就在倒幕一方和幕府軍在關原進行激戰的時候，在另一個戰場上，同樣也進行著激烈的戰鬥。
在關原合戰開戰之前，由德川賴宣和德川綱重率領著六萬多人馬趕去救援甲府。因為甲府是幕府軍的退路和補給線，而且還是徳川綱重的藩治所在，因此在德川賴宣和德川綱重的指揮下，幕府軍向甲府發動猛烈的進攻。
守衛甲府的中華軍是十四師，雖然進攻甲府的幕府軍兵力是中華軍的近六倍，但中華軍的防守，又豈是那麼容易被攻破的，更何況甲府城雖然不是一座大城，但也有城牆，有護城河，有守天閣，再加上中華軍強大的火力，超遠的射程，根本不是幕府軍所能攻破得了的。
結果幕府軍向甲府連續發動了三天的進攻，但在中華軍的猛烈打擊下，幕府軍被打得死傷慘重，在甲府城下屍積如山，血流成渠，損失的兵力超過了一萬，而甲府城卻仍然是安然無恙，紋絲不動。幕府軍連城頭都沒有辦法攻上去。反而在第三天裏，被中華軍突然殺出甲府城，打了幕府軍一個突襲，幕府軍被打了一個措手不及，被中華軍打得大敗，退兵十餘裏，而且還陣亡了一位大名，和十餘名家臣。
而經過了這一敗之後，德川賴宣和德川綱重才知道中華軍不好惹，甲府也不好打，因此兩人也不敢再輕易向甲府再發動進攻了，隻好暫時紮住人馬，派人到關原去向酒井忠勝求救。
那知派出的人剛走了沒兩天，就立刻又轉回來，向德川賴宣和德川綱重彙報，幕府軍在關原被中華軍打得大敗，二十五萬大軍，幾乎全軍覆沒，酒井忠勝、徳川直義、徳川光圀等人剖腹自殺等等消息。
兩人聽了之後，頓時就傻了，而且也不知道該怎麼辦，當然在兩人心裏也還抱著一絲幻像，傳回來的是假消息，二十五萬大軍，就那麼容易被打敗嗎？或者雖然是打敗了，但也並沒有敗得這麼慘。
但就在第二天，從關原戰場逃出來的鬆平綱隆、稻葉正則、阿部定高等十幾個大名，帶領著幾千敗軍，到達了兩人的大營，並且告訴兩人，這些消息都是真的，幕府軍己經徹底輸掉了第二次關原合戰，現在中華軍如日中天，就算攻下了甲府，也沒有任何意義，不如放棄甲府，先撤回江戶去再說。
最後的幻想終於徹底破滅了，德川賴宣和德川綱重這時也沒有別的辦法，隻好聽從了鬆平綱隆、稻葉正則、阿部定高等人的勸告，和他們合兵，繞過了甲府，走小道返回江戶。但在幕府軍撤退的時候，中華軍又從甲府城出擊，追著幕府軍的尾巴，又追擊了一陣，再一次擊敗了幕府軍。
因為第二次關原合戰的規模太大了，二十五萬幕府軍，陣亡的人數達到十五萬多人，在戰爭結束以後，整個南宮山、桃配山都差不多堆滿了幕府軍的屍身；而俘虜的人數也差不多接近八萬，實際比現在的倒幕軍人數也差不了多少，另外還有大量的軍械、物資等等需要清點，檢收，因此戰後的清理，善後，收尾等工作也不是一天二天就能夠做得完，實際上一直到第七天，才差不多初步清完。
不過在這一段時間裏，倒幕的一方又連連收到好消息，首先是救援甲府的幕府軍撤退，返回江戶，徹底放棄了收複甲府，而從關原到甲府之間地區內的各大名，要麼向倒幕勢力投降，要麼就放棄了封地，逃到江戶。最終有十六位大名向倒幕勢力投降，而倒幕的勢力，也一下子從關原一直擴大到了甲府地區，向東整整推進了近三百公裏，離江戶隻有一百多公裏的距離，關原合戰取勝之後的巨大紅利，也在一步一步的體現出來，而倒幕的勝利，己經遙遙在望了。
在關原戰場打掃清楚之後，商毅也下令，讓成進統領十一軍，帶領著倒幕軍繼續向東進軍，和駐守甲府的十四師彙合，並且連同正在江戶灣外遊弋的第一分艦隊，從海陸兩路，攻取江戶，徹底消滅徳川幕府，完成最後的倒幕勝利。而在此其間投降的各大名，一率帶罪立功，加入倒幕軍去進攻江戶。商毅則帶領著剩餘的中華軍，進入京都，等候著倒幕成功的消息。而隨商毅一起返回京都的，還有豐臣餘眾和毛利廣綱、鍋島勝茂、有馬忠賴等倒幕的主導大名。
因為經過了關原合戰之後，日本的戰局己經大局已定了，攻占江戶，隻不過是時間問題，而且接下來的重點，是倒幕之後，對日本局勢的重新洗牌，包括中日關係的確定，還有豐臣氏在日本的重新崛起定位等事務，因此商毅也沒有必要親自出馬去進攻江戶，交給成進去完成也就夠了，自己則應該留在京都，考慮這些倒幕之後的事情。