另外，自己與清廷決裂之後，也必須要另找勢力結盟，否則單靠四川的力量，也不足以與商毅對抗。商毅的戰術思想中有一個重要的原則，就是先打弱小之敵，再打強大之敵。而現在看來，清廷是瘦死的駱駝比馬大，而南方的三個南明朝廷也緊緊抱團，就是爛船也有三千釘，整個中國似乎就是自己最弱了。而清廷是指望不上，唯一的辦法就是加入到南明集團中去，和他們抱成一團。然後再從南方出擊，牽製南京政府的後路，雖然也是間接的幫助清廷，但也是在為自己著想。
因此吳三桂就選擇了離自己最近的永曆朝廷。於是立刻派出使者，向永曆朝廷表達了願意歸服的態度。
這時永曆朝廷中的吳、楚兩黨鬥爭得十分激烈，不過以丁時魁、瞿式耜、何騰蛟等人為首的楚黨一方，占據了朝中的重要職位，何騰蛟又掌握著永曆朝廷的大部份兵權，因此在權力鬥爭中占了上風。而吳黨一方的幹將馬吉翔因為拍馬有術，是皇帝朱由榔的親信，有皇帝在背後撐腰，而另一員幹將陳邦傅本是南潯總兵，屬於廣西的地方軍閥勢力，根深蒂固，這樣內外結合，雖然處於劣勢的一方，但也並不容易被扳倒。而且也在時時都在尋找時機，扳回局麵。
而吳三桂表示願意歸服永曆朝廷之後，在永曆朝廷內部又引起了一場爭論，吳、楚兩黨各執一辭，互不相讓。因為對於永曆朝廷來說，吳三桂是一個擁有著非常強大實力的割據勢力，因此在永曆朝廷占據優勢一方的楚黨在這個時候當然不希望有外部勢力幹涉進來，於是都極力的反對接納吳三桂，而理由也十分充足，就是吳三桂是叛臣，當然不能接納他。
但處於劣勢一方的吳黨卻都讚同永曆朝廷接納吳三桂，希望將吳三桂引入永曆朝廷，成為自己的外援力量，擴大自己的實力，以對抗楚黨。而為了使永曆朝廷接納吳三桂，吳黨首先否認吳三桂是叛將的身份，堅決認為吳三桂當初並沒有被叛大明，引清軍入關是為了借兵打敗李自成的農民軍，為崇楨皇帝報仇，而且結果也證明，吳三桂借兵的行為確實有效，清軍確實打敗了李自成的大順軍。這一點在弘光朝廷也得到確認。
隻是後來清軍反悔，占據北京不走，但這並不是吳三桂的本意，現在吳三桂看穿了清廷的野心，想要重新歸複明朝，也足見吳三桂的忠心，因此當然應該接納吳三桂。另外吳三桂現在擁有四川之地，麾下有雄兵二十餘萬，如果能夠歸複永曆朝廷，當是永曆朝廷的一大助力，就此中興大明，也不是不可能實現的。
皇帝朱由榔被夾在當中，也左右為難，從心裏來說，他到是想接納吳三桂的歸順，因為馬吉翔是他的親信，他自然要偏向馬吉翔一些，而且收納了吳三桂之後，也確實能夠擴大永曆朝廷的實力，朱由榔雖然不是什麼中興之主，幹練之材，但也畢竟沒有糊塗到家，雖然沒有統一天下的雄心壯誌，但至少也要把自己的小日子給守住，他當然也知道，現在清廷和南京相爭天下，無論誰贏了，下一個目標肯定就是南方的三個南明朝廷，而現在自已肯定不是對手，如果接納吳三桂，大約也就差不多了。但楚黨的那一批人朱由榔也不敢得罪，這些想法也隻能放在心裏，不敢說出來。
而偏偏在這個時候，又來了一個攪局的，原來廣東永安朝廷的掌權者尚可喜也致信永曆朝廷，表示對吳三桂歸順永曆朝廷表示了歡迎。
尚可喜和吳三桂現在是鐵杆盟友，因此對吳三桂的行為都會盡力支持。而且他對永曆朝廷的掌權大臣在對待南京政府的態度上，猶猶豫豫，畏畏縮縮的做風非常不滿，也希望吳三桂加入永曆朝廷之後，能夠改變這種情況，成為自己得力的盟友，促成南方聯盟真正的形成。
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