陳壽祺關心修誌工作，《福建通誌》自乾隆三十三年（1768）修成續誌以後，已過60多年未曾修纂，地方文獻散失甚多，而康熙誌和乾隆正、續兩誌又存在一些錯誤。陳壽祺建議地方當局，把修繕貢院的餘款2萬餘緡作為修纂新誌的費用。當局接受其建議，並請陳壽祺擔任總纂。道光九年（1829），通誌館開局，陳壽祺為通誌創立義例，並自撰《形勢》、《山川》二門和《儒林》、《文苑》後傳。編撰新誌3年中，陳壽祺患病日漸沉重，仍抱病修訂稿本。道光十四年（1834），《福建通誌》即將完成之時，陳壽祺已耗盡心力，於是年二月二十日病逝福州黃巷家中。
有子陳喬樅。
著述名錄：
陳壽祺對經學深有研究，福建經學自清初的李光地、官獻瑤以來，多崇尚宋明理學，空談心性。陳壽祺初從孟超然學習，頗受宋儒影響，後來師事阮元，又接觸錢大昕、段玉裁等樸學大師，便專學漢儒治經，改以漢學解釋經義。生平精於今文，而於義理、名物又能融會貫通，成為有清一代經學名家。主要經學著作有：《五經異義疏證》3卷、《尚書大傳定本》3卷、《左海經辨》4卷、《洪範五行傳輯本》3卷、《歐陽夏侯經說考》1卷、《魯齊韓詩說考》3卷、《禮記鄭讀考》4卷、《說文經詁》2卷。
陳壽祺主纂的道光《福建通誌》原稿共400卷，其中《地理沿革誌》、《金石誌》、《方言誌》、《列傳》及陳壽祺自撰的《形勢誌》、《山川誌》，都廣征博采，豐贍翔實，堪稱力作。陳壽祺去世後，該誌稿因糾紛，推遲至同治間(1862～1874年)才出版，且卷數有所減少，但仍多有超軼前誌之處，甚為後世所推許。
陳壽祺能文工詩，其遺作有《左海文集》10卷、《左海詩集》6卷、《東越文苑儒林後傳》2卷。
藏書之家：
嘉慶四年（1799）進士，授編修，充文淵閣校理。嘉慶十四年（1809）丁憂歸，遂不複出，辭官歸鄉。家境清寒，不久父母命複入都，曆任廣東、河南鄉試考官，會試同考官。後阮元聘其到“詁經精舍”任教習，後又主泉州清源書院、鼇峰書院講學，研究宋明理學。擅長輯佚古籍，喜收藏，所聚書有8萬卷，藏書樓名“遂初樓”、“小琅環館”。保管甚嚴，外人不能借讀。曾編撰有《小琅環館書目》，已不傳。旁室中藏有《左還詩文集》刻板、《經解》、《波山誌》等印版。曾說：凡獻未刊之古籍者，當加倍重獎。所以他收藏的珍善本圖書，多閩中藏書家所未有。著述頗富，有《五經異義疏證》、《今文尚書經說考》、《齊魯韓三家詩遺說考》、《[1]左海駢體文》、《東粵儒林文苑後傳》、《東觀存稿》、《左海詩文集》、《遂初樓雜錄》等10餘種。