而就在1650年1月27曰，羅馬天主教會的使者也來到了倫敦，原來是羅馬天主教會的教皇英諾森十世正式邀請中國使團訪問梵帝岡。
盡管三十年戰爭結束之後，教會的權力己經幾乎完全喪失，對歐州局勢的影響力也下降到零點附近，但畢竟是歐州的宗教信仰核心所在，在歐州人的心目中，教會仍然還有著十分崇高的地位。因此教皇親自派出使者邀請中國使團訪問，也算是極大的榮譽。
其實英國並不是傳統的天主教國家，相反國民大多都信仰新教，但無論新教舊教，在本質上都可以算是天主教的一份，因此英國社會對教會依然還保持著相當的敬意，教皇使者架臨倫敦，當然也是極有麵子的事情。同時也能極大的提高英國的聲望，畢竟現在英國還不是歐州的主流國家。
在中國使團一到英國之後，阿科尼亞就告別了使團，先行趕到了羅馬，去參見教皇，向教皇英諾森十世彙報了耶穌會在中國傳教的工作，以及在傳教的過程中，出現的一些問題，希望教會給予指示：
一是中華軍占領了呂宋之後，逐驅了除了耶穌會以外的所有其他天主教會，但因為呂宋地區原來是西班牙的殖民地，因此天主教總部指定呂宋為的亞州大教區，各教會的傳教區分布也是由天主教總部親自指定劃分的，雖然說現在呂宋己是中國的殖民地，不用看天主教的眼色行事，但耶穌會畢竟還是天主教的一個分支機結，因此耶穌會希望能夠得到天主教總部的正式確認，把呂宋地區劃為耶穌會的傳教區；
二是耶穌會在中國傳教的經過中，遇到一些天主教教義與中國傳統習慣發生衝突的事情，因為中國的風俗對宗教有很強的包容性，一個人可以信仰多種宗教，但這與天主教的教義不符，因此也再所難免的發生矛盾碰撞，比如祖先崇拜，還有多種宗教同存的情況，在明萬曆年間就因為教會禁止教徒祭祀祖宗，引發了衝突，造成了南京教案，對中國的傳教事業造成了很大的打擊，因此耶穌會也希望天主教總部能夠在這些問題上放寬界限一些，特殊地點特殊對待。
不過這兩個問題在天主教總部中又引起了一場激烈的辯論。
天主教是一個總稱，低下大大小小還有幾十個不同的分支教會，雖然耶穌會是最早在中囯開展傳教的天主教教會，在中國有很高的知名度，但在天主教內部，卻是最不受待見的分支教會之一，原因就在於盡管耶穌會是反對新教，但卻力主在天主教內部進行維新改革，這實際和新政的宗教改革思想非常接近。因此盡管耶穌會被天主教承認，但天主教總部對這個分支教會一直沒有好感。
另外耶穌會是天主教各分支教會中比較重視科學教育的，他們在歐洲興辦許多大學，培養出的學生除是耶穌會人才外，也活躍於政界與科學界，其中著名的科學家有笛卡兒、伽利略、達芬奇等人。在天主教內部以及其他新教都懷疑他們在建立某種秘密組織，有圖謀不軌之心。因此在歐州的許多國家都不喜歡耶穌會，甚致驅逐耶穌會的傳教士，迫使耶穌會隻能向歐州以外的地方發展。
呂宋地區的傳教最初是由奧古斯丁會主導，而奧古斯丁會才是天主教最主要的分支教會之一，現在要求把過去屬於奧古斯丁會的傳教區劃分給耶穌會，當然會引起不少人的不滿來。
因此在教庭內部有許多人都不同意耶穌會提出的要求，認為耶穌會應該退出呂宋，把它還給奧古斯丁會，甚致還有少數狂熱份子人叫嚷對中國再發動一次十字軍東征，以武力奪回呂宋。不過立刻被教皇英諾森十世所製止。
英諾森十世心裏十分清楚，現在的天主教早己不在是當年那個在歐州一呼百應，可以興風作浪的政教合一的教會，而且三十年戰爭之後，天主教的保護者，哈布斯堡王朝己經衰敗，天主教己經被迫承認路德教、信義會、福音會、加爾文派等新教組織。在天主教內部尚且如此，還拿什麼組織新的十字軍東征呢？除非是主真的顯一次靈還差不多。
現在耶穌會來請求天主教總部確認，在呂宋地區的傳教權，說白了那不過是給總部麵子，準不準又能怎麼樣，天主教管得住中國嗎？現在奧古斯丁會還敢去呂宋嗎？而天主教總部又能移阻止耶穌會在呂宋傳教嗎？因此還不如順水推舟，把呂宋劃給耶穌會，反正耶穌會總歸也是天主教的分支教會之一，不過就是從左邊口袋放在右邊口袋裏。
而另一個問題側有些麻煩了，因為這牽扯到了天主教基本教義，其實這也是一個老生長談的事。天主教是一個俱有很強的排他性的宗教，教徒是絕對不允許在信仰其他的宗教的，甚致不允許有其他的宗教性質的崇拜儀式，因此中國的祭祖活動，在不少傳教士看來，就屬於一種宗教崇拜儀式，應該禁止。