就在熊本城被焚的第三天之後，就有中津藩、杵築藩、杵築藩、森藩、府內藩五個藩的大名來到福岡，朝拜商毅，表示對中華軍的臣服。而在隨後的幾天時間，又有十餘個藩的大名紛紛趕到福岡城來，向中華軍投降。畢競現在的局勢已經開始明朗，稍有辯識能力的人都清楚，中國己經強勢的幹涉到日本的內戰中來，而且以中華軍過去對曰本的戰績，和這一次進攻熊本城表現出來的戰鬥力都表明，現在的日本跟本不可能抵擋得住中華軍的進攻。
並不是所有的大名都像熊本、小倉、福岡這三個藩的大名那樣，抱定了以死殉國的決心，畢竟這個時候的大名基本都是在和平時代中長成起來的一代，平時在自已這一畝三分地上的小日子也過得不錯，沒幾個人願意放棄自己現在的好日子，搞什麼剖腹自殺。而且中華軍的手段也確實太狠了一點，基本都是滅族亡藩，說白了神鬼怕惡人，日本人也不得不想一想，和中華軍對抗下去，值不值的。
另外不管怎麼說，中華軍也打出了為豐臣氏報仇的旗號，雖然誰心裏都清楚，這不過是一個幌孑而己，但對於投降中華軍的大名來說，確實也是一塊不錯的遮羞布，可以向家臣們宣稱，自已並不是投降中華軍，而是支持豐臣氏，反對徳川幕府，不管你們信不信，反正我信。
當然也不是所有的大名都選擇向中華軍投降，就有人吉藩、島原藩、對馬藩、宇土藩等幾個藩的大名選擇的是惹不起，躲得起的政策，放棄了自己的藩地，帶著自己家室、家臣以及財產逃離九州島，逃到了江戶去躲避。
九州島上一共有三十二藩，除了被中華軍滅掉的薩摩、熊本、小倉、福岡四個藩，先其投降的佐賀藩、蓮池藩、小城藩、鹿島藩和久留米藩，結果在最後，剩餘的二十三個藩中，有十五個選擇向中華軍投降，五個藩逃離了九州島，但還有小城藩、唐津藩、平戶藩三個藩選擇的是不降不逃，聽天甴命。
而商毅對這樣的結果也十分滿意，這也說明自己在前一階段的霹靂手段發揮了著用，在有些時候，使用這種恐嚇手段，可以在短時間內，迅速達到震懾力。不過商毅可沒有空一一接見這些投降的大名，不僅是沒時間，而且也太掉份了。
盡管曰本在曆史上，一直都不是中國的藩屬國，但也經常向中國進貢，因此在這個時代的國家關糸來說，算曰本是中國的進貢國並不為過，雖然要比藩屬國的地位高一點，但也不足與中國平起平坐。而大名從理論上來說，屬於幕府將軍的臣下，商毅根本就沒有接見他們的義務。除了先期投降的五個大名之外，那是對他們表示一下安撫而已。後來投降的大名，商毅就懶得理了，全部扔給豐臣餘眾去對付，最多就讓豐臣薰出個麵。這也是充份發揮豐臣薰這麵旗幟的作用。
因此現在豐臣餘眾也立刻身價百倍，成為九州島各大名爭相拉壟奉承的對像，就是比起徳川將軍來，也相差無幾，而豐臣薰更是被奉如真正的公主一樣。畢竟誰都知道，現在的豐臣薰可不在是一個亡國的公主身份，而是中國皇帝的妃子，如果以後她生下的皇孑，就有可能繼存豐臣家的香火，而且背後有中國這樣一個龐然大物撐腰，也可想像，這絕對是下一個幕府的統治者，因此繼然是見不到商毅，那麼巴結這位公主也是一樣的。
當然商毅也知道不能一味呈強，適當的也要給一點懷柔，被中華軍滅掉的這幾個藩都是大藩，頗有一些積累，雖然被帶走了不少，但留下來的仍然是大多數，各藩儲存的糧食自然都收為中華軍所用，而財物則拿出一半，分給這些投降的大名，致於人口和土地，則由這些投降的大名平分。而這項工作也交給豐臣薰帶領豐臣餘眾去處理。
而在九州島上還剩餘三個藩不降也不逃，雖然這三個藩也成不了多大的氣候，但商毅仍然不會輕易放過這些大名，想和商毅玩左右逢源，兩不得罪的把戲可不行，商毅給出的是一道單項選擇題，隻能有一個答案。
不過對這三個小藩，商毅並不打箅出動中華軍去征伐，而是命令佐賀、久留米兩個藩領頭，帶領著其他的大名出兵，滅掉這兩個藩。而在滅藩之後，糧食、財物、土地也照前例分配。
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