蘇建林想趕到北門去找多鐸，但還沒等他出了玄武門，駐守北安門的清兵就己退到了皇城裏麵，蘇建林也無法趕到北安門去尋找多鐸，而是立刻與敗退回來的清軍展開了戰鬥。
而這時在東安門，清軍也向商家軍發動了一次反擊，為了掩護多鐸逃走，雖然明知不敵，但屯齊還是帶領人馬，向攻進東安門的商家軍發動了進攻。
但這也是在南京皇城裏發生的最後戰鬥。
但這時誰都看得出來，清軍的大勢已去，隻不過是垂死掙紮而已，清兵的鬥誌也十分消沉，兩邊的抵抗都沒有支持太久，就立刻土崩瓦解，四路的商家軍都己殺入了皇城，正在皇城裏全麵展開對清軍的搜查和清剿，到外到是“放下武器，投降免死” 的喊叫聲，而清軍在皇城裏四處流竄，盡力躲避商家軍的追擊。除了一小部份人還繼續負隅頑抗之外，大部份的清兵都選擇了投降，也包括相當一部份滿旗清兵。
畢竟除了少數的皇族宗室以外，大多數的滿旗淸兵其實也是普通人，一開始守衛南京時，還有殉城、戰死、為國盡忠的決心，但在經曆了幾天的激戰之後，就是意誌最堅定的滿旗清兵也身心俱疲，麵對著商家軍黑洞洞的槍口和雪亮的刺刀，也都沒有抵抗之心，紛紛扔下武器，舉手投降。
而率領清兵向商家軍發動最後攻擊的屯齊，在戰到最後，本打算自殺殉國，但被商家軍的士兵一擁而上，打掉了用來自殺了佩刀，結果被商家軍生擒活捉，成了俘虜。
商毅是在十六日清晨進入南京，這時皇城裏的戰鬥己經基本結束了，士兵們正在清理皇城裏的戰場，撲滅燃燒的火焰，並且收容降兵和俘虜等等工作。不過在皇城外麵，零星局部的戰鬥還在進行著，因為南京城實在是太大了，而且這時人口稀少，讓清軍有足夠的空間躲藏，同時還有一部份清兵逃出了南京，在城外流竄，也給商家軍的清尾工作帶來了一些困難。等到全麵肅清南京城裏的清兵，己經是三天以後的事情了。
但這一切都不足以改變大局，整個南京地區這時也都已經被商家軍全麵收複。而這時距離商毅從南京撤離的時間，己經過去了十個月。
這次進攻南京的戰鬥一共進行了五天，商家軍一共戰死了二萬四千一百七十三人，傷一萬三千六百二十二人，而殲滅清兵四萬一千三百八十八人，俘虜竟多達四萬八千四百一十七人，這還不算被清軍臨時征調來的民兵。
這些民兵還剩餘三萬多人，經過鑒別之後，全部都釋放了。其實鑒別起來也非常容易，隻要是說得一口流利的南京話，基本就能夠證明是被清軍臨時征調來的南京人，也可以被釋放。當然也有一些不會說南京話，但也自稱是民兵的，隻能先關押起來，以後慢慢分辯。
另外在戰鬥結來之後，還繳獲了清軍的戰馬七千餘匹，各種火炮二百二十七門，火銃六千三百七十七杆，盔甲刀槍旗幟更是不竍其數，還有糧食十萬餘石，白銀六十萬餘兩等等其他物資。因為清軍並沒有來得及把所有物資都運走。隻是被清軍俘虜的明朝官員，宗室等人都被轉移北上。
商毅和亞莉桑徳拉一行人馬是在成進的陪同下，跨乘著騎在高頭大馬，沐浴著清晨的陽光，以勝利者的姿態，從承天門直接進了南京的皇宮。沿途的士兵看到商毅的一行人，也都紛紛停下來，向商毅行禮，還喊著：“督師”或是“商督師”。而商毅在大馬上，也向他們一一還禮，也道：“大家辛苦了。”
穿過了承天門之後，商毅騎在高頭大馬上，左右看著南京的皇城建築，雖然這不是商毅第一次進南京的皇宮，但這一次的感覺和以前那一次都不一樣，因為這個時代的南北二都之一的南京，如今己經完全在自己的掌握之中了。因此心裏也充滿了自豪感。
亞莉桑徳拉和商毅一起進過北京的皇宮，但南京皇宮卻還是第一次來，因此在馬上也是左顧右盼，雖然戰爭留下的痕跡仍然十分明顯，有部份建築甚致都己經被燒毀，但依然掩飾不住皇城的優觀華麗和威嚴氣氛。
通過了午門，也正式進入了南京紫禁城，可以看見在正前方屹立的太和殿，亞莉桑德拉也不禁歎息道：“商，我還以為北京的皇宮己經是這個世界上獨一無二的了，但南京皇宮看起來，似乎一點也不比北京的皇宮差。這樣壯觀的皇宮有一個就已經是奇跡了，在你們的國家裏居然有兩座，簡直是太不可思議了。”