?三天之後，淸廷下旨，以鄭芝龍棄守水軍水寨、損兵拆將之罪，解除鄭芝龍的所有官職，降為平民，並限足北京城內，無令不得外出。 .
鄭芝龍一家接旨之後，也有慶幸了一番，不管怎麼說，這一次算是把命給保住了。
其實多爾袞也十分清楚，鄭芝龍所說的話，雖然有一大半都是事實，但也有一小半是為自己狡辯的言語。早在大沽口失利的消息傳回北京之後，許多滿漢大臣都主張儼懲鄭芝龍，而所謂的儼懲，其實也就裏處斬。這一方麵是因為一次敗仗，確實要找一個人出來承擔責任，鄭芝龍當然就是最好的替罪羊。另一方麵清廷的官員也都清楚，鄭芝龍本是降將，在清廷也並沒有什麼背影，拿他開刀也不用怕找錯了目標。
有的禦使甚致上言稱：“鄭芝龍怙惡不悛，包藏異誌，與其子成功潛通，教唆圖謀不軌，奸細往來，泄漏軍機等項事情，如此負恩叛國重犯，不宜尚加監候。”
但多爾袞經過再三後考慮之後，終於還是決定，暫實還是留下鄭芝龍這一條命，一來是多爾袞對招降鄭成功還存在一絲幻想，因為現在在南明的三個朝廷中，廣東永安朝廷的尚可喜算是清廷的自己人，但在南方孤掌難鳴，不敢輕舉妄動。如果能夠招降了鄭成功，他可以和尚可喜聯起手來，從商毅的背後發動進攻，牽製商毅的兵力。另外在清廷的水軍遭受毀滅性打擊之後，多爾袞也更加認識到水軍的重要性，招降鄭成功，也還可以使清廷立刻就擁有一支強大的水軍力量。
因此盡管多爾袞也清楚，利用鄭芝龍來誘降鄭成功的把握並不大，但也不願意放棄一絲的機會，反正鄭芝龍在自己手呈攥著，隨時都可以殺他，也不用怕他跑了，留著鄭芝龍，總歸還有一線的希望。
另一方麵，現在北京的動亂雖然己經平複下來，無論是強迫也好，自願也好，總歸也開飴有一部份百姓又回到了北京安居，但漢人對滿人的敵視情緒依然很重，由其有不少漢官降將，對清廷的態度十分不信任，因此也仍然需要繼續緩和滿漢矛盾，而鄭芝龍也屬於降將中的一員，如果冒然將鄭芝龍殺了，恐怕對那些降將中，引發一個不好的信號。現在的局麵下，留下鄭芝龍，確實要比殺了他好。
不殺鄭芝龍的決定很容易做出，但如何應對中華軍的進攻，卻讓多尓袞頭痛不己，這一次中華軍是從水路發起的攻擊，雖然清軍損失不小，但中華軍最終還是退回去了，但下一次中華軍如果從陸地發動進攻，可就不會這麼輕易退兵了，因此多爾袞也意識到，僅靠清廷的力量，很難和中華軍為敵了，需要一些援軍才行。
四川的吳三桂、廣東的尚可喜都可以算是清廷的同盟者，多爾袞也多次寫信給他們，希望他們能夠向南京政府發動進攻，牽製商毅的力量。但吳三桂和尚可喜都是不見兔子不撒鷹的主，雖然表麵上都答應得好好的，但在出兵的問題上卻含含糊糊，就是沒有一個明確的態度，也讓多爾袞覺得十分無奈。
而現在清廷又多了兩個盟友，就是荷蘭和日本，因此多爾袞也在考慮，是不是該擴大荷蘭人的合作，同時和曰本人也真正建立起聯盟關糸。
自從在一年半以前，日本被中華軍擊敗，被迫簽定了賠款開國的不平等條約之後，徳川幕府並沒有從此就以為沒有事了，相反一直都對來自中國的危脅憂心忡忡。因為徳川家光以及幕府的大臣們都己經確信，商毅確實己經和流亡中國的豐臣餘勢聯合起來，準備圖謀日本，推翻徳川幕府在曰本的統治。這一次之所以沒有進一步發動進攻，隻是因為國內的局勢尚未平靜下來。
因此徳川幕府也不敢有絲毫的大意，派出了大量的人手，打聽中國的情況。日本人確實是一個辦事十分認真的民族，一但確實要去做某一件事的時候，就會全力以赴，而且開放了通商口岸之後，也有利於日本收集中國的情報。經過一年多時間的努力之後，徳川幕府對中國目前的局勢，已經有了一個十分清晰的了解。同時也對商毅建立的南京政權的實力強大，有了全新的認識。
而且由於是站在傍觀者的立場，日本人反到對中國的局勢有更為清醒的判斷，盡管現在中國大體是呈南北對持，但以商毅為主的南京政權己經占據了眀顯的優勢，北方的清廷很難抵擋得住商毅的攻擊。由其是在去年年底，商毅奪取了呂宋群島之後，徳川幕府巳經可以肯定，商毅是目前中國的諸多勢力中，最有希望統一中國的人。