而爭意最大的是收複北京者為天下共主，因為誰都知道，現在的南方有實力收複北京，隻有商毅。因此這一條等於是為商毅量身定做，但誰也無法提出反對意見來，畢竟不能說自己收複不了北京。
而對南方除商毅之外，唯一一個真心想和清軍作戰的鄭成功集團，商毅也在私下答應他們，下一次與清廷作戰，一定會叫上他們一起出兵。並且在長江北岸的沿海地區，也讓出一個地方，供鄭軍駐軍，屯積糧草物資。因此鄭成功集團也全力支持這項協議。
當然還有一些其他的次要內容，比如各方都將開放各自的邊境地區，互相通商往來，降低關稅，流通商品貿易；允許［杭州時報］在其他三個朝廷內自由發行；南京政府也邀請三個明藩朝廷派遣官員，留駐南京，以便於互相聯絡溝通等等。因為這些事項並不涉及各方的根本利益，到也並沒有引起多少爭議，很快也就確定下來了。
這份在後來被稱為是南方抗清統一戰線形成的標誌性文件，也就是這樣被搗鼓出來了。而在後來的檔案、曆書中，將這件文件稱為【南方聯盟協議】。
各方代表在協議上簽好名之後，也都帶著各自的一份協議，離開南京，返回自己的朝廷。不過在各自的朝廷中又都引發了一場爭論，有人讚成、也有人反對。不過各方的實權人物心裏都清楚，現在南方三朝廷根本無法與商毅相抗衡，而且這協議對自己來說也多少有一些好處，而不利的地方，似乎在目前還真的沒有，一但不承認這協議，萬一把商毅給遭惱了，真的打過來怎麼辦？
另外其他三方的不少大臣們也都有這樣一個想法，反正有商毅在前麵擋著清廷，就讓他去和清廷硬拚，等到他們拚個兩敗俱傷，自己也好坐收漁利。因此在這多重因素之下，雖然也經曆了一番爭吵，但最終還是認可了這份協議。而隨後各方又都各自投入到權力鬥爭當中去了。至於協議，也沒人再理會。
三個明藩朝廷內部的事情，商毅從情報部門那裏也都陸續知道一些，大體的發展並不出他的預料，雖然從理論上說，簽定的協議本身並沒有太大的約束力，隨時都可以被撕毀，但三個明藩朝廷肯派人到南京來參加會談，就基本表示了各方對會談結果的主要態度。而且協議也充份照顧到各方的現實利益，因此在時局沒有發生明顯的變化之前，各方也都不會輕易違反這份協議，至少也可以維持一段時間。
那麼在短時間內，自己也不用把主要的精力放在南方，而是可以將大部的注意力放在北方的清廷，以及海外。
同時第二次琉球戰役，以及進攻日本，襲擊江戶的戰鬥消息也都陸續傳回到南京，戰事的進展也十分順利，一直都按照商毅預定的計劃進行，也讓人十分放心。因此現在商毅的主要精力還是放在自己內部的調整上，現在要做的事情還有很多，安排一直排到了今年的年底。
而首先要做的，就是舉行稱王儀式，雖然現在商毅己經稱靖北王已經有三個多月了，在南京政府的文件上，也己經使用靖北王的稱呼，而且也得到了三個明藩朝廷的正式承認，但由於四方會談的進行，以及其他的事務商毅始於都沒有舉行一個正式的加冕儀式。雖然隻是稱王，但也仍有一套十分複雜的程序和儀式,在中國古代, 對這一套程序是非常重視的, 因此從理論上說，商毅這個靖北王還不算是名正言順。
現在其他事情都告一段落，四方會談也取得了比較好的結果，因此周世奇、王夫之、李岩、李格非等人也向商毅進言，應該在南京築台祭天，選擇一個良辰吉曰,正式登台,進冠冕, 璽綬訖, 麵南背北稱王。
商毅雖然不喜歡這些繁瑣的儀式，但也不好弗眾人的意願，因此也隻好同意，但要求一切儀式，都盡量簡進行。
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