而對於永安朝廷決定派張煌言、尚之言為使，到南京去和商毅麵談，張煌言也覺得還有機會，自己到了南京，可以當麵勸說商毅，因此也沒有反對。
其實商毅根本沒打算接皇帝到南京來，官員來才是他需要的，而商毅真正的目地，是想招開一個四方會談，協商製定出一個處理南方各朝廷之間的公約秩序，這樣不僅對南明三朝有一定的約束力，而且自己出兵打那一方，也有條約依據，並不是以下犯上。
現永安朝廷這一邊總算是搞定了，商毅又向紹武、永曆這兩個朝廷再次發去文書，仍然是請他們去南京繼位，如果皇帝去不了，可以派大臣為使，到南京去商談抗清，以及南方各朝廷之間的相關事務。
紹武朝廷的掌權者，首輔蘇觀生在鄭成功的堅持下，也終於同意，畢竟隻要是把皇帝篡在自已手裏就行了，派幾個大臣去到沒關係，大家一起坐下來談一談也好。現在三個南明朝廷並立，大家都以正統自居，這也是事實，互相之間的關係處理，確實應該有個說法。於是首輔蘇觀生也決定，派一文一武兩人去南京，文臣是顧元鏡，而武將是鄭成功的叔叔鄭鴻逵。
不過在永曆朝廷裏，卻多了一些波拆，其實在三個南明朝廷中，永曆朝廷的實力最雄厚，紹武、永安都隻有一省之地，而永曆朝廷占有廣西全境，貴州大半，雲南的一部份，地盤是紹武、永安兩個朝廷的總和。而兵力也有馬進忠、王進才，郝永忠，曹誌建，焦璉、劉承胤、曹誌建、黃朝宣，滇營趙印選、胡一青等十餘部，多則過萬，少則數千，總計也不下十萬。隻是統帥何騰蛟驅眾無能，指揮不動這些驕兵悍將。
而造成永曆朝廷武將專扈的局麵，黨爭也有相當的推動作用。南明三朝中，以永曆朝廷的黨爭最為激烈，一開始有楚黨、吳黨之分，楚黨是內閣大學士瞿式耜為首，成員其主要成員有左都禦史袁彭年、禮部侍郎劉湘客、吏科給事中丁時魁、工科左給事中金堡、戶科右給事中蒙正發，號稱“五虎”。並以何騰蛟為外援，而吳黨是以閣臣朱天麟、吏部侍郎吳貞毓、慶國公陳邦傅、司禮監馬吉翔、給事中張孝起、李用楫，王化澄、萬翱、雷德複，程源等人。
在一開始，楚黨的外援何騰蛟掌握重兵，因此楚黨氣勢大盛，但何騰蛟先敗於清軍，再敗於商家軍，威勢大跌，又管不住手下的各路，於是被吳黨有機可趁，紛紛拉隴何騰蛟手下的部將，逐漸挽回了局麵，但也助長了丘八的驕悍氣焰。
其中有人是為爭權利，也有人是實實在在想為抗淸大局做一些事情，但因為身在局中，也不可避免的卷入到政治鬥爭中，因此關係錯綜複雜，盤根錯節。但雙方你爭我奪，鬥得十分激烈。而商毅的公文，也成為雙方鬥爭的一個焦點。
因為楚黨屬於執政黨一方，當然不願把皇帝交出去，而吳黨是在野黨，本著敵人反對的事我支持，則極力讚同，當然也有一部份人是出於公心，認為把皇帝送到南京去，有利於抗淸大業。但不管怎麼說，雙方都是針鋒相對。
不過隨著永安、紹武兩個朝廷都派出官員去了南京，吳黨也趁機發動猛，而楚黨的外援何騰蛟也不給力，聲勢也下降了不少，漸漸有些抗不住吳黨的進攻。好在是可以先派官員去談，因此瞿式耜也決定派出兩名官員去南京，看能談出個什麼來。
而為了爭奪這兩個名額，雙方又經過了好一番爭鬥，最後楚黨、吳黨各占一個，楚黨派出的是吏科給事中丁時魁，吳黨的人選是吏部侍郎吳貞毓。
就這樣經過了反複拉劇之多，南明三朝的官員終於全部都在南京彙集，在商毅的主持下，招開南京四方會議。而這時的時間己經到了順治四年（1647年）九月，商毅一直等待的琉球局勢，終於發生了巨大的變化。
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