就在中荷雙方在文萊進行唇槍舌戰的時候，商毅也帶著艦隊在返回國內的道路上。
商毅一行首先到達呂宋，並且在呂宋一共停留了六天，一個主要原因是遇到了風浪。雖然這個季節裏，海上的風浪並不大，而且嶽飛號也是一艘大船，如果是在平時，當然是可以冒著風浪出發了，但現在的情況不同，因為豐臣薰有了身孕，商毅可不敢冒險讓她受風浪顛波，因此就在呂宋休養幾天，等風平浪靜之後再出發。而且呂宋的醫療住宿條件，也確實要比文萊好得多。
當然在這段時間裏，商毅也沒有白白浪費，而是毎天都在和張庚秋、亞莉桑德拉、岡薩雷斯候爵、小布萊克等人商議怎麼經營南洋地區，因為現在的南洋局勢，中華軍在軍事上已經取得了絕對的優勢，那麼下一步就是如何在南洋地區重新確定中國的宗主國地位，確保中國在這一帶地區的利益。
雖然說武力確實是中國在南洋地區最重要的保障，但也絕不能一味的依靠武力，還是要多重手段一起運用，所謂三分軍事、七分政治，當年委員長的這一套，雖然在商毅以前的那個時空裏並沒能取得成功，但在本時空裏，也值得商毅借鑒和學習。
另外對南洋地區的控製，不僅要依靠政府的力量，但主要還是要發揮中國民眾對於移民海外，開拓海外的積極性，政府最好隻進行引導和管理作用，當然也要對這些移民提供保護。而且中國以後還會繼續向海外擴展，因此這次在南洋地區的實踐經驗，也為以後的海外擴張行動提供參考。
但這些俱體的措施，還需要進行詳細的協商，如怎樣提高民眾對移民海外的熱情，與當然的土著如何相處，國家又怎樣對殖民地區進行有郊的控製和管理，不讓殖民地區脫離國家控製，又如何為殖民地提供保護等等問題。
雖然商毅比這個時代的人多了三百多年的經驗和見識，而且在穿越之前，商毅對於殖民地、殖民主義這些詞也十分熟悉，但對於殖民地的俱體管理方式，商毅確實還是一個門外漢，而且商毅也不希望完全照搬歐州殖民者的方式，因為這個時代的歐州殖民方式過於殘酷，從商毅自身的觀念，以及中國的傳統道徳觀念，都不允許商毅采用歐州的殖民方式，而是應該使用一種更為溫和的手段。使中國能夠長期、穩定在這一地區保證自己的權利。
當然對於這個時空的人來說，這也是一個新的課題，包括來自於歐州，擁有豐富殖民經驗的亞莉桑德拉、岡薩雷斯候爵、小布萊克等人更是如此，因為現在歐州對殖民地還是處在血腥掠奪的階段，基本都是抱著搶一票走人的打算，雖然也在殖民地進行了一些開墾種植、修城建房的行為，但也隻是一個輔助手段，並沒有到長期占領，穩定開發的目地，因此眾人也對商毅的這個想法也都十分感興趣，畢竟搶到殖民地之後，誰都想長期占領。
由其是英國，也正處於一個新興階段，正在積極展開對外擴張，爭奪殖民地，對於小布萊克來說，也是一個很大的啟發，因此眾人也展開十分熱烈的討論，也討論出來幾條有行的方案。當然俱體的海外殖民、移民條例，還是要回到囯內去討論、製定。
在同時張庚秋也再次向商毅提出，在呂宋建省的提議，而商毅也認為，在呂宋建省的時機也成熟了，而且隨著中國在南洋的擴張，呂宋做為距離中國比較近的南洋國家，而且己經得到了相當的開發，對於幫助中國在南洋地區建立穩固的權利，可以發揮重要的作用。
因此商毅也表示，在自己回到國內之後，一定會讓內閣製定提案，然後交由國會討論。而張庚秋也組織了一個二十三人組成的遊說團，隨商毅的船隊一起回國，遊說議員讚同呂宋建省。
而就在這時，又傳來一個好消息，派遣到加裏曼丹島的地質堪探人員己經發現了一個金礦，另外還有疑視兩個金礦也正在勘測當中，能夠在這麼短的時間裏就發了金礦，其實完全得益於商毅提供了一個大體準確的範圍。盡管是這樣，但商毅同樣也十分高興，因為在加裏曼丹島發現了金礦，對於現在國內的經濟發展，當然是十分有用的。
這時海麵上的風浪也平息了下來，於是商毅也和船隊也再度從馬尼拉揚帆出發，返回國內。
這一次船隊的行程十分順利，毎麵一直風微浪靜，船隻的行駛也十分平穩，三天之後，船隊到達台灣省的高雄港，在這裏，隨商毅返航的北洋艦隊第二分艦隊和商毅的禦駕艦隊分別，轉道到廣州去駐守。因為這時南洋的四支分艦隊全部都集中在南洋地區，南洋艦隊的基地其實是一個空港。而整個中國的東南沿海，都是有海無防，因此北洋艦隊第二分艦隊暫時留在廣東，付責東南沿海的保衛作用。