等將到場的各旗主都封完之後，才開始策封那些沒有到場的旗主，由各旗派來的使者代領及叩首謝恩，雖然這一批人也被策封為旗主，但賜下的禮物要比親自到場的旗主少一些，以示區別。畢竟親自到場的旗主，當然應該受到優待一些。而那些本來是被中華軍俘虜，被迫來參加的旗主卻是因禍得福，反而得到了一份更為豐厚的禮物，總算是沒有白當幾天俘虜。
隨後商毅這才公布帝國對蒙古的政策。
中華帝國將正式設立內藩蒙古自治區，在原則上，自治區推行蒙人治蒙的政策。蒙古自治區乃然劃分成為六盟，各盟的地區，以及盟內各旗的數量都與清廷規定的一致，但會盟製度和盟主做出一些改動，清廷規定蒙古各旗三年會盟一次，選出各盟盟主，而帝國改為兩年一次，盟主一位，由各旗輪流擔任，而在擔任盟主其間，稱為盟主旗。當然各盟的第一任盟主，仍由原來清廷指定的旗主擔任。
但盟主隻是作為帝國中央對蒙古各旗的監督機構，不能幹預各旗事務，也無權私自發布政令，各旗內部仍然享有很大的自治權，這一點和清廷仍然一樣。而是各旗輪流擔任盟主，人人有份，因此這一點變化也頗受各旗的歡迎，畢竟誰都能過一過盟主的癮。由其是帝國正式確立蒙人治蒙的原則，也讓眾旗主都大為安心。
當然中華帝國征服蒙古之後，也有一些新的製度，首先是將察哈尓和歸化城土默特合並，稱為內藩蒙古自治區察哈爾府，歸化城正式更名為呼和浩特，受帝國的直接控製，帝國將在這裏派遣官員，治理地方並駐軍守衛，由北京軍區管理，治所設在呼和浩特。同時蒙古各盟旗的事務，也都由察哈爾府管理。不過察哈爾府也並不幹涉各旗內部的事務，但各盟舉行會盟的時候，察哈爾府都要派人參與。
同時商毅還做出決定，五年以後，在察哈爾府成立內藩蒙古自治區政府，仍然堅持蒙人治蒙的原則，由各旗聯合組成自治區政府，共同管理自治區內部的事務。當然俱體的製度，將由各旗派遣代表，到察哈爾府先組成一個自治區政府籌委會，大家共同商議製定。
對於成立內藩蒙古自治區政府，各旗旗主的態度都不徑相同，有的支持，有的反對，但一來自治區政府是在五年以後才成立，現在時間還早，二來從商毅的聲明來看，自治區政府仍然也是堅持蒙人治蒙的原則，而且由各旗派代表參與討論製定自治區政府的各科製度，因此就是持反對態度的旗主也都暫時沒有聲張，等到時看一看俱體情況再說也不遲。
最後一點就是在長城內外開設通商口，方便漢蒙兩族進行通商貿易，並且允許蒙古和帝國的其他省份進行自甴通商來往。
這一條是最受各旗主的歡迎，因為蒙古地處偏遠，經濟情況不十分落後，而且物產也十分單一，其本不產糧食作物，因此對於中原的各種物資主要是糧食、茶、糖、鹽、鐵、棉布、絲綢、藥材、木材，金銀製品等等的需求量都很大，而蒙古出產的馬匹、牛羊、獸骨、皮革製品、奶製品等等，也是中原地區所需要的商品，雙方確實有一定的互補性。其實盡管在中國曆史上，中原王朝一直都和北方的遊牧民族戰爭不斷，但雙方的通商來往也同樣一直沒有中斷過，甚致比戰爭的時間更多。不少時候雙方都是一邊打仗，一邊做生意。
其實經濟實力才是中原王朝對北方遊牧民族的優勢所在，因為從貿易依賴性來說，遊牧民族對中原商品的依賴，要遠大於中原對遊牧民族商品的依賴。隻是由於觀念狹礙和見識的不夠，曆代的中原王朝都沒有意識到，可以利用經濟手段來控製北方的遊牧民族，隻是把與北方的遊牧民族開埠通市，當作是對他們的一種恩賜，體現上國皇恩，而不是製約他們的手段,因此在與北方遊牧民族開埠通市上, 往往都帶有很大的隨意性，往往是心神來潮,想開就開，想關就關。
實際並不是所有的時候，北方遊民族都有入主中原，統一天下的雄心壯誌。在大多數時間裏，北方的遊牧民族隻是想生存下去，或者生活得好一點，而其實也並不想和中原王朝打仗，隻是雙方不通商，遊牧民族就無法得到自已需要的商品，隻好發動戰爭去搶，雙方的絕大部份戰爭，就是這樣引起來的。
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