在十一月十五日清晨，商家軍分從南北，向清軍的鍾鼓樓據點發動了進攻。
商家軍的士兵們分散成以連為單位，在複雜如迷宮一樣的街巷中穿行，而清軍依托著房屋，倒處設立了阻擊點，也在拚力阻擊商家軍的進攻。盡管每一個連隊都有一份詳細的南京地圖，但在激烈的交戰中，也難免會迷失方向，有時也不得不釆取炸開牆壁，然後從街巷和院落中橫穿而過的方式，有時會從房屋的另一側炸開一個大洞，從清軍的背後殺進來。因此整個鍾鼓樓地區的建築群裏到處都是槍聲和混戰的呐喊聲。
攻擊方和防守方都利用複雜的街巷互相摸索，雙方都是以小股兵力接戰，整個戰場呈犬牙交錯，根本就沒前後方的概念，你中有我，我中有你，大部份的戰鬥都是突然相遇，猝不及防，然後短兵相接，照麵就開打。幾乎在每一條街巷，毎一個院落裏都會發生遭遇戰，經常是打著打著，兩隊士兵就撞在了一起。
在這個時侯幾乎沒有任何的戰術可言，依靠的就是雙方士兵的機警、現場的極時反應、巷戰的經驗和戰士們個體的作戰能力。不過在這幾方麵，受過巷戰訓練的商家軍都占了明顯的優勢，投入戰鬥的人數，戰士們的士氣也都在清軍之上，而且商家軍是輪換作戰，現在出戰的士兵們基本都有二三個小時的休息時間，而清軍大部份都是經過了一戰的激戰，從各條戰線退到鍾鼓樓區來後，因此雙方的精神體力狀態，也不能同時而語。
一但發現了清軍的阻擊點，商家軍就會正麵吸引，然後派出一個小隊從側麵突擊，一但靠近了之後，就立刻向清軍的據點裏扔出手榴彈。而與清軍遭遇則立刻展開成戰鬥隊型，前排拚刺刀，後排火力支援，因此逐個逐個的搗毀清軍的阻擊點，逐條逐條的奪取街道。一步一步向鍾鼓樓區的中心地區推進過去。
到了下午二時左右，鍾鼓樓區的大部份陣地都被商家軍占領，清軍己經被壓縮到以鍾鼓樓為核心的十餘門民房內，這時清軍在鍾鼓樓區的人數己不足二千，商家軍的戰士們都己經可以看見鍾鼓樓的基座。於是向這兩座如鶴立雞群一般高聳矗立的建築發動潮水一樣的進改。
而清軍也在鍾鼓樓上拚死防守，從每一個窗口中都有淸軍的弓箭手和火銃手，拚命的向進攻的商家軍打去，有的還用石頭、磚頭砸，在兩座建築的周邊，己經躺滿了士兵們的屍體，而且有不少也是從樓上被拋下來後。
商家軍首先殺到了鍾樓邊，用幾十手榴彈一起炸開了鍾樓的大門，突擊隊的戰士們立刻從突破口裏拚死往鍾樓裏衝。雙方在一樓大堂展開了激戰，而很快商家軍就擊散了一樓的清兵, 又向二樓發動了進攻，這時守軍的傷亡十分慘重，不斷的有人被打死，從窗口扔下來，或是自己為了逃跑跳下樓去。而留在樓裏的士兵則利用一切能夠利用的東西進行抵抗，包括桌椅、櫃子、木箱、成袋的糧食等等，都被用來當作掩體。
但在商家軍的勇猛進攻下，清軍終於抵抗不住，二樓、三樓也都相繼失守，最後被逼到四樓的二百多名士兵全部都投降，商家軍也占領了鍾樓。
鍾樓、鼓樓是隔街相望的建築，鍾樓被商家軍攻破，在鼓樓裏負隅頑抗的清軍也看得一清二楚，清軍在鍾鼓樓區的指揮的指揮部就設在鼓樓上，這時滿達海手執佩刀，剛剛斬殺了一名建議向商家軍投降的偏將，刀刃上還滳著鮮血，在滿達海身邊還站著十幾名清兵，滿達海鐵青臉色，道：“朝廷養兵千日，就是為了用在一時，現在南京危矣，我們身為武將，自然是為國盡忠，大家就在這裏和商家軍決一死戰，絕不許投降。”
就在滿達海的話聲剛落，商家軍就己經攻進了鼓樓，而這時在鼓樓對麵的鍾樓上，商家軍的士兵對紛紛對鼓樓這邊開火射擊，打得鼓樓裏的清軍根本就不敢靠近窗戶邊。
而商家軍向鼓樓的二樓三樓發動進攻，由於這時鍾樓己經失守了，鼓樓裏清軍巳經沒有抵抗之力，紛紛投降，因此商家軍也十分順利的殺上了鼓樓的第四樓, 而這時滿達海己在這裏自盡身亡了。
就在十五日下午，鍾鼓樓區被清軍占領，南京內城也被商家軍截為兩段，隨著第二軍向西北，第三軍轉向東南，開始清掃南京城裏的殘餘清軍。
――――――――分割線―――――――――分割線――――――――