腳根，不錯，我已經站穩腳根。”接著他狠狠地敲打著這份詔諭說：“我從來就沒有什麼主人！”