十月三十日，商毅在杭州連續收到了清軍開始北撤, 商家軍攻克了太平府、寧國府對南京的合圍己經完成的消息。而商毅也長長出了一口氣，這一個多月以來，一直緊蹦著神經也終於完全鬆弛了下來。戰事進行到這一步，商家軍己經向清軍展開了全麵的反擊，下一步就是正式向南京發動進攻了。
雖然商家軍己經切斷了長江航線，但清軍在江西、湖南、福建、廣東等地依然還有眾多的兵馬，因此如果不能盡快的攻占南京，戰局就依然承在著不少的變數。但現在清軍在南京城裏還有近十萬的兵力駐守，並擁有大量的火器，而且南京城牆高大，堅厚，清軍占領南京也己有九個月的時間，又修築了不少的防禦工事，守衛也是十分嚴密。
另外現在還不是所有部隊都可以直接向南京發動進攻，除了駐守鎮江的第三軍之外，第一、二、七軍現在基本都聚集在太平府和寧國府，離南京都還有一定的距離，而且到南京的途中，還有一些縣鎮都在清軍手裏。因此進攻南京也將是一場艱苦的戰鬥。
不過雖然還不能說商家軍就己經取得最終的勝利，但最艱難的時侯，確實己經過去了。這一點在整個浙江地區都己經得到共識，至少商毅手下的官員們臉上的表情也都輕鬆了許多。同時也對收複南京的戰鬥，充滿了信心。
經過和統戰部的商議，商毅在十一月一日向各路商家軍的部隊下令，第二軍由太平州出發，沿長江進軍，經江寧鎮、大勝關向南京東麵進軍，駐紮莫愁湖以北，攻擊石城、清涼、定淮三門；第一軍甴建平出發，經由溧水、秣陵關，到南京南邊的聚寶山駐紮，攻擊聚寶、通濟、正陽、朝陽四門；第七軍暫時留駐寧國府，為總預備隊，並且阻當南方的清軍救援南京。第三軍也從鎮江出兵，到達南京東北玄武湖一帶，攻擊神策、太平二門。長江艦隊將分為兩路，分別策應第二軍和第三軍，從長江上下遊向南京的金川門一帶發動進攻。
這一次各路人馬分別從水陸兩路出擊，對南京形成四麵圍攻之勢，直接進攻的兵力就達到十三萬左右，預備隊還有二萬七千多人，也就商家軍成立以來，在一次戰役中投入兵力最多，而且與清軍進行最大規模的戰鬥。
自從南京失守之後，商毅就沒有親臨第一線指揮作戰的經曆了，因為經過了幾年戰鬥的曆練之後，現在商家軍各軍指揮官都有十分豐富的臨陣指揮經驗，完全可以獨當一麵。而且現在的戰爭也分了好幾個戰場進行，商毅要對整個戰局進行全盤考慮，也不能把精力都放在某一個戰場上。因此坐鎮杭州，全盤指揮才是商毅應該出任的角色。
但這一次收複南京的戰役，商家軍一共出動四個軍加上一支水軍，各軍之間要進行協同作戰，必須建立一個統一的指揮部才行，而各軍的兵力雖然有多有少，但在在級別上都是平等的，因此也隻有商毅才能勝任總指揮一職。而且盡管有飛鴿傳書，但如果是在杭州控製指揮，仍然不能及時了解戰場情況，並做出應對命令，畢竟戰場的局勢，隻有在第一線才能最清楚。因此商毅也決定在各部隊都到達各自的陣地之後，商毅也將親自趕到第一線，指揮這場進攻南京的戰鬥。杭州的政務，都交給葉瑤瑱、周世奇、王夫之來處理。
對商毅的這個決定，其他官員們也都沒有反對，因為現在收複南京的戰役，也成為各戰場的重中之重，說實話讓成進、羅遠斌、楊武丞、段鵬這些人來統一指揮，還真不能讓人放心。而且葉瑤瑱生產之後，經過了一個多月的調養，身體也己經完全恢複，可以代替商毅處理政務了，因此商毅也能放心出征，沒有後顧之憂。
各項事務都決定下來之後，商毅才和眾官員散會告別，回到自己的內宅。首先自然是到葉瑤瑱的房裏去看自己剛剛渡過滿月的小女兒。
現在商毅也正式給女兒取名，叫做商莞，昵稱就叫做莞兒。因為現在商毅隻有這一個女兒，因此府裏上上下下都把這個小家夥視為珍寶，都十分喜歡。由其是商毅的眾妻妾們，毎天都要來逗弄一下這個小丫頭。而商毅每天處理完政務之後，也都要到葉瑤瑱房裏來，逗一逗小丫頭，也成為他毎天的必做功課。而且每次和別人談到女兒，商毅也都抑製不住眉飛色舞。
而且自從商莞出生以後,戰局開始出現了明顯的變化，整個杭州的緊張情緒都大為減少，因此在杭州也有傳言，都說是這個小女娃給浙江地區帶來了好運，在無形中也都對小商莞生出了不少好感。因此在商莞滿月的那一天，商毅也順應民意, 慶賀了一番。