了解了商毅的用意之後，其他人也就都釋然了，其實在中國古代，這種撕毀和約的事情發生過很多次，漢族也有，而異族也有，隻要是最後能夠獲得勝利，基本就不會有人說什麼, 相反還會受到讚揚，因為勝利者都不該被指責的，在這方麵，中國人其實也相當然的現實。因此眾人也對商毅的意見也沒有異議，周世奇立刻下令榷場方麵，先挽留清廷的商團，然後再準備安排人選，擬定自己的條件，去和清廷的代表會談。
別的事情說完之後,李格非出列，神色凝重道：“王爺，馬尼拉那邊，好像出事情了。”
商毅怔了一怔，道：“馬尼拉出了什麼事情，難道是幹糸臘人禁止通航了嗎？這不大可能吧。”
和直通日本不一樣，南京地區和菲律賓的通航進行得十分順利，因為在馬尼拉本來有大量的僑民定居，而且還有許多經常來往馬尼拉的中國商人，因此華人在當地都有一定的勢力。另一方麵加上現在商毅大力支持海外貿易的發展，在這次通航的背後實際是有官方的推動作用，有不少菲律賓的華人也希望得到中國本土的支持和保護，因此對這次通航都十分支持。在張庚秋等幾個菲律賓華人領袖的帶領下，在港口選擇，建館地止、費用、關糸等方麵也都發揮了很大的作用。
而在另一方麵，現在占領菲律賓的西班牙人也和日本不同，他們更重視貿易，而且西班牙國內年年戰火，國庫幾乎消耗殆盡，全靠這幾個海外的殖民地支撐著，而殖民地的收入來源, 也主要靠貿易。在中國和馬尼拉直接通航之後，當然也是對菲律賓有利的，因此現任西班牙的菲律賓總督迭戈×法多哈×查孔對此也采用默許的態度。
到現在中國和菲律賓通航己有十個多月了，通航之後，雙方的貿易量果然大漲，因為現在中國的商品不用經過其他商人的轉手，直接運到馬尼拉，無論是數量還是種類，都比過去増加了許多，但價值卻有所下降，由其是在海外最暢銷的絲綢，雖然高級絲綢的價格不維持不變，但中低級的絲綢價值卻降了二成多。雖然在通航之後，通過海關運送到馬尼拉的商品都是先出售給當地華人，然後再轉賣給其人，因此華人也從中受益最大，但西班牙人也獲利不小。因此商毅是很熟悉西班牙人的需求，並不認為他們會禁止和中國通航，可能是因為其他事情。
李格非道：“回稟王爺，當然不是通航的事情，而是幹係臘人好像又準備對馬尼拉的華人動手了。”
商毅聽了也不禁大吃了一驚，自己怎麼把這一點給忘了，在十七世紀，在馬尼拉一共發生了四次比較大規模的華人大屠殺。
第一次發生在一六零三年，事情的起因是一個很偶然的事件，引發了這次馬尼拉華人大屠殺
原來在一六零三年的時候，一個叫張嶷的商人，不知是出於什麼目地，上書當時明朝的萬曆皇帝，稱：呂宋有一機易山，其上金豆自生。萬曆皇帝信以為真，下令福建官員前去勘查。西班牙人本就對中國頗為忌憚，何況當然在菲律賓的華僑己達數萬之眾，勢力極尢，因此疑心中國以此為借口，是與菲律賓的華人聯絡，以便裏應外合將西班牙人趕走，因此排華情緒漸濃。
在一六零三年十月三日，不願坐以待斃的華僑爆發大起義，但由於缺少武器和軍事經驗，他們僅堅持了四十一天，因北起義很快演變成一場對華僑的大屠殺。在西班牙人的煽動和蒙騙下，包括菲律賓土著、日僑在內的各方力量，都參與到這次屠殺中。據統計，在這次大屠殺中被殺的華僑人數在三到四萬之間。
在這一次大屠殺之後，也使中國商人對菲律賓心存恐懼，不在到菲律賓經商，對菲律賓本土經濟產生極大的影響，物資匱乏、經濟蕭條。財政狀況嚴重惡化。同時在菲律賓的西班牙人也但心明朝會報複，因此派遣使臣到中國來周旋澄清。
盡管後來萬曆皇帝查明了馬尼拉大屠殺的真像，但由於當時的明朝國力疲憊，無力舉兵征討菲律賓，同時中國對海外的事務也並不太上心，因此隻是不痛不癢的對菲律賓當局寫了一份《諭呂宋檄》，也就不了了之。而隨著時間的推移，又陸續有商船來往馬尼拉通商，馬尼拉也逐漸恢複了元氣。
從表麵上看，引發一六零三年的馬尼拉華人大屠殺的原因很偶然，其實西班牙殖民者與當地華僑的積怨是長期積累起來的結果。