由內閣成員兼任六部尚書，也是明朝常的慣例，以前商毅在行政部下，設立了十一個司，實際是將六部的職能和權利分散，因為商毅的政府和過去的曆代朝廷所走的道路並不一樣，還按照原先的六部劃份，顯然是己經不能滿足管理的需要，必須分得更為細致，因此這十一司實際取代了過去六部的位置, 同時還會增設一些新部門。
而內閣成員兼任六部尚書之後，實際是不能參與六部的實際公務外理，隻是分管各部工作，吏部下，新設組織部和人事檔案部、戶部分管財政部、審計部；禮部分管教育部，宣傳部、工部分管工業部、農田部、工建部；而李格非分管商務部、對外貿易交流部。而兵部現在僅僅隻是一個虛殼，所有與戰事有關的事務，都由統戰部處理，保留這個名稱實際隻是為了湊齊六部，因此李岩同時還兼任統戰部的部長。
不過統戰部的俱體工作其實是由商毅在處理，而且在現階段，統戰部仍然是最高機構，就連內閣也必須服從統戰部的決議。但李岩並不屬於山東、浙江這兩大集團之中，因此權力分配大體仍然保持著一個平衡狀態。
唯一一個沒有被兼任的六部職位就是刑部，由仲栽司主事為王仲平出任刑部尚書，而且刑部不在內閣的管轄範圍以內，而是直接對商毅付責。因為商毅是來自現代社會的人，三權分立的概念己經深入其心，現在的南京政府還不可能成立議會，但這也是將司法部門從行政部門獨立出來，司法權和行政權分立的格局，並為以後真正實行三權分立所做的準備。
刑部以下, 設仲裁院和督察院兩個機構，其中仲裁院是付責處民間事務，而督察院是處理各級官員的違法事務，但目前來說，督察院隻有審判權，並沒抓捕權和審詢權，目前這兩項權利都由由安全處、情報處來付責，督察院主要還是刑部隻是走最後一道審判程序。刑部目前的主要功能，還是針對民間事務，權力並不大。畢競現在還是戰爭時期，並不是真正搞國家建設的時候。因此盡管刑部尚書王仲平是屬於山東糸的，但也不會對權力劃紛造成多大的影響力。
這樣一來，而屬於直接對商毅付責，除了刑部之外，還有文書司，安全處、情報處，現在也都升級成部。各部的部長依然由原來的長官出任。這樣一來，南京政府實際有十八個部門，分屬內閣管理的有十二個，直接對商毅付責的有六個。
中央機構的組成等級就這樣確定下來，而地方機構基本還是保持原樣，按省、市、縣、鄉鎮四級不變。其實也就是對應巡撫、知府、知州、知縣等官職。而各官員的品級，還是沿用明朝舊製。同時各級官員的奉祿以及補貼也都在以前的標準上，又增加一成左右。
明朝的官員奉祿是中國曆代最低的，如果盡靠奉祿，一般的官員根本養活不了自己，因為商毅集團的財政狀況一向很好，因此政府官員和官兵的餉奉都很好，要比明朝時侯高得多。畢竟想要別人幹活，總得讓人家過得好一些吧。
不過商毅當然清楚，官員貪不貪汙，並不在於官俸的高低，宋朝是曆代官俸最高的，但照樣貪汙成風，而明朝這樣的低俸，也同樣有兩袖清風，清廉守節的官員，因此所謂高薪養廉，所起的作用其實十分有限。治理貪汙其實是一個世界性的難題，必須從道德、法製、完善的監督製度和財政管珪製度等幾方麵一齊努力才能完成，單靠某一方麵，是沒有用的。商毅集團目前來說，在這方麵作得還不錯，正是得益於完善的財政製度和監督體糸。
另外商毅決定現在暫時還不設立勳位、爵位，以及蔭恩親屬等製度，畢竟現在還沒有到真實坐享其成的時候。因此行政係統的官員構成基本就這樣確定下來，以後再根據實際的需要，再增設其他部門、官員。
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