雖然商毅並沒有參加湖北的戰鬥，其實一點也沒有閑著，相反每天的工作都十分飽和，並不比打仗輕鬆多少。處理政務其實是一件非常枯燥而又麻煩的事情，隨著控製地盤的擴大，各種公文也越來越多，盡管有行政部事先進行了整理和提出了初步的解決意見，但絕大多數公文都需要商毅親眼過目，就是光把這些公文看完，都要花費不少時間，何況還要認真的思考，審批。
以前在外麵打仗，或者是戰事緊急的時候，商毅可以把這些事情一骨腦扔給葉瑤瑱和行政部，自己甩手不管，但現在自己就在杭州，而且戰事也不那麼緊急了，商毅也不好意思再當甩手掌櫃，隻能毎天認真處理政務。
這時商毅也深有體會，為什麼曆史上昏君會比明君多得多，現在自己也才占了四五個省，就有這麼多的事情，如果真的占了全中國，估計有分身法都不夠。勤政這兩個字說起來容易，但想要做好，可並不是一件容易的事情。有幾個皇帝願意熬這一份辛苦呢？
其實商毅並不是專權的人，也知道充份分權的重要性，但現在政務繁忙，也是有一定的特殊原因，因為湖北、湖南、江西三個省剛剛占領，許多事情都是百廢待興，而且有一些事情，商毅又不願尊循原來明朝的舊例，要推進一些新的製度，因此在推行初始階段，也必須自己親自關注，好極時發現問題。
當然商毅現在的主要精力，還是用在發展經濟上，而要在短時間增加財政收入，最好的辦法還是對外貿易。其實商毅在入主浙江之後，一直都在大力發展對外貿易，現在浙江一省的海關收入己經超過以前明朝全國的總海關收入了。但在俱體的措施，主要還是開放沿海城市，完善海關製度和服務，盡量吸引海外商人到浙江來進行貿易，仍然屬於被動參與，而主動走出去，主動把中國的商品推向海外，做得卻還不夠。在這方麵，目前在浙江地區，主要還隻是商人自發行為。
雖然在政策上，商毅也鼓勵商人主動出海進行貿易，並且放寬民間造船的限製，但實力雄厚，有能力自己造船出海的商家，畢竟隻是少數，而能造大船、巨船的商家，更是寥寥無幾。因為船隻除了航行之外，養護、維修的費用也極大，另外還需要承擔極大的風險，一但出海遇難，往往都會賠得血本無歸。不少冒險的商人都是因此而破產，而且中國的商品在海外一向銷路好，守在家裏都自然有生意上門，因此絕大多數的商人也都不願冒這個風險。
但如果想要參與國際的大航海貿易，和世界同步發展，就必須主動走出去，而且隻有主動走出去參加海外貿易競爭，才能把主動權掌握在自己手裏，進一步擴大貿易收入，甚致是參與製定國際規則，這一步是非走出去不可的。不過在主動參與海外貿易最初的階段，最好還是由官府出麵組織。其實歐州的葡萄牙、西班牙、英國、荷蘭這幾個國家在發展航海貿易的初期階段，都離不開國家的支持。
其實現在商毅的政府己經具備這樣的條件了，現在浙江一千噸以上的帆船己經超過十艘，六七百噸以上的帆船有五十多艘，而且在這個時代，戰船、商船的區別並不大，幾乎都可以共同，因此也完全可以由政府出頭，成立一個航行公司。有不少商人對此都產生了濃厚的興趣，包括商毅的嶽父林之洋在內，商毅也委托他拿出一份詳細的項目建設書來。
不過成立航行公司最大的難題不在商毅這一邊，而是在海外沒有一個屬於商毅自己的通商口岸，這樣就算是成立航行公司，但在海外沒有自己的商館和接待人員，隻能按一般的商船待遇，風險和困難也都大得多了。
現在商毅的海外貿易夥伴主要是兩個，首先是馬尼拉、其次是曰本，但在這兩個地方都很難建立起自己的通商口岸來，因為商毅和西班牙人打了兩仗，雙方幾乎完全惡交，隻不過雙方都需要進行貿易，才都默許商船來往貿易，但發展官方的關糸，非常困難，屬於典型的政冷經熱。
而日本就更難?S，因為徳川幕府奉行閉關鎖國的政策，更不可能對商毅開放通商口岸了，在年前徳川幕府曾派出使臣阿部重次來到杭州，商毅也像他提出過這個要求，可惜一直都沒有回音。現在商毅和日本的貿易來往，除了在杭州的日本商團之外，隻是用琉球當中轉站，還是依靠薩摩、長州二藩從琉球再轉運到曰本去。